ED enzymologie

A propos de l'interaction Enzyme/Substrat

• Elle permet la formation d'un produit si la réaction est endergonique

• Elle s'effectue dans une poche catalytique

• Elle est peu spécifique au substrat.

• S'effectue par une complémentarité spatiale uniquement.

• S'effectue par une complémentarité physique.

A propos des conditions de fonctionnement des enzymes :

• Les enzymes seront généralement le plus éfficace à pH 9,5-10

• Les enymes lysosomales ont besoin d'un pH basique pour fonctionner.

• Une même enzyme peut acceuilir plusieurs substrats.

• Un même substrat peut être utilisé par différente enzyme.

• Le site de fixation permet de transformer un subtrat en un produit

A propos des enzymes et de leurs co-enzymes

• Le site catalytique c'est le site de fixation + le site actif

• Une co-enzymes libres sera régénérés en fin de réaction. par phénomène de PING-PONG

• Une co-enzymes libres ne sera pas régénérés en fin de réaction.

• Une co-enzyme liés es libres sera régénérés en fin de réaction. par phénomène de PING-PONG

• Une coenzymes libres ne sera pas régénérés en fin de réaction

A propos de Km

• Km est proportionnel à l'affinité d'une enzyme pour un substrat donné

• Il est souvent compris entre 10^-1 et 10^-7 M

• Ne dépend pas des conditions expérimentale car il est caractéristique d'un couple enzyme-substrat

• Correspond à la concentration du substrat pour avoir v=vmax/2

A propos des inhibiteurs :

• les inhibiteurs compétitifs influent sur l'affinité

• Les inhibiteurs compétitifs influent sur la vitesse max

• Les inhibiteurs non compétitifs influent sur l'affinité

• Les inhibiteurs non compétitifs influent sur la vitesse max

• Plus l'inhbiiteur sera puissant et plus son IC50 sera grande.

La dihydrofolate réductase ou DHFR est une enzyme qui catalyse la réaction : 5,6,7,8-tétrahydrofolate + NADP⁺ <==> 7,8-dihydrofolate + NADPH + H⁺. Cette voie métabolique est essentielle pour la synthèse de novo des purines ainsi que celles de la thymidine et donc par conséquent dans la synthèse de l’ADN. La DHFR est la cible d’un certain nombre d’inhibiteurs antimétaboliques qui sont utilisés comme anticancéreux, en empêchant la réplication de l’ADN et donc en diminuant la prolifération des cellules. Nous nous intéressons à une de ces molécules, le méthotrexate, qui est un inhibiteur non compétitif de l’enzyme.

• A.      La DHFR est une oxydoréductase (enzyme qui catalyse une réaction d’oxydo-réduction).

• A.      La DHFR fonctionne probablement à un pH situé entre 6 et 8.

• La DHFR sera probablement plus active si la température augmente vers 60°        car plus la température augmente, plus une enzyme est efficace

• Si la DHFR n’était pas présente, la réaction décrite dans l’énoncé ne pourrait pas avoir lieu

• La DHFR permet de diminuer le ΔG de la réaction

La dihydrofolate réductase ou DHFR est une enzyme qui catalyse la réaction : 5,6,7,8-tétrahydrofolate + NADP⁺ <==> 7,8-dihydrofolate + NADPH + H⁺. Cette voie métabolique est essentielle pour la synthèse de novo des purines ainsi que celles de la thymidine et donc par conséquent dans la synthèse de l’ADN. La DHFR est la cible d’un certain nombre d’inhibiteurs antimétaboliques qui sont utilisés comme anticancéreux, en empêchant la réplication de l’ADN et donc en diminuant la prolifération des cellules. Nous nous intéressons à une de ces molécules, le méthotrexate, qui est un inhibiteur non compétitif de l’enzyme.

• Le cofacteur correspond à la partie non protéique thermolabile de l’holoenzyme

• A.      Le cofacteur de cette réaction est la NADPH

• C’est un coenzyme lié

• Pour suivre cette réaction, on pourrait observer la diminution de l’absorbance à 340nm

• Dans d’autres réactions, le cofacteur peut également être un ion métallique

Laquelle (ou lesquelles) de ces représentations pourrai(en)t correspondre aux courbes de la DHFR en condition normale en A, et de la courbe de la même enzyme mais en présence de méthotrexate en B ?

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• Il s’agit d’une représentation de Eadie Hofstee.

• Le donepezil est un inhibiteur non compétitif

• Le donepzeil augmente le Km de l’acétylcholinestérase.

• Le Km en présence du donezépil vaut -10 μm

• La Vmax reste inchangée dans les 2 conditions

• La vitesse de l’enzyme en présence de donezépil lorsque la concentration en substrat est de 6μM vaut 0,75 μM/min

• La vitesse de l’enzyme en présence de donezépil lorsque la concentration en substrat est de 6μM vaut 0,1875 μM/min

• Sachant que Ki = 2μM, la concentration en donezépil est de 3μM

• Sachant que Ki = 2μM, la concentration en donezépil est de 6μM

• Le donezépil est lié de façon covalente au site actif pour prendre la place de l’acétylcholine