Curso AEMPS: librerías y BBDD

¿Cuál de estos recursos no es de acceso abierto?

• METLIN Gen2

• MoNA

• HMDB

• DrugBank

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METLIN Gen 2 requiere de una suscripción. ¡Qué pena, todos estabamos deseando ver sus estupendas funcionalidades!

Señala la respuesta FALSA. MS Search...

• Sirve para espectros GC-EI-MS

• Sirve para espectros LC-ESI-MS/MS

• Sirve para espectros CE-ESI-MS/MS

• No permite importar librerías .MSP a través de Librarian

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Claro que lo permite! Pero hay que tener en cuenta que a partir de aproximadamente 10000 espectros la importación se detendra y mostrará el error 'out of memory' ¡Uff, qué pena!

A los compuestos no identificados en librerías y no esperados por el analista se les denomina...

• Known knowns

• Known unknowns

• Unknown unknowns

• Unknown knowns

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para el analista son UNKNOWN

y para las librerías también,

¡Rumsfeld estaría orgulloso de que hubieras acertado!

¿Por qué tenemos que recurrir a utilizar estándares para IDENTIFICAR un compuesto?

• Porque es consenso general en química analítica y así lo recomiendan varias sociedades

• Porque actualmente no podemos predecir espectros ni propiedades químicas ortogonales con un 100% de fiabilidad

• Porque me obliga mi jefe/soy el jefe

• Porque me encanta gastar dinero en estándares que nunca mediré

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Aunque es consenso en química analítica, si fueramos capaces de predecir las propiedaes químicas y espectrales de todas las moleculas de manera inambigua, esto no sería necesario. Good luck with that!!!

Cuantas bases de datos de CAS necesitaría para tener el mismo nº de entradas que el máximo número actual de moleculas predichas? (10^180)

• 10^8

• 10^172

• 10^180

• 10^8

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Todos sabemos que 10^180/10^8 = 10^172, o no......

La primera búsqueda automatizada de espectros apareció publicada en ...

• 1950

• 1967

• 1959

• 1969

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Aunque no se hiciera con un PC moderno, los IBM collators permitieron esta "hazaña". Imagináos buscar en la librería nist GC-EI-MS actualmente. ¡Talaríamos media Amazonia para hacer tarjetas perforadas!

Un "Conjunto ordenado de operaciones sistemáticas que permite hacer un cálculo y hallar la solución de un tipo de problemas”

• Diagrama

• Sistema

• Servidor

• Algoritmo

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Un algoritmo!! No hace falta que sea digital para que sea un algoritmo. ¡Siglos atrás, ya se conocían varios!

¿Qué parámetro(s) permiten regular el peso del m/z en el resultado de un dot product?

• m/z y abundancia

• WU y WL

• El sumatorio de WL y WL

• m y n

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¡ m y n ! Toman valores distintos según el recurso que utilicemos. Generalmente toman valores <1 y la diferencia entre ellos es lo que realmente regula el peso.

En un algoritmo de similitud espectral por semejanza del coseno...

• No influye el módulo del vector librería

• El coseno del ángulo entre el vector unknown y vector librería no determina la similitud

• la similitud toma un valor de 0 para máxima similitud

• Influye el módulo del vector unknown

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El ángulo entre dos líneas que tienen el mismo origen no viene determinado por la longitud de las mismas !!!

Tengo una anotación sobre un potencial compuesto con un centro quiral. No hay otras posibles anotaciones salvo dos enantiómeros. Haciendo spiking de un estándar puro, observo en un método que me permite resolver los dos enantiómeros, que el pico correspondiente a mi anotación aumenta y no aparece señal en el otro enantiómero. Mi anotación es de nivel...

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¡Hemos conseguido resolver la estructura 3D!