Prediksi Gen dan promoter

Terdapat tiga metode untuk melakukan prediksi gen. Salah satu metode dengan prinsip memprediksi gen berdasarkan struktur sekuen DNA-nya saja, yaitu dengan mendeteksi sinyal gen (start dan stop codon, intron splice, TF, RBS, dan situs poli-A) dan coding region gen tersebut. Metode ini disebut ...

• Ab initio-based

• homology-based

• consensus-based

Eukariot (sebagian besar kelompok vertebrata) menggunakan start kodon translasi berupa sekuen ATG dan memiliki conserve sequence CCGCCATGG. Sekuen ini disebut …

• Shine-Delgarno sequence

• Ribosomal binding site

• Kozak sequence

• CpG Island

Struktur umum gen eukariot ialah transcription start, ribosomal binding site (Shine-Delgarno sequence), 5’ UTR, start codon, exon, stop codon, 3’ UTR, poly-A signal. Apakah pernyataan tersebut benar/salah?

• Benar

• Salah

Untuk melakukan prediksi dan analisis gen, diperlukan pengetahuan akan struktur suatu gen. Namun, terdapat perbedaan struktur antara gen Prokariot dan Eukariot. Struktur umum gen Prokariot ialah ...

• 
• 

Start codon merupakan salah satu bagian penting dalam analisis struktur gen. Pada bakteri sering kali ditemukan start codon dengan urutan seperti dibawah ini, kecuali …

• GTG

• ATG

• TAG

• TTG

RNA polymerase merupakan komplek subunit enzim yang berperan pada proses transkripsi DNA menjadi RNA. RNA Polymerase yang berperan di dalam proses transkripsi tRNA adalah …

• RNA Polymerase I

• RNA Polymerase II

• RNA Polymerase III

• RNA Polymerase V

Transkripsi merupakan suatu proses transkrip DNA menjadi RNA yang diinisiasi oleh RNA Polymerase. Berikut yang merupakan skema proses inisiasi transkripsi yang terjadi pada eukariot adalah

• 
• 

Promoter merupakan elemen DNA yang dikenali oleh DNA polymerase dan faktor-faktor transkripsi untuk dimulainya proses ekspresi gen. Prokariot maupun Eukariot memiliki struktur gen yang dikendalikan oleh satu promoter pada setiap gen yang dimiliki.

• Benar

• Salah

Berikut yang merupakan program prediksi gen berbasis ab initio adalah...

• FGENESH

• EST2Genome

• GENOMESCAN

• DIGIT

TATA Box sering digunakan sebagai indicator keberadaan promoter karena TATA Box merupakan tempat dimulainya proses transkripsi

• Benar

• Salah