Pada awal pembentukannya VOC dipimpin oleh Heeren VII yang berlokasi di Amsterdam (Belanda) hingga akhirnya sistem pemerintahan dialihkan ke Gubernur Jenderal pada 1610. Salah satu faktor yang melatarbelakanginya adalah karena jarak yang teramat jauh antara Belanda dan Hindia Belanda kala itu sehingga menyulitkan kontrol wilayah dan pemerintahan.

Berikut adalah urutan Gubernur Jenderal yang pernah memimpin VOC pada awal pembentukannya:

1. Pieter Both

2. Gerard Reynst

3. Laurens Reael

4. Pieter de Carpentier

5. Jan Pieterzoon Coen

Sebelum diduduki oleh VOC, Batavia bernama Jayakarta dan merupakan salah satu wilayah kekuasaan Kesultanan Mataram Islam di bawah Sultan Agung Hanyokrokusumo pada tahun 1619.

Salah satu kiprah Gubernur Jenderal VOC Jan Pieterzoon Coen (1619-1623) adalah melakukan ekspansi dan menggunakan politik adu domba untuk menguasai suatu wilayah. Politik tersebut dikenal dengan istilah “Devide et Impera”.

Salah satu kerajaan di Jawa yang pernah melakukan penyerangan terhadap kedudukan VOC di Batavia adalah Mataram Islam di bawah kepemimpinan Sultan Agung Hanyokrokusumo. Penyerangan pertama dilaksanakan pada tahun 1628, sedangkan serangan kedua pada 1629. Namun dua kali ia melancarkan serangan, semua dapat dipatahkan oleh Jan Pieterzoon Coen selaku Gubernur Jenderal VOC saat itu.

VOC bergerak di bidang perdagangan dengan komoditas utamanya adalah rempah-rempah seperti lada, cengkih, dan pala. Lada merupakan salah satu komoditas yang sangat mahal kala itu dan banyak dihasilkan oleh daerah-daerah di sekitar wilayah Pulau Sumatera.

Untuk mempertahankan wilayah kekuasaannya, VOC banyak mendirikan benteng-benteng terutama jika wilayah tersebut memberikan keuntungan yang besar bagi VOC. Salah satu benteng tersebut adalah Benteng Doorstede yang berlokasi di Banda, Maluku.

VOC mengalami masa kegemilangan bahkan sempat disebut-sebut sebagai perusahaan (kongsi dagang) terkaya di dunia kala itu. Masa-masa keemasan ini berlangsung kurang lebih 100 tahun dan dimulai dari masa kepemimpinan Gubernur Jenderal VOC yaitu Jan Pieterzoon Coen.

Pada 31 Desember 1799 VOC resmi dibubarkan dan diambilalih oleh Kerajaan Belanda karena banyak permasalahan yang terjadi seperti sulitnya mengontrol wilayah VOC yang begitu luas, maraknya korupsi di dalam tubuh VOC, serta besarnya biaya yang ditimbulkan akibat perang.