ANALISIS PITA (BAND) DNA MENGGUNAKN APK GEL-PRO ANALYZER & NTSYS

Perhatikan gambar ini !

Dalam menganalisis pita pola pita DNA, bagian Nomor 1 dan Nomor 2 berturut turut berdasarkan gambar diatas disebut dengan …

• Bands dan Lanes

• Bands dan Fragment

• Lanes dan Bands

• Lanes dan Marker

• Lanes dan Intensity

Dibawah ini merupakan beberapa metode analisis genetik yang digunakan untuk mempelajari kekerabatan dari beberapa individu melalui visualisasi pita DNA, kecuali …

• ISSR

• SSR

• RFLP

• DNA barcoding

• Microsatelite Analysis

Dalam menggunakan aplikasi Gel Pro Analyzer untuk menganalisis pola pita DNA, sub-menu pilihan “M.W. Standard” berfungsi untuk?

• Mengkalibrasi aplikasi Gel Pro Analyzer

• Menentukan ukuran pita DNA sampel

• Menentukan ukuran pita DNA Marker

• Mengatur intensitas pita DNA

• Menduplikasi hasil elektroforesis pita DNA

Dibawah ini yang merupakan pernyataan yang tepat mengenai Cluster Analysis dalam mempelajari pola pita DNA adalah

• 
  Hasil dari Cluster Analysis yang telah dilakukan terhadap pola pita DNA disajikan dalam bentuk pohon filogenetik

• Cluster Analysis dilakukan dengan mengelompokkan individu sampel berdasarkan matriks substitusi sehingga membentuk dendogram

• Model konstruksi dendogram dari hasil Cluster Analysis adalah UPGMA dengan menghitung matriks kesamaan antar-individu sampel

• Cluster Analysis pada pola pita DNA dapat dilakukan dengan mensejajarkan hasil visualisasi pita DNA 

• Cluster Analysis dapat digunakan untuk mempelajari laju mutasi pada sampel

Perhatikan gambar dendogram hasil Cluster Analysis ini !

Pernyataan yang benar mengenai interpretasi hasil konstruksi dendogram diatas adalah …

• “Individu 1” dengan “Individu 7” memiliki jarak genetik terkecil, sehingga memiliki kesamaan yang tinggi

• “Individu 5” membentuk cabang sendiri dengan “individu 1”, “individu 2”, “individu 3”, dan “individu 4” pada koefisien 0,661

• “Individu 7” membentuk cabang sendiri dengan “individu 1”, “individu 2”, “individu 3”, dan “individu 4” pada koefisien 0,593

• “Individu 8” dengan “individu 9” merupakan 2 individu sampel yang memiliki koefisien kesamaan paling tinggi pada dendogram tersebut

• Garis vertikal pada koefisien 0,695, berfungsi untuk membagi 4 kelompok cabang utama individu pada dendogram tersebut

Apa yang dimaksud dengan "Dendrogram" dalam analisis cluster menggunakan NTSYS?

• Grafik yang menunjukkan ukuran fragmen DNA

• Diagram pohon yang menggambarkan hubungan kemiripan pola pita DNA

• Tabel yang berisi intensitas fluoresensi pita DNA

• Grafik yang menampilkan distribusi ukuran pita DNA

Apa tujuan utama dari cluster analysis menggunakan aplikasi NTSYS?

• Menentukan urutan basa nukleotida DNA

• Mengelompokkan sampel berdasarkan kemiripan pola pita DNA

• Menghitung ukuran fragmen DNA secara akurat

• Membandingkan intensitas fluoresensi antar pita DNA

Ketika menggunakan Gel-Pro Analyzer, apa yang harus dilakukan jika pita DNA tidak terdeteksi secara otomatis?

• Menambah konsentrasi etidium bromida pada gel

• Menyesuaikan threshold detection secara manual

• Mengulang proses elektroforesis

• Menghapus data dan memulai analisis dari awal

Mengapa penting untuk menggunakan DNA marker dalam analisis pita DNA menggunakan Gel-Pro Analyzer?

• Untuk meningkatkan intensitas fluoresensi pita DNA

• Untuk menentukan ukuran fragmen DNA yang tidak diketahui

• Untuk membandingkan pola pita DNA antar sampel

• Untuk menghitung jumlah pita DNA secara otomatis

Dalam analisis pita DNA menggunakan Gel-Pro Analyzer, apa fungsi utama dari alat

"Lane Profile" ?

• Menghitung jumlah pita DNA secara otomatis

• Menampilkan grafik intensitas fluoresensi sepanjang jalur elektroforesis

• Mengidentifikasi ukuran molekuler DNA berdasarkan marker

• Membandingkan pola pita DNA antar sampel