Bioinformática II: Teórico 2

Un read es

• Un fragmento de ADN que se genera durante la preparación de la librería

• Una secuencia de ADN que fue "leída" por el secuenciador

• Una secuencia de ADN que encuentro en la base de datos de PubMed

Un read PE corresponde a:

• Un par de reads que son leídos por el secuenciador a partir del mismo fragmento de ADN

• Un par de reads que son leídos por el secuenciador a partir de diferentes fragmentos de ADN

• Un read que es leído por el secuenciador

Un read SE corresponde a:

• Un read de Segunda Edición

• Un read leído desde un extremo de un fragmento de ADN

• Un read leído desde ambos extremos de un fragmento de ADN

El término "Base calling" se refiere a:

• La traducción de la señal captada por el detector en el secuenciador a la base correspondiente

• La búsqueda de variantes en una secuencia de ADN

• Un método de secuenciación masiva

La calidad de una base se reporta como:

• Q-score

• P-score

• p-valor

Mapeo se refiere a:

• La búsqueda de genes en el ADN

• El "matcheo" de reads contra una secuencia de referencia

• El "matcheo" de reads contra reads

El "matcheo" de reads solapantes genera:

• super reads

• contigs

• scaffolds

Los archivos SRA

• Contienen secuencia y calidad

• Contienen sólo secuencia

• Contienen sólo calidad

La calidad de las secuencias

• Se reporta en un archivo .fasta

• Se reporta en un archivo .fastq

La calidad en un archivo fastq

• Se reporta como un valor numérico para cada base

• Se reporta como un valor alfabético para cada base

• Se reporta como un carácter ASCII para cada base