Tes akhir terakhir

Pilihlah pernyataan yang benar terkait penggunaan ddNTP pada sekuensing DNA

• Di masa kini, ddNTP dilabeli dengan tag fluoresens yang dapat berpendar

• ddNTP akan menghentikan polimerisasi pada untai basa nukleotida yang disekuensing

• ddNTP akan membentuk ikatan fosfodiester dengan gugus fosfat

Prinsip dari Alignment atau penyejajaran sekuens DNA adalah

• Algoritma dalam mengatur sekuens DNA untuk mengidentifikasi daerah kesamaan dengan sekuens DNA lain

• Penyejajaran sekuens DNA dengan sekuens RNA hasil transkripsi

Apa yang harus dilakukan untuk mengatasi pembacaan sekuens yang tidak jelas diawal dan akhir sekuens?

• Penggunaan primer forward dan primer reverse (pembacaan dua arah)

• cleanup sekuens sebelum di BLAST

• Penggunaan sekuens DNA spesies lain yang mirip

Metode pyrosequencing merupakan salah satu contoh dari

• third generation sequencing

• sekuensing Sanger

• second generation sequencing

ATGCAGATCCGTGAGAGTCTTCGAACGCAAG-TGCGCAAG

ATGCAGA-CCGTGAGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCAAG

Hasil alignment dari potongan sekuens berikut menunjukkan terjadinya jenis mutasi

• insersi

• delesi

• SNP

single nucleotide polymorphism (SNP) merujuk pada peristiwa

• Mutasi di mana terjadi penambahan atau pengurangan basa nukleotida

• Mutasi di mana terjadi perubahan basa nukleotida menjadi basa nukleotida lain

Berikut merupakan kromatogram yang diperoleh dari salah satu reaksi sekuensing dengan primer forward. Sampel berasal dari isolat DNA 1 individu. Bila seluruh pembacaan memiliki quality value >20, maka alasan yang paling logis ditemukannya hasil pembacaan seperti pada gambar berikut adalah

• Terjadi error oleh DNA polimerase selama proses sekuensing

• Kontaminasi DNA non target pada sampel reaksi sekuensing

• Adanya polimorfisme pada daerah sekuens DNA yang terbaca

Berikut merupakan hasil BLAST dari suatu sekuens DNA. Dapat disimpulkan sekuens DNA didapat dari spesies dengan accesion number ...

• JX856420.1

• OL536392.1

• JX856421.1

• JX856554.1

• JX856553.1

Berikut merupakan pohon filogenetik (filogeni) dari famili Fabaceae. Pernyataan yang benar berdasarkan gambar tersebut adalah

• Tidak terdapat nenek moyang bersama dari Senna dan Hoffmanseggia

• Trifolium lebih berkerabat dekat dengan Vicia dibandingkan Lathyrus

• Quillaja merupakan nenek moyang bersama Fabaceae

• Adesmia berkerabat dekat dengan Amicia

Reverse complement dari sekuens berikut adalah

• GAAATGGGAGGGT

• ACCCTCCCATTTC

• TGGGAGGGTAAAG