II wojna światowa, chociaż nie zniszczyła zabytkowej architektury, poczyniła ogromne spustoszenia − przede wszystkim w sferze nauki, kultury i gospodarki. 6 listopada 1939 r. wywieziono do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego i najwybitniejszych przedstawicieli elity intelektualnej miasta. W sposób symboliczny Niemcy w Krakowie rozprawili się też z polskością, niszcząc trzy ważne dla historii i kultury miasta i kraju pomniki – Grunwaldzki na pl. Matejki, Adama Mickiewicza na Rynku Głównym oraz Tadeusza Kościuszki na wzgórzu wawelskim.

Po wojnie zmieniła się uprzywilejowana dotąd pozycja Krakowa: intencją ówczesnych władz było ograniczenie roli inteligencji. Wyrazem tych dążeń stała się budowa Nowej Huty i napływ ogromnej rzeszy robotników. Stało się jednak inaczej i wciąż środowiska artystyczne i naukowe kształtują charakter blisko 800-tysięcznego już miasta i stanowią jeden z jego największych atutów.