Metabolomik dapat diartikan sebagai suatu analisis kuantitatif dan kualitatif secara menyeluruh terhadap semua molekul kecil yang ada di dalam suatu sel, jaringan, atau organisme tertentu. Berikut ini molekul yang tidak tergolong sebagai metabolom yaitu

Terdapat 3 analisis pendekatan yang diterapkan di dalam riset metabolomik, yaitu untargeted, targeted approach, dan metabolite fingerprinting. Pendekatan untuk diskriminasi sampel yang berbeda secara biokimia dimana identifikasi metabolit tidak diperlukan adalah

Meskipun ada ratusan sampai ribuan metabolit yang terdeteksi, kebanyakan dari metabolit tetap tidak dikenal karena keterbatasan informasi metabolit di pustaka metabolit dan tidak tersedianya referensi terstandardisasi. Profiling method untuk menyajikan data metabolomik sering kali menggunakan instrument di bawah ini. Instrument yang memiliki sensitivitas paling rendah adalah…

Metode targeted approach menganalisis jumlah metabolit yang relatif kecil dan spesifik, biasanya hingga dua puluh metabolit. Metabolit-metabolit ini dikarakterisasi secara kimia dan secara biokimia beranotasi dengan kepentingan biologis mapan pada awal penelitian sebelum akuisisi data dilakukan. Metode ini memiliki selektivitas dan sensitivitas yang lebih rendah dibandingkan metode untargeted approach.

Metode ini untuk mempelajari struktur komunitas bakteri tanpa membutuhkan proses kultivasi, berdasarkan keanekaragaman gen pengkode untuk RNA ribosom, dimana pola denaturasi DNA pada suhu tinggi menjadi prinsip analisisnya. Metode ini disebut…

Pada prinsipnya, teknik untuk pemulihan biomolekul baru dari sampel lingkungan dapat dibagi menjadi dua pendekatan utama: function-based dan sequence-based screening of metagenomic libraries. Seorang peneliti ingin mendapatkan gen yang mengkode β-d-glukuronidase bakteri, yang merupakan bagian dari mikrobioma usus manusia. Enzim ini memiliki efek positif pada kesehatan manusia. Metagenomics library yang terdiri dari 4.600 klon yang berasal dari DNA bakteri yang diekstraksi dari genangan tinja diskrining menggunakan strain E. coli yang kurang aktivitas β-d-glukururonidase. Dengan cara ini, 19 klon positif, dimana satu menunjukkan aktivitas β-d-glukururididase yang kuat setelah mengkloning gen yang sesuai ke dalam vektor ekspresi, terdeteksi. Teknik ini termasuk pada pendekatan….

Penerapan pendekatan sequence-based screening melibatkan desain probe DNA atau primer yang berasal dari konservasi region gen yang sudah diketahui atau protein family. Dengan cara ini, hanya varian novel dari kelas fungsional protein yang diketahui yang dapat diidentifikasi.

Pada gambar disamping merupakan teknik sekuensing yang disebut…

Saat ini, analisis metagenomik dapat dilakukan menggunakan web server. Web analysis untuk metagenomics diantarannya adalah di bawah ini, kecuali...