Sistem pemerintahan yang dianut pada periode ini adalah sistem pemerintahan parlementer dengan menggunakan kabinet parlementer yang dipimpin oleh seorang perdana menteri. Alat-alat perlengkapan negara meliputi Presiden dan Wakil Presiden, menteri-menteri, Dewan Perwakilan rakyat, Mahkamah Agung, dan Dewan Pengawas Keuangan.
Praktek sistem pemerintahan parlementer yang diterapkan pada masa ini ternyata tidak membawa bangsa Indonesia ke arah kemakmuran, keteraturan dan kestabilan politik.Hal ini tercermin dari jatuh bangunnya kabinet dalam kurun waktu itu telah terjadi 7 kali pergantian kabinet.
Dampak dari jatuh bangunnya kabinet adalah pemerintahan menjadi terganggu, pembangunan terhambat dan timbulnya berbagai masalah terutama yang berkaitan dengan stabilitas keamanan dengan munculnya pemberontakan-pemberontakan seperti pemberontakan DI/TII, RMS di Maluku, APRA di Bandung, PRRI-Permesta.
Dari wacana tersebut diatas menggambarkan fenomena yang terjadi pada penerapan sistem pemerintahan di Indonesia pada .....