LAST PART OF BIOSEL

Nested PCR sering digunakan dalam penelitian mikrobiologi molekuler untuk mendeteksi patogen dalam jumlah yang sangat kecil. Apa salah satu keuntungan utama dari Nested PCR dibandingkan PCR biasa?

• Tidak memerlukan primer

• Lebih sedikit langkah reaksi

• Lebih sensitif dan spesifik

• Tidak membutuhkan termal siklus

• Tidak memerlukan kontrol negatif

Dalam eksperimen Nested PCR, seorang peneliti mendesain primer eksternal dan primer internal. Primer eksternal menargetkan daerah gen sepanjang 1 kb, sedangkan primer internal menargetkan segmen dalam sepanjang 300 bp. Apa yang terjadi jika primer intemal memiliki homologi yang rendah terhadap DNA target?

• Produk amplifikasi meningkat

• Produk amplifikasi menurun atau tidak ada

• Panjang produk akhir bertambah

• Reaksi PCR menjadi lebih cepat

• DNA template terdegradasi

Seorang peneliti menggunakan Nested PCR untuk mengidentifikasi mutasi dalam gen tertentu. Setelah amplifikasi, ia menganalisis hasil menggunakan gel agarosa dan menemukan pita DNA dengan ukuran lebih kecil dari yang diharapkan. Apa kemungkinan penyebab utama munculnya pita DNA yang lebih kecil?

• Primer mengikat daerah non-spesifik

• Konsentrasi enzim polimerase terlalu tinggi

• Suhu annealing terlalu tinggi

• Waktu elongasi terlalu panjang

• Konsentrasi dNTP terlalu rendah

Dalam Nested PCR, primer eksternal dirancang untuk menargetkan gen bakteri dengan panjang 800 bp. Primer internal kemudian digunakan untuk menargetkan fragmen 300 bp di dalam gen tersebut. Apa keuntungan desain primer internal yang lebih pendek dibandingkan primer eksternal?

• Mengurangi waktu reaksi PCR

• Memperbesar produk amplifikasi

• Meningkatkan spesifisitas amplifikasi

• Menghilangkan kebutuhan kontrol

• Menurunkan suhu denaturasi

Pada eksperimen Nested PCR, produk amplifikasi akhir menunjukkan pita yang sesuai dengan target spesifik. Namun, peneliti mendeteksi pita tambahan yang lebih kecil di gel elektroforesis. Bagaimana cara mencegah amplifikasi pita tambahan dalam Nested PCR?

• Menggunakan primer dengan urutan acak

• Meningkatkan suhu annealing

• Menambahkan lebih banyak template DNA

• Mengurangi siklus PCR putaran kedua

• Mengganti enzim polimerase

Seorang peneliti ingin memisahkan protein berdasarkan ukuran molekulnya tanpa denaturasi, sehingga protein tetap mempertahankan struktur dan aktivitas biologisnya. la memutuskan untuk menggunakan teknik PAGE. Mengapa peneliti memilih native PAGE dibandingkan SDS-PAGE?

• Native PAGE memberikan resolusi yang lebih tinggi untuk memisahkan protein berdasarkan berat molekul.

• Native PAGE mempertahankan struktur dan aktivitas biologis protein.

• Native PAGE memecah ikatan disulfida dalam protein.

• Native PAGE memberikan pewarnaan protein yang lebih jelas.

• Native PAGE hanya digunakan untuk analisis RNA.

Dalam sebuah eksperimen, protein yang dimurnikan dianalisis menggunakan native PAGE. Hasilnya menunjukkan adanya pita-pita protein dengan mobilitas elektroforesis yang berbeda-beda. Faktor apa yang paling memengaruhi mobilitas protein pada native PAGE?

• Berat molekul dan muatan protein.

• Berat molekul saja.

• Muatan protein saja.

• Struktur primer protein.

• Konsentrasi gel.

Peneliti ingin mengetahui apakah protein tertentu membentuk kompleks dengan protein lain, la menggunakan native PAGE sebagai metode analisis. Mengapa native PAGE cocok untuk mendeteksi kompleks protein?

• Native PAGE memisahkan protein berdasarkan struktur primer.

• Native PAGE mempertahankan interaksi protein-protein.

• Native PAGE lebih cepat dibandingkan SDS-PAGE.

• Native PAGE hanya memisahkan protein tunggal.

• Native PAGE memberikan informasi urutan asam amino.

Dalam eksperimen dengan native PAGE, peneliti menggunakan gel poliakrilamida dengan konsentrasi 10%. Protein kecil bergerak lebih cepat dibandingkan protein besar. Apa alasan utama protein kecil bergerak lebih cepat dalam native PAGE?

• Protein kecil memiliki muatan lebih tinggi.

• Protein kecil memiliki gaya hambatan yang lebih rendah dalam gel.

• Protein kecil memiliki struktur tersier lebih kompleks.

• Protein kecil terdegradasi lebih mudah.

• Protein kecil memiliki lebih banyak ikatan disulfida.

Setelah melakukan native PAGE, peneliti menemukan pita protein yang kurang jelas. pada gel. Apa yang dapat dilakukan untuk meningkatkan resolusi pita protein pada native PAGE?

• Mengurangi konsentrasi gel poliakrilamida.

• Meningkatkan konsentrasi buffer.

• Menggunakan pewarna protein yang lebih kuat.

• Menambah konsentrasi gel poliakrilamida.

• Menggunakan gel agarosa sebagai alternatif.