Lezione 12: predizione strutture terziarie: modellamento

Qual è lo scopo dell'allineamento target-templato nel modellamento di proteine?

• Trovare gli amminoacidi conservati

• Verificare che il templato sia corretto

• Identificare le equivalenze strutturali

• Trovare la famiglia di proteine di appartenenza

Quale tra questi metodi serve a identificare il templato corretto?

• Threading

• Rigid body modelling

• Segment matching

• Spatial restraints

Nella proteina TIM, quale di queste porzioni è più a rischio di essere modellata in modo non corretto?

• Il beta barrel centrale

• Le alfa eliche fiancheggianti il beta barrel

• I loop che congiungono gli strand del beta barrel

• Tutte hanno la stessa probabilità

Nel metodo di modellamento per spatial restraints, cosa sono i restraints?

• Le distanze ottenute tramite analisi NOE

• Le distanze ottenute tramite modellamento dei loop

• Le distanze derivate dall'analisi del templato

• Il numero di modelli ottenuti

Quale sarà lo step più difficile del modellamento di una proteina che condivide il 10% di somiglianza di sequenza con il templato?

• L'allineamento

• La costruzione del backbone

• La costruzione dei loop

• La costruzione delle catene laterali