11 Analisis hasil elektroforesis

Seorang siswa melakukan PCR untuk mendeteksi gen spesifik dari bakteri isolat klinis. Setelah elektroforesis, dia memotret gel menggunakan kamera ponsel melalui filter oranye. Namun, gambar tersebut tampak kabur dan pita DNA tidak jelas. Apa langkah pertama untuk memperbaiki hasil dokumentasi gel dengan benar?

• Tambahkan lebih banyak DNA ladder sebelum elektroforesis

• Bersihkan filter oranye dari kondensasi sebelum mengambil foto

• Jalankan elektroforesis lebih lama dengan tegangan yang lebih tinggi

• Ganti buffer TBE dengan buffer borat

• Tambahkan lebih banyak agarose ke dalam gel

Dalam eksperimen PCR, hasil elektroforesis menunjukkan bahwa pita DNA ladder sama sekali tidak terlihat. Amplicon juga tidak muncul di seluruh gel. Apa penyebab paling mungkin dari masalah ini?

• Gel terlalu tebal

• Pewarna DNA tidak ditambahkan ke agarosa

• Konsentrasi DNA terlalu tinggi

• Gel dijalankan terlalu lama

• Gel dijalankan pada suhu yang terlalu rendah

Seorang teknisi mengamati bahwa pita DNA pada hasil elektroforesis tampak kabur. Selain kemungkinan overheating, apa penyebab paling umum dari fenomena ini?

• Konsentrasi agarosa terlalu tinggi

• DNA ladder dimuat dalam volume yang terlalu kecil

• Terjadi kelebihan muatan DNA ke dalam sumur

• Gel dijalankan pada tegangan yang terlalu rendah

• Tidak ada kontrol negatif yang digunakan

Ketika menganalisis hasil PCR, pita DNA dalam kontrol negatif menunjukkan pita sekitar 500 bp, sama seperti sampel lainnya. Apa interpretasi yang paling tepat?

• Terjadi kontaminasi pada reagen atau proses PCR

• Konsentrasi sampel DNA terlalu tinggi

• Terjadi penghambatan PCR pada sampel

• Primer tidak spesifik terhadap target

• DNA ladder terdegradasi

Dalam eksperimen PCR multiplex, hasil elektroforesis menunjukkan hanya satu pita DNA sementara dua pita dari dua target yang berbeda seharusnya muncul. Apa penjelasan yang paling mungkin?

• Terjadi kelebihan DNA

• Salah satu target mengalami bias PCR atau dropout alelik

• Konsentrasi primer terlalu tinggi

• Voltase elektroforesis terlalu tinggi

• Gel terlalu tipis

Seorang siswa mencatat bahwa semua sampel PCR termasuk kontrol positif tidak menunjukkan pita pada gel. Apa kesimpulan yang paling tepat?

• Reagen PCR terkontaminasi

• Ada masalah dengan proses PCR secara keseluruhan

• Konsentrasi DNA terlalu tinggi

• Terjadi kontaminasi silang antara sampel

• Perpindahan DNA terjadi terlalu cepat

Hasil elektroforesis menunjukkan pita terang kurang dari 100 bp pada beberapa sampel, tetapi tidak ada pita lain yang cocok dengan ukuran target. Apa arti paling mungkin dari pita tersebut?

• Dimer primer atau sisa primer

• DNA target sangat pendek

• Kontaminasi dari DNA genomik

• Hasil tidak spesifik dari PCR

• Degradasi template DNA

Ketika elektroforesis selesai, teknisi melihat bahwa jalur migrasi DNA di gel miring ke satu sisi. Apa penyebab paling mungkin dari fenomena ini?

• Konsentrasi DNA terlalu tinggi

• Elektroda di tangki tidak sejajar

• Gel terlalu tipis

• Voltase terlalu rendah

Seorang peneliti mengamati bahwa semua pita DNA tetap di dalam sumur tanpa bergerak jauh. Apa penyebab paling mungkin dari masalah ini?

• Ladder DNA tidak ditambahkan

• Amplifikasi non-spesifik terjadi

• Konsentrasi agarosa terlalu tinggi atau migrasi terhambat

• Voltase terlalu tinggi

• Buffer terlalu encer

Dalam analisis gel, sebuah pita jelas dari ukuran target (~600 bp) muncul, tetapi juga ada pita sekitar 1200 bp yang tidak diharapkan. Apa interpretasi yang paling mungkin?

• Terjadi amplifikasi non-spesifik

• Dropout alelik

• Kontaminasi dari kontrol negatif

• Dimer primer

• Ladder DNA yang terdegradasi