Първоначално село Войводиново е съществувало в местността „Дим пара“, намираща се на около километър на юг от сегашното разположение на селото, и е изградено върху основите на старо римско селище. В района могат да бъдат намерени артефакти от римско време. През този район е минавал стар римски път, използван по-късно от Османската империя. По него е превозвана султанската хазна от Пловдив за Истанбул, многократно нападана от местни жители, предвождани от войводи. Многократните нападения на войводите дават името на селото и пак заради тях жителите на селището са прогонени от земите и принудени да се заселят на северозапад по бреговете на река Пясъчник. Постоянните наводнения, причинявани от реката, ги принуждават преди около 350 години отново да се преместят и заселят в земите, в които е разположено селото днес.