Lezione 14: docking

Qual è l'applicazione più adatta di un rigid protein docking?

• Lo screening rapido di banche dati di grandi dimensioni

• L'analisi della variabilità conformazionale della proteina nel complesso

• Lo studio della variabilità conformazionale del ligando nel complesso

• L'identificazione del sito attivo nel complesso

Qual è il vantaggio di un algoritmo di docking incrementale?

• Permette di ridurre lo spazio conformazionale da campionare per il ligando

• Permette di identificare la conformazione di proteina più adatta per l'interazione

• Permette di valutare le interazioni tra proteina e ligando

• Nessuna delle altre opzioni è corretta

Un force field di tipo knowledge-based può essere usato per valutare l'energia di interazione in un docking?

• SI

• No

Un algoritmo genetico nel docking serve per:

• Generare conformazioni del ligando

• Generare conformazioni della proteina

• Valutare l'energia dell'interazione proteina-ligando

• Analizzare le forze di interazione proteina-ligando

Quale tra le componenti energetiche di un force field classico non è inclusa in un force field per docking?

• Etot

• Ebond-P

• Enonbond

• Ebond-L