(a)   dipilih menjadi pusat pemerintahan pertama oleh Sultan Alauddin Riayat Shah I yang berhampiran sungai yang lebar dan berada di kawasanberbukit bukau.

Sultan Alauddin Riayat Shah I telah membuka pusat pemerintahan Kota Sayong setelah Kota Kara di Pekan Tua dimusnahkan oleh (a)   pada tahun 1535.

Selepas 5 tahun pusat pemerintahan di Kota Kara, Sultan Alauddin Riayat Shah I memindahkan pusat pemerintahan ke (a)   yang mempunyai Sungai Johor yang lebar dalam memudahkan kemasukan kapal dagang.

Antara cabaran untuk mempertahankan kedaulatannya Kesultanan Johor Riau termasuklah persaingan (a)   , Perang Johor-Jambi, konflik pembesar dan ancaman Raja Kechil.

(a)   telah berlaku antara tiga kuasa iaitu Johor-Acheh-Portugis untuk menguasai perdagangan di Selat Melaka.

Johor menyerang Jambi pada bulan (a)   untuk menuntut wilayah Tungkal daripada kerajaan Jambi.

Konflik yang berlaku antara (a)   dengan Laksamana Tun Abdul Jamil untuk menguasai pemerintahan Kerajaan Johor Riau berakhir dengan pengunduran Laksamana Tun Abdul Jamil ke Terengganu.

Raja Kechil mendakwa dirinya sebagai putera Sultan Mahmud Shah I (Sultan Mahmud Mangkat Dijulang) (1685-1699) telah menyerang Johor pada tahun 1718 kerana menuntut takhta kerajaan Johor dan mengisytiharkan dirinya sebagai (a)   dengan menggunakan gelaran Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah.

Antara strategi menghadapi cabaran yang menggugat kedaulatan Kepemimpinan Kesultanan Johor Riau termasuklah (a)   , membina kota pertahanan serta menjalinkan hubungan persahabatan dengan Belanda.

Pusat pemerintahan sering berpindah disebabkan oleh keperluan strategi ketenteraan dan pertahanan serta muslihat mempertahankan diri daripada (a)   .

Dasar Kesultanan Johor Riau berbaik-baik dengan Belanda dilakukan sebagai strategi untuk menghadapi ancaman daripada Portugis di (a)   .

(a)   ditandatangani pada 17 Mei 1606 antara Admiral Belanda, Cornelis Matelief de Jonge dan Sultan Alauddin Riayat Shah II di atas kapal Belanda bernama Oranje.

Johor membantu Belanda (a)   Portugis di Melaka sejak 2 Ogos 1640 dan akhirnya Portugis di Melaka berjaya ditewaskan pada Januari 1641.

Antara pengajarannya ialah kita perlu mempunyai keyakinan diri dalam mempertahankan kedaulatan negara.

(a)