Parte de Frank

Si se quería identificar un microorganismo por su morfología, ¿qué método tradicional se usaba?

• Gold standard
• Microscopio óptico
• Electroforesis capilar
• Secuenciación Sanger

¿Cuáles son estudios metagenómicos?

• Earth Microbiome Project
• American gut project
• Metahit
• Human Microbiome Project

Si se quiere realizar un estudio de taxonomía, ¿qué programa usarías y qué tipo de secuenciamiento aplicarías?

• Kraken teniendo como input los datos generados por secuenciamiento por el enfoque shotgun metagenómico que contiene reads sin ensamblar.
• QIIME2 con secuenciación por amplicones y datos trimados
• MEGAN con secuenciación Illumina y ensamblaje metagenómico
• BLAST con secuenciación Sanger y ensamblaje de novo

¿Qué primers se usan para amplificar toda la región 16S?

• 1492R y 27F
• 515Y y 806R
• 8F y 1391R
• 338F y 806R

Si se quiere analizar el género específico, ¿cuál sería el protocolo a seguir?

• Amplificación de toda la región 16S (metataxonómica). Digestión por enzimas de restricción doble para hallar el genogrupo.
• Amplificación de la región V4 del 16S (metagenómica). Ensamblaje de novo para identificar el género.
• Amplificación de la región V4 del 18S (metataxonómica). Secuenciación por Sanger para el análisis de género.
• Amplificación de toda la región 16S (metagenómica). Ensamblaje de novo para identificar el género.

El ARNr ribosomal posee stems y loops, ¿cuáles regiones son variables y cuáles son permanentes?

• Stems -> Conservadas; Loops -> Variables
• Stems -> Variables; Loops -> Conservadas
• Ambas son variables; Ambas son conservadas
• Ambas son permanentes; Ambas son variables

Diferencia entre metagenómica y metataxonómica

• Metagenómica -> Analiza todo el genoma; Metataxonómica -> Amplifica solo 1 gen
• Metagenómica -> Amplifica regiones específicas; Metataxonómica -> Analiza todo el genoma
• Metagenómica -> Usa secuenciación Sanger; Metataxonómica -> Usa secuenciación Illumina
• Metagenómica -> Identifica especies; Metataxonómica -> Identifica géneros

El gen ARNr 16S, ¿cuántas pares de bases tiene?

• 1500 pb
• 500 pb
• 2000 pb
• 1000 pb

Para qué son usadas las enzimas de restricción en el método Sanger

• Visualizar patrones de corte en el gel
• Amplificar genes específicos
• Cuantificar la cantidad de ADN en una muestra
• Secuenciar el genoma completo

¿Con cuál método (shotgun o por amplicones) se puede inferir las funciones de los genes?

• Shotgun -> Anotación funcional
• Amplicones -> Anotación estructural

• Shotgun -> Anotación taxonómica
• Amplicones -> Anotación funcional