TAD w biologii

Celem badania jest symulowanie numeryczne rozprzestrzeniania się monowarstwy komórkowej na pustej przestrzeni i zderzenie dwóch monowarstw różnych komórek w teście...

• migracji

• migracji antagonistycznej

• antygenowym

• inwazyjności komórek

... - miara liczby komórek w kulturach komórkowych. Wyrażona jest jako procent powierzchni naczynia hodowlanego zajętego przez komórki.

Założeniem tego modelu jest to, że konfiguracje tkanek, które optymalizują energię w równaniu powiązanej energii, odpowiadają teselacji Woronoja płaszczyzny z wielokątami jako komórkami i centrami komórek działającymi jak nasiona Woronoja.

• Model wierzchołków (Vertex Model)

• Model aktywnych wierzchołków (Active Vertex Model)

Podstawowymi założeniami modelu VM są:

(więcej niż jedna poprawna odpowiedź)

• komórki w nabłonku mają mniej więcej tę samą wysokość

• komórki w nabłonku mają różną wysokość

Zastosowaniami śledzenia zbiorowego ruchu komórek są: (więcej niż jedna poprawna odpowiedź)

• gojenie się ran

• regeneracje tkanek i narządów

• rak przerzutowy

• inżynieria tkankowa

Interesuje nas dynamika przemieszczania się komórek przez pustą przestrzeń oraz podczas zderzenia i wnikania w inną tkankę.

• PRAWDA

• FAŁSZ

W opracowywanym artykule oprócz TDA (Topological Data Analysis) wykorzystano metodę grupowania hierarchicznego.

• PRAWDA

• FAŁSZ

Do porównywania diagramów persystencji wykorzystano: (więcej niż jedna poprawna odpowiedź)

• odległość bottleneck

• odległość Wassersteina

• odległość euklidesową

Co umożliwia odległość Wassersteina między granicami:

• śledzenie i automatyczną klasyfikację ewoluujących kształtów

• wyodrębnić wartości parametrów i określić biologicznie istotne mechanizmy fizyczne

• dostrojenie napięcia połączeń podczas symulacji testów migracji antagonistycznej