biotools測驗
Authored by Phoebe Hsieh
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10 questions
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1.
MULTIPLE CHOICE QUESTION
20 sec • 1 pt
當客戶同時有cellranger新舊版本的分析結果時，何者敘述錯誤?
參考序列可能版本不同
可能會有intronic region 是否包含的問題
不用確認版本都可以直接合併
2.
MULTIPLE SELECT QUESTION
20 sec • 1 pt
本公司單細胞轉錄體分析，細胞保留的預設條件?[複選]
基因數量>=200
基因數量<=Q3+1.5IQR
UMI count >=300
粒線體基因占比<=20%
3.
MULTIPLE CHOICE QUESTION
30 sec • 1 pt
關於Normalize的敘述，何者錯誤?
目的是確保細胞在同基準下的比較，避免例如定序深度造成影響
多樣品合併時，以最低深度樣品為基準進行比例調整(cellranger aggr, normalize = true)，會接續後面的seurat分析
cellranger跟seurat標準化方法不太一樣
多樣品合併分析時，會把cellranger aggr校正深度與否的結果都提供給客戶
4.
MULTIPLE SELECT QUESTION
20 sec • 1 pt
為什麼要進行特徵基因(HVGs)篩選? [複選]
避免深度影響
避免冗贅資料
增加計算效率
5.
MULTIPLE CHOICE QUESTION
20 sec • 1 pt
降維圖當中，PCA與UMAP及t-SNE最大的差異?
PCA比較好看，適合單細胞分析
PCA是線性的計算，距離有意義
PCA很常出現在單細胞文獻中
6.
MULTIPLE CHOICE QUESTION
20 sec • 1 pt
下列哪個分析所呈現的圖片"不"包含在預設標準分析中?
7.
MULTIPLE CHOICE QUESTION
20 sec • 1 pt
批次效應校正分析，下列敘述何者錯誤?
批次效應校正會影響分群結果
Entropy plot可用來參考是否進行校正，但不完全適用所有資料
批次效應校正在雲平台預設使用Harmony方法
批次效應校正會改變每一顆細胞的基因表現量
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