Presentación de metaloproteasa

Análisis estructural de una metaloproteasa antártica

By Franco Laureano

• Psicrófila​

• Mayor labilidad​

Antártica

• Hidroliza enlaces peptídicos

• Requiere un ion metálico para la catálisis

Metaloproteasa

Características:

Multiple Choice

¿Cuál es la temperatura óptima de actividad de una enzima psicrófila?

• 0 a 5 ºC

• 5 a 10 ºC

• 10 a 20 ºC

• 20 a 30 ºC

​Enzimas sintetizadas por organismos psicrófilos o psicrotolerantes. Son activas a bajas temperaturas.

Tienen una temperatura óptima de actividad de entre 20 y 30 ºC

Enzimas psicrófilas

Las enzimas sicrófilas (azul) son hasta diez veces más activas a temperaturas bajas y moderadas (20-30°C) que sus homólogos mesófilos (rojo).

Multiple Select

¿Qué estrategias se pueden generar a nivel de la estructura primaria?

• Altos contenidos de arginina y prolina

•  Bajos contenidos de ácido glutámico, ácido aspártico

• Alta cantidad de glicina

Glicina: ya que está implicada en la formación de alfa-hélices, impidiendo que se formen estructuras muy compactas.

Altos contenidos de:

Arginina y Prolina: forman enlaces de hidrógeno y puentes salinos. La prolina permite cambios bruscos de dirección de la cadena polipeptídica, produce curvaturas y rupturas de la estructura de las alfa-hélices y disminuye la estabilización por puentes de H.

Arginina, Ácido glutámico, Ácido aspártico: ya que estos son buenos donadores o aceptores de puentes de hidrógenos.

Bajos contenidos de:

Labilidad

​La proteína se purificó a partir de un micorganismo antártico sicrófilo.

Obtención de la proteína

​

Mediante la técnica espectometría de masa se obtuvo una secuencia en formato fasta.

Obtención de la secuencia

​

Obtención de la estructura

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​El fasta se comparó con la base de datos de de MPI Bioinformatics Toolkit y mediante HHpred se realizó una predicción de la estructura por homología.

​El fasta se comparó con la base de datos de de MPI Bioinformatics Toolkit y mediante HHpred se realizó una predicción de la estructura por homología.

​

Obtención de la estructura

1G9K: G 13%; P 2,2%; R 2,2%; E 2,3%; D 8,6%

1KAP: G 11,5%; P 2,3%; R 1,7%; E 2,5%; D 9,4%

Secuencia: G 12%; P 1,5%; R 1,2%; E  1,7%; D  7,7%

Labilidad

Estructura de 1KAP

Poll

¿Qué parámetros de validación no serían aceptables para 1KAP?

• Resolución

• Relación entre resolución y R-valor

• Relación entre los valores de R

• Valor de Ramachandran

Estructura de 1G9K

Poll

¿Qué parámetros de validación no serían aceptables para 1G9K?

• Resolución

• Relación entre resolución y R-valor

• Relación entre los valores de R

• Valor de Ramachandran

Estructura por homología