Bioteknologi Kehutanan

Pada susunan DNA, basa pirimidin C (sitosin) akan selalu berikatan dengan basa

• Guanin

• Timin

• Adenin

• Urasil

Berikut merupakan keuntungan mencari marka genetik dengan pendekatan kandidat gen adalah

• Gen yang dipelajari terlibat pada sifat fenotip yang diinginkan

• kontribusi lokus kandidat tidak mempengaruhi variasi total fenotip

• umum, sehingga mudah teramplifikasi pada semua lokus yang diamati

• Dapat digunakan sebagai penentu nilai fenotipe

Berikut adalah tahapan awal yang dilakukan untuk mendapatkan marka genetik berdasarkan pendekatan kandidat gen adalah

• identifikasi lokus yang diinginkan yang berhubungan dengan sifat fenotipe

• identifikasi varian molekuler

• mengelompokkan variasi molekuler dalam kelas genotipe

• mengelompokkan variasi fenotipe

Berikut adalah kelemahan pendekatan kandidat gen adalah

• Terbatas hanya pada sifat-sifat yang telah diketahui hubungan fisiologis dan biokimianya

• Variasi molekuler bisa diperoleh pada semua locus/loci yang diinginkan

• Lokus yang terdeteksi berasal dari daerah yang fungsinya tidak diketahui

• Hanya memfokuskan pada gen yang relevan terhadap fenotip yang diinginkan

Marka genetik yang mendeteksi polimorfisme melalui dua tahap yaitu digesti dengan enzim restriksi dan hibridisasi dikenal dengan

• Restriction Fragment Length Polymorphism

• Mikrosatelit

• Simple Sequence Repeat

• Random Amplified Polymorphic DNA

Berikut yang bukan merupakan kelemahan dari pendekatan random marker approach adalah

• Variasi molekuler harus diperoleh pada locus/loci yang dipelajari

• Lokus yang dideteksi berasal dari daerah yang fungsinya tidak diketahui

• Varian molekuler dalam hubungannya dengan sifat fenotip secara fisiologis dan biokimia sulit diinterpretasi

• Lebih sesuai untuk mempelajari crosses dari populasi yang divergent daripada populasi alami

Marka genetik yang merupakan gabungan antara amplifikasi PCR dengan digesti menggunakan enzim restriksi dari suatu lokus DNA dikenal dengan

• Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism

• Polymerase Chain Reaction-Amplified Fragment Length Polymorphisms

• Cleaved Amplified Polymorphic Sequences

• Simple Sequence Repeats-SSRs

Teknik untuk mengamplifikasi (melipat gandakan) DNA secara invitro disebut dengan

• polymerase chain reaction

• electrophoresis

• sequencing DNA

• denaturasi

Marka genetik yang didasarkan pada adanya amplifikasi yang selektif yang berasal dari potongan DNA yang merupakan hasil restriksi menggunakan enzim restriksi endonuklease dikenal dengan

• Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLPs)

• Simple Sequence Repeats (SSRs)

• Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs)

• Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)

Pada siklus PCR penempelan primer pada bagian DNA rantai tunggal yang memiliki urutan basa sesuai dengan urutan basa primer disebut dengan

• denaturasi

• primer annealing

• primer extension

• extension