Latsol Biomol

Dalam metode spin column untuk isolasi DNA, membran silika akan mengikat DNA dalam kondisi:

• Suhu tinggi

• pH basa

• Konsentrasi garam tinggi

• Adanya enzim protease

• Suhu rendah

Jika proteinase K tidak digunakan dengan benar selama isolasi DNA, kemungkinan besar yang terjadi adalah:

• DNA menjadi terpotong potong

• RNA akan terdegradasi

• Kontaminasi protein tetap ada dalam sampel

• DNA tidak dapat larut dalam buffer

• DNA tidak dapat mengendap

Buffer TE (Tris EDTA) sering digunakan untuk menyimpan DNA karena:

• EDTA menghilangkan protein kontaminan

• Tris menghambat aktivitas nuklease

• Tris meningkatkan stabilitas RNA

• EDTA menghambat aktivitas nuklease dengan mengikat ion logam

• Tris menjaga konsentrasi DNA tetap rendah

Dalam isolasi RNA, TRIzol bekerja dengan memisahkan RNA dari komponen lainnya. Fase manakah yang akan mengandung RNA?

• Fase organik

• Fase interfasial

• Fase berair

• Fase protein

• Fase alkohol

Mengapa suhu dingin sering digunakan dalam isolasi asam nukleat?

• Untuk mempercepat lisis sel

• Untuk menjaga integritas enzim protease

• Untuk menghambat aktivitas nuklease yang dapat mendegradasi asam nukleat

• Untuk menurunkan viskositas sampel

• Untuk meningkatkan efisiensi presipitasi

Dalam PCR, konsentrasi magnesium klorida (MgCl₂) yang tidak sesuai dapat menyebabkan:

• Primer tidak melekat pada template

• Polimerase tidak aktif

• Amplifikasi nonspesifik

• Nukleotida tidak tersedia

• Tidak ada produk PCR yang dihasilkan

Komponen buffer PCR sering kali mengandung KCl untuk:

• Menurunkan suhu denaturasi

• Menstabilkan DNA

• Membantu primer menempel pada template

• Menghambat kontaminasi RNA

• Mengaktifkan polimerase

Teknik nested PCR dirancang untuk:

• Meningkatkan spesifisitas amplifikasi

• Mengurangi waktu reaksi PCR

• Menghemat penggunaan primer

• Menggunakan lebih sedikit enzim polimerase

• Menghasilkan fragmen DNA lebih besar

Enzim polimerase yang memiliki aktivitas proofreading seperti Pfu digunakan untuk:

• Mempercepat amplifikasi

• Menghasilkan produk DNA dengan akurasi tinggi

• Menggunakan RNA sebagai template

• Memperbaiki kerusakan DNA

• Mengurangi kebutuhan primer

Dalam reaksi LAMP (Loop Mediated Isothermal Amplification), yang membedakannya dari PCR konvensional adalah:

• Penggunaan primer tunggal

• Reaksi berlangsung pada suhu konstan

• Tidak memerlukan polimerase

• Hanya mengamplifikasi RNA

• Tidak memerlukan deteksi visual