biotools測驗

當客戶同時有cellranger新舊版本的分析結果時，何者敘述錯誤?

• 參考序列可能版本不同

• 可能會有intronic region 是否包含的問題

• 不用確認版本都可以直接合併

本公司單細胞轉錄體分析，細胞保留的預設條件?[複選]

• 基因數量>=200

• 基因數量<=Q3+1.5IQR

• UMI count >=300

• 粒線體基因占比<=20%

關於Normalize的敘述，何者錯誤?

• 目的是確保細胞在同基準下的比較，避免例如定序深度造成影響

• 多樣品合併時，以最低深度樣品為基準進行比例調整(cellranger aggr, normalize = true)，會接續後面的seurat分析

• cellranger跟seurat標準化方法不太一樣

• 多樣品合併分析時，會把cellranger aggr校正深度與否的結果都提供給客戶

為什麼要進行特徵基因(HVGs)篩選? [複選]

• 避免深度影響

• 避免冗贅資料

• 增加計算效率

降維圖當中，PCA與UMAP及t-SNE最大的差異?

• PCA比較好看，適合單細胞分析

• PCA是線性的計算，距離有意義

• PCA很常出現在單細胞文獻中

下列哪個分析所呈現的圖片"不"包含在預設標準分析中?

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批次效應校正分析，下列敘述何者錯誤?

• 批次效應校正會影響分群結果

• Entropy plot可用來參考是否進行校正，但不完全適用所有資料

• 批次效應校正在雲平台預設使用Harmony方法

• 批次效應校正會改變每一顆細胞的基因表現量

本公司單細胞轉錄體分析的細胞標記，以下何者錯誤？

• scCATCH是"單細胞"層面的註釋方法

• scMCA限定物種為小鼠

• CIPR所需要的資料可以在雲平台運算

• SingleR人類可支援的資料庫有五種

下列哪個 "不是" 單細胞雲平台GO/KEGG支援的物種?

• 雞

• 大鼠

• 果蠅

• 鴨

透過今天的教育訓練，可理解整個單細胞轉錄體分析的程度?

(25%, 50%, 75%, 100%)