Font size
WorksheetsSequences Alignment and Analysis, Phylogenetic
Total questions: 25
Worksheet time: 16mins
Saudara/i mempunyai data hasil sekuensing dan akan dianalisis filogenetik. Beberapa program yang mungkin saudara gunakan secara berurutan adalah ...
AB Seq. Scanner > BioEdit > BLAST
AB Seq. Scanner > BioEdit > MEGA
AB Seq. Scanner > BioEdit > BLAST > MEGA
AB Seq. Scanner > BioEdit > MEGA > BLAST
Berdasarkan pohon filogenetik yang dikonstruksi berdasarkan sekuen gen IL-2 tersebut, bagian yang ditunjuk anak panah merah adalah…
Nodes (ancestor)
Klad (clade)
Takson
Branches (cabang)
bagian yang ditunjuk anak panah hijau adalah..
Nodes (Ancestor)
Klad (Clade)
Taxon
Branches (Descendant)
Dari gambar di atas, warna manakah yang dapat disebut sebagai klad?
Biru
Hijau
Merah
Sekuen apa sajakah yang bisa dijajarkan untuk dianalis ...
Sekuen DNA
Sekuen Asam Amino
Sekuen DNA, Asam Amino dan Protein
Sekuen RNA
Berikut ini software/program yang digunakan untuk alignment yaitu..
MEGA, SWISS MODEL, ClustalX
MEGA, BioEdit, Network
MEGA, BLAST, ClustalX
BioEdit, BLAST, Network
Software/program yang bisa digunakan untuk konstruksi filogenetik yaitu…
BLAST & BioEdit
MEGA & Network
BLAST & ClustalX
MEGA & BLAST
Kode W pada Nucleotide ambiguity code diartikan sebagai..
A atau C
A atau T
G atau C
G atau T
Kode S pada nucleotide ambiguity code diartikan sebagai..
A atau C
A atau T
G atau C
G atau T
Metode pembuatan pohon filogenetik yang meminimalkan panjang cabang dengan meminimalkan jumlah mutasi adalah…
Maximum Parsimony
Neighbor Joining
UPGMA
Maximum Likelihood
Type of alignment which is used to identify dissimilar sequences that are suspected to contain regions of similarity or similar sequence motifs within their larger sequence context is ...
Partial Alignment
General Alignment
Global Alignment
Local Alignment
The distance which describes the proportion of nucleotide sites at which two sequences being compared are different called ...
Similarity distance value
Pairwise distance value
Likelihood distance value
Overall distance value
Here is the interface of one software which is used in sequences analysis. To obtain the full contiguous sequence, which menu you should choose? What's the name of the program showed on that figure?
Accessory Application > CAP Contig Assembly; BioEdit
Options > CAP Contig Assembly; BioEdit
Accessory Application > CAP Contig Assembly; ClustalX
Options > CAP Contig Assembly; ClustalX
Berikut adalah tampilan sekuen hasil sekuensing menggunakan salah satu program analisis sekuens. Hal yang tepat terkait hasil sekuensing tersebut adalah ...
Sekuen basa dengan warna merah mempunyai kualitas yang rendah, sehingga harus dipotong semua
Sekuens berwarna kuning merupakan sekuens dengan kualitas sedang dan masih dapat digunakan sehingga tidak perlu di-trimming
Sekuens berwana biru merupakan hasil sekuensing dg tingkat kebenaran yang tinggi
Sekuens berwarna merah merupakan hasil sekuens dengan kualitas rendah, namun pemotongannya tetap harus mempertimbangkan panjang sekuens utuh
Berikut adalah hasil daripada program ... yang digunakan untuk analisis ...
DNAsp; Jejaring Haplotype
Network; Jejaring Haplotype
DNAsp; Jejaring Holotype
Network; Jejaring Holotype
Hal yang benar berkaitan dengan gambar di atas adalah ...
Menggambarkan pola pengelompokan dari beberapa OTU yang dianalisis
Semakin banyak mutasi, semakin jauh jarak dari OTU yang dianalisis
Jumlah titik merah menunjukkan jumlah perbedaan/variasi basa antar cabang yang dianalisis
Angka yang tertera dalam titik merah adalah titik terjadinya mutasi
Jejaring tersebut tidak berkaitan dengan hubungan evolusi OTU yang dianalisis
To obtain interface similar with those figure, which menu we should choose?
