단백질 목록의 교집합 크기를 수치화하는 방법

단백질 간 상호작용을 고려하는 방법

단순 집합 비교로 네트워크적 관계를 무시하는 방법

모든 단백질의 기능적 계층 정보를 반영하는 방법