Si (a)   ay kilala bilang "Utak ng Katipunan" at nagsilbing tagapayo ng samahan. Siya din ang patnugot ng "Kalayaan" ang pahayagan ng katipunan.

Nang matuklasan ang lihim ng Katipunan, dagliang nagpatawag ng pulong si Bonifacio sa mga katipunero at nagtungo sa isang lugar kung saan pinunit nila ang kanilang mga sedula at sabay-sabay na sumigaw, "Mabuhay ang Pilipinas! Mabuhay ang Katipunan! Ito ay tinawag na

(a)   .

Ang mga rebolusyonaryo sa Nueva Ecija ay pinamunuan ni Hen. Mariano Llanera, samantalang si Hen. Severino Tirona ang namuno sa Laguna, at si Hen. Miguel Malvar naman ang namuno sa (a)   .

Nagkaroon ng dalawang pangkat ng mga rebolusyonaryo sa Cavite, ang mga Magdalo na pinamumunuan ni (a)   at ang Magdiwang na Pinamumunuan ni Mariano Alvarez.

Upang tapusin ang lumalalang hidwaan sa pagitan ng mga Magdalo at Magdiwang, inanyayahan nila si Bonifacio sa isang pagpupulong na tinawag (a)   noong Marso 22, 1897. Dito nila napagkaisahang bumuo ng pamahalaang papalit sa Katipunan.

Sa halalang naganap noong Marso 22, 1897, nahalal si Bonifacio bilang "Direktor na Panloob" subalit tinutulan ito ng isang Magdalo na si Daniel Tirona. Ayon kay Tirona, si (a)   na isang abogado ang nararapat sa pwesto at hindi si Bonifacio na wala namang pinag-aralan.

Nagpatuloy ang himagsikan sa pamumuno ni Hen. Emilio Aguinaldo. Subalit noong Disyembre 14 at 15, 1897 nilagdaan ang (a)   sa pagitan ng mga rebolusyonaryo na kinatawan ni Aguinaldo at ng mga Espanyol sa pangunguna ni Gob.-Hen. Primo de Rivera.

Pagkatapos ng pagpatay kay Bonifacio ay humina ang mga rebolusyonaryo. Ang mga nasakop na lugar ni Aguinaldo ay isa-isang nasakop muli ng mga Espanyol. Nagtungo si Aguinaldo sa San Miguel de Mayumo, Bulacan at dito niya itinatag ang bagong pamahalaan na tinawag na (a)   .

Pinagtibay ang Saligang-Batas ng Biak-na-Bato noong Nobyembre 1, 1897 na hango sa Saligang Batas ng bansang Cuba. Ito ay sinulat nina Felix Ferrer at (a)   .