Analyzed
Raw
Analyzed+Raw
Sequence
Annotation
Pernyataan yang benar berdasarkan gambar di atas adalah ...
Setiap basa dapat terbaca dengan jelas berdasarkan bentuk peak yang muncul
Setiap peak melambangkan confidence level dari setiap basa yang terbaca oleh sequencer
Setiap peak menunjukkan kualitas sekuen setiap basa yang terbaca oleh sequencer
Semakin banyak peak untuk satu basa, semakin bagus kualitasnya
Informasi apa yang dapat anda dapatkan dari angka-angka yang muncul pada setiap cabang pohon tersebut?
Persen kemiripan antar cabang dalam satu nodus
Persen kejelasan pohon yang terbentuk
Persen kepercayaan dari nodus yang terbentuk
Persen kekuatan/robustness dari nodus yang terbentuk
Allignment menggunakan BLAST juga dapat memberikan hasil berupa skor hasil perbandingan query sequence dengan sbjct sequence. Sistem skoring yang benar dalam hasil allignment menggunakan BLAST tersebut adalah ....
Sekuen yang sama bernilai +1, sekuen yang tidak sama (mismatch) bernilai 0, sekuen yang tidak mempunyai pasangan bernilai -1
Sekuen yang sama bernilai +1, sekuen yang tidak sama (mismatch) bernilai -1, sekuen yang tidak mempunyai pasangan bernilai 0
Sekuen yang sama bernilai -1, sekuen yang tidak sama (mismatch) bernilai +1, sekuen yang tidak mempunyai pasangan bernilai 0
Sekuen yang sama bernilai +2, sekuen yang tidak sama (mismatch) bernilai -2, sekuen yang tidak mempunyai pasangan bernilai 0
Sekuen yang sama bernilai -2, sekuen yang tidak sama (mismatch) bernilai +2, sekuen yang tidak mempunyai pasangan bernilai 0
Warna-warna di atas dapat ditemui pada saat analisis hasil sekuensing menggunakan AB Sequence Scanner. Pernyataan yang benar ketika suatu sekuen mempunyai salah satu warna di atas adalah sebagai berikut, kecuali ....
Sekuen yang berwarna kuning dan biru yang dapat digunakan untuk analisis berikutnya
Hanya sekuen berwarna biru yang dapat digunakan untuk analisis berikutnya
Sekuen berwarna abu-abu tidak dapat digunakan untuk analisis selanjutnya sehingga harus dibuang
Sekuen berwarna merah merupakan sekuen dengan kualitas rendah
Sekuen berwarna abu-abu disebabkan mesin sequencer tidak dapat menentukan apakah basa yang dibaca berupa basa purin atau pirimidin
Perhatikan gambar di atas! Berdasarkan hasil allignment tersebut, secara sepintas kesimpulan yang bisa diambil adalah ....
Spesies 1 dan 4 mempunyai similaritas yang cukup tinggi
Spesies 2 dan 3 mempunyai similaritas yang cukup tinggi
Keempat spesies dimungkinkan mempunyai kekerabatan yang dekat
Keempat spesies mempunyai tingkat similaritas yang cukup rendah
Keempat spesies mempunyai tingkat similaritas yang cukup tinggi
Perhatikan gambar skematis di atas! Berdasarkan gambar tersebut, secara berturut-turut dari A-C merupakan jenis allignment ...
Local; Local; Global
Local; Global; Global
Local; Global; Local
Global; Local; Local
Proses penyatuan sekuen reverse dan forward disebut dengan tahap .... , sedangkan proses pemotongan sekuen dengan kualitas tidak baik disebut dengan tahap ....
Trimming – Contig
Contig – Trimming
Cutting – Combine
Combine – Trimming
Pernyataan yang benar terkait query sequence dan sbjct sequence adalah sebagai berikut, kecuali ....
Merupakan istilah yang digunakan untuk membedakan asal sekuen pada saat allignment menggunakan BLAST
Query sequence merupakan sekuen yang diinputkan/dianalisis, sedangkan sbjct sequence merupakan sekuen yang ada di database
Query sequence merupakan sekuen yang ada di database, sedangkan sbjct sequence merupakan sekuen yang diinputkan/dianalisis
Kedua sekuen tersebut akan disejajarkan untuk melihat adanya similaritas, kesamaan, mismatch atau perbedaan / missing sequenc
