app omics 2023

Qu'est ce que la validation Biologique  d'une approche transcriptomique ?

• faire une meta-analyse

• La verification des résultats par une autre approche (qPCR)

• faire un controle qualite des reads de RNASeq

qu'est ce que l'ontologie ?

• utilisation d'un vocabulaire controle dans un domaine pour décrire les elements que l'on manipule

• l'etude des insectes

• la variation d'expression de gènes

que décrit l'ontologie d'un gène ou d'une proteine ?

• le compartiment cellulaire

• la fonction moleculaire

• le processus cellulaire

• la longueur de la sequence

quels sont les deux approches les plus connues pour faire de la transcriptomique ?

• RNAseq

• microarray

• qPCR

• PCR

quelles sont les approches développées initialement en génomique 

• hiearchique

• aleatoire

• sequentielle

• progressive

quel est le but de la transcriptomique ?

• etudier un ARNm

• étudier tous les ARNm

• avoir une approche sans a priori

• etudier l'ADN

les limites du microarrays sont

• la sensibilite

• la detection de variant

• le cout

• la connaissance du genome

les limites du RNAseq sont

• la perte de la localisation de l'expression des gènes

• une approche à haut debit genere des faux positifs

• l'analyse de données

une représentation en heatmap de données d'expression est

• une representation des donnees d'expression selon un code couleur

• permet une visualisation des resultats

• permet de reveler des clusters apres classification

la technologie GeoMx de Nanostring permet

• la mesure de l'expression de 19000 gènes dans une ROI

• est une technologie single cells

• utilise des sondes avec des linkers photoclivables