Bioaktivitas Bahan Alam (UTS Ulang)

Pendekatan secara In silico berasal dari unsur utama penyusun alat elektronik salah satunya adalah komputer. Unsur utama yang dimaksud adalah

• Si

• Sl

• Sc

• So

• SL

Aplikasi docking memiliki kelebihan dan kekurangan saat digunakan untuk melakukan analisis secara in silico. Aplikasi yang memberikan kelebihan yaitu ketersediaan Autogrid dan proses docking simultan adalah

• Chimera

• Autodock Vina

• DUDe

• QSAR Toolbox

• SPSS

Virus Y menjadi perhatian karena merupakan mutasi dari virus X yang mudah bertransmisi. Seorang peneliti kemudian melakukan pengamatan secara in silico dengan design Structure Based Drug Design untuk mengurangi aktivitas virus X. Parameter utama design tersebut adalah

• Identifikasi sisi aktif virus

• Kemiripan struktur senyawa

• Jenis ikatan ligand-asam amino

• Gugus farmakofor senyawa

• Jarak identitas senyawa

Berdasarkan gambar tersebut, kandidat senyawa obat yang berasal dari alam berjumlah ribuan. Senyawa tersebut kemudian terseleksi dan mengalami penurunan jumlah setelah melalui tahapan yang dimiliki oleh pendekatan In silico. Tahapan yang mampu melakukan seleksi senyawa tersebut adalah

• Geometric optimization

• Molecular docking

• Root Mean Square Deviation

• Molecular dinamic

• Virtual screening

Mahmud ingin melakukan pengamatan awal terhadap protein target pengobatan dalam penelitiannya. Aplikasi yang cukup direkomendasikan untuk membantu mahmud menyelesaikan pengamatannya adalah

• ZINC

• KNApSAcK

• RCSB

• ADMETsar

• PLANTS

Hasil interpretasi pendekatan in silico menunjukkan bahwa senyawa X dapat berikatan dengan asam amino Leu343 dan Arg425. Apabila ditinjau lebih lanjut, proses interpretasi tersebut dalam pendekatan insilico masuk dalam tahapan

• Virtual screening 

• Ligand optimization

• Drug-target interaction analysis

• Macromolecule preparation

• Force field calculation

Aplikasi docking yang juga sering dimanfaatkan oleh akademisi karena mampu memberikan gambaran cavity saat molecular docking adalah

• SPSS

• preADMET

• Open office

• MVD

• LigandScout

Seorang peneliti melakukan uji aktivitas anti-retroviral tanaman X secara in vitro. Meja kerja steril yang harus dipilih oleh peneliti tersebut untuk mencegah terjadinya paparan subjek uji adalah

• Laminar air flow

• Bio safety cabinet

• Fume hood

• Enkas

• Microplate reader

Pengujian secara in vitro menggunakan objek tertentu dan dilakukan dalam lingkungan terkendali seperti cawan petri. Tujuan utama dilakukan pengujian secara in vitro adalah

• Memprediksi bioaktivitas senyawa uji

• Menambah subjek uji in vivo

• Melakukan pengamatan bioaktivitas pada organisme utuh

• Memastikan mekanisme bioaktivitas senyawa uji

• Menurunkan validitas uji pre klinik lain

Seorang peneliti kimia bahan alam menguji senyawa tanaman X terhadap ekspresi protein tertentu. Analisis yang memungkikan dilakukan oleh peneliti tersebut adalah melakukan pengamatan

• MHC II  

• Prosentase sel hidup

• Jarak daya hambat

• Diameter sel

• Jumlah sel