POST TEST "Analisis pita DNA dan analisis DNA barcoding"

Analisis Pita DNA

Perhatikan gambar ini !

Dalam menganalisis pita pola pita DNA, bagian Nomor 1 dan Nomor 2 berturut turut berdasarkan gambar diatas disebut dengan …

• Bands dan Lanes

• Bands dan Fragment

• Lanes dan Bands

• Lanes dan Marker

• Lanes dan Intensity

Dibawah ini merupakan beberapa metode analisis genetik yang digunakan untuk mempelajari kekerabatan dari beberapa individu melalui visualisasi pita DNA, kecuali …

• ISSR

• SSR

• RFLP

• DNA barcoding

• Microsatelite Analysis

Dalam menggunakan aplikasi Gel Pro Analyzer untuk menganalisis pola pita DNA, sub-menu pilihan “M.W. Standard” berfungsi untuk …

• Mengkalibrasi aplikasi Gel Pro Analyzer

• Menentukan ukuran pita DNA sampel

• Menentukan ukuran pita DNA Marker

• Mengatur intensitas pita DNA

• Menduplikasi hasil elektroforesis pita DNA

Dibawah ini yang merupakan pernyataan yang tepat mengenai Cluster Analysis dalam mempelajari pola pita DNA adalah …

• Hasil dari Cluster Analysis yang telah dilakukan terhadap pola pita DNA disajikan dalam bentuk pohon filogenetik

• Cluster Analysis dilakukan dengan mengelompokkan individu sampel berdasarkan matriks substitusi sehingga membentuk dendogram

• Model konstruksi dendogram dari hasil Cluster Analysis adalah UPGMA dengan menghitung matriks kesamaan antar-individu sampel

• Cluster Analysis pada pola pita DNA dapat dilakukan dengan mensejajarkan hasil visualisasi pita DNA 

• Cluster Analysis dapat digunakan untuk mempelajari laju mutasi pada sampel

Perhatikan gambar dendogram hasil Cluster Analysis ini !

Pernyataan yang benar mengenai interpretasi hasil konstruksi dendogram diatas adalah …

• “Individu 1” dengan “Individu 7” memiliki jarak genetik terkecil, sehingga memiliki kesamaan yang tinggi

• “Individu 5” membentuk cabang sendiri dengan “individu 1”, “individu 2”, “individu 3”, dan “individu 4” pada koefisien 0,661

• “Individu 7” membentuk cabang sendiri dengan “individu 1”, “individu 2”, “individu 3”, dan “individu 4” pada koefisien 0,593

• “Individu 8” dengan “individu 9” merupakan 2 individu sampel yang memiliki koefisien kesamaan paling tinggi pada dendogram tersebut

• Garis vertikal pada koefisien 0,695, berfungsi untuk membagi 4 kelompok cabang utama individu pada dendogram tersebut

Dibawah ini pernyataan yang benar mengenai BLAST di NCBI adalah …

• Metode pensejajaran yang digunakan pada BLAST di NCBI umumnya adalah Neighbor-joining

• BLAST merupakan metode pensejajaran sequence DnA ataupun protein untuk menentukan sampel pembanding di database gen berdasarkan persentase kemiripannya

• BLAST digunakan untuk mencari variasi dari sequence gen sampel melalui koefisien kesamaan seuqence

• Dalam melakukan BLAST di NCBI, Sequence DNA sampel yang dimasukkan harus berekstensi file .word

• Dalam melakukan BLAST di NCBI, pengguna harus memasukkan nama spesies sampel terlebih dahulu

Dibawah ini merupakan gen-gen pada tumbuhan yang dapat dijadikan DNA barcode, kecuali …

• matK

• rbcL

• ITS

• COX-1

• TrnL-F

Suatu gen diketahui memiliki tingkat variasi yang tinggi pada intra-spesies. Apakah gen tersebut dapat digunakan dalam DNA barcoding? Tentukan alasan yang tepat dan berhubungan !

• Tidak, karena gen tersebut tidak konservatif dalam intra-spesies

• Iya, karena gen tersebut dapat menunjukkan jarak genetik dalam intra-spesies

• Tidak, karena gen tersebut tidak memiliki tingkat duplikasi yang tinggi saat diamplifikasi

• Iya, karena gen tersebut dapat menunjukkan jarak evolusi pada intra-spesies

• Tidak karena gen tersebut bisa saja tidak dimiliki oleh individu intra-spesies lainnya

Dibawah ini merupakan pernyataan yang tidak tepat mengenai konstruksi pohon filogenik dengan model Maximum Likelihood adalah …

• Model Maximum Likelihood memperhitungkan model evolulsi berdasarkan substitusi basa antar sequence

• Model Maximum Likelihood mempertimbangkan pohon filogenetik dengan probabilitas tertinggi

• Model Maximum Likelihood mempertimbangkan laju evolusi yang berbeda pada sequence antar sampel

• Model Maximum Likelihood memperhitungkan jarak genetik pada sequence antar sampel

• Model Maximum Likelihood sangat sensitif terhadap laju evolusi pada sampel

Dibawah ini pernyataan yang tidak tepat mengenai Pairwise Alignment

• Pairwise alignment digunakan untuk membandingkan dua sekuens DNA untuk menemukan tingkat kesamaan di antara keduanya.

• Pairwise alignment merupakan metode pensejajaran komputasi yang lebih sederhana

• Pairwise alignment lebih informatif untuk digunakan dalam pensejajaran sequence

• Pairwise alignment digunakan tanpa memperhitungkan substitusi basa.

• Pairwise alignment dapat digunakan pada BLAST di NCBI