MODUL 7 ANOTASI GENOM DAN ONTOLOGI GEN

Anotasi genom merupakan salah satu proses penting dalam studi genomik. Anotasi genom adalah proses identifikasi dan penentuan lokasi gen dari sekuen mentah DNA, kemudian dilakukan penamaan dan karakterisasi fungsi gen tersebut. Apakah pernyataan benar atau salah?

• Benar

• Salah

Anotasi untuk hypothetical protein dilakukan terhadap sekuen genom sampel, yang fungsi -fungsi gennya tidak diketahui. Cara melakukan anotasi untuk hypothetical protein yaitu dengan pencarian homolog sekuen mRNA-nya dari database, serta prediksi dari struktur sekunder proteinnya. Apakah pernyataan tersebut benar atau salah?

• Benar

• Salah

Terdapat dua tahap dalam anotasi genom, yaitu :

• prediksi gen dan penentuan fungsi gen

• prediksi struktur gen dan penentuan similaritas sekuen proteinnya

• eksperimen laboratorium dan input data hasil eksperimen tersebut

• prediksi iekson-intron dan penentuan alternative splicing

• penentuan produk gen dan lokasi gen tersebut dalam sel

Anotasi genom dilakukan setelah sekuensing seluruh genom dan sebelum penyatuan (assembly) sekuen-sekuen DNA tersebut. Apakah pernyataan tersebut benar atau salah?

• Benar

• Salah

Automated genome annotation (anotasi genom secara otomatis) dilakukan terhadap genom yang fungsi gennya tidak dapat diketahui dan proses anotasinya berjalan dengan sangat lambat. Apakah pernyataan tersebut benar atau salah?

• Benar

• Salah

Which of the following is incorrect regarding genome economy?

• It is phenomenon of synthesizing more proteins from few genes

• this is the major strategy that eukaryotic organisms use to achieve a myriad of phenotypic organisms

• there are nomerous underlying genetic mechanisms to help account for genome economy

• This is a major strategy that eukaryotic organism use to achieve a myriad of genotypic diversities only

Which of the following is incorrect regarding GeneQuiz?

• It is a web server for protein DNA annotation

• It is web server for protein sequence annotation

• It compare a query sequence against databases using BLAST and FASTA to identify homologs with high similarities

• It performs domain analysis using the PROSITEand Blocks databases

Conserved functional sites can be identified by profile and hidden Markov model-based motif and domain search tools such as SMART and InterPro.

• True

• False

Which of the following is incorrect regarding gene ontology?

• It facilities grouping of proteins of related functions

• It provides consistency in describing overall proteins functions

• There is no standardization of associated pathways

• There is standardization of the names and activities

Tiga set informasi yang disediakan oleh gen ontologi (GO) ialah proses biologis, komponen seluler, dan fungsi molekuler. Tiap set informasi tersebut memiliki kosa kata yang unik, namun tidak saling tumpang tindih agar terdapat standarisasi untuk penamaan gen. Apakah pernyataan tersebut benar atau salah?

• Benar

• Salah