Genotypic characteristics Quiz

ข้อใดไม่ใช่เหตุผลของการใช้ยีน 16S rRNA ในการระบุสายพันธุ์ของแบคทีเรีย

• ในแบคทีเรียส่วนใหญ่มียีน 16S rRNA เพียงยีนเดียว

• เป็นบริเวณอนุรักษ์ (conserve domain)

• มีวิวัฒนาการต่ำ

• มีขนาด 1000 bp เพียงพอต่อการใช้ในการระบุสายพันธุ์

ข้อใดกล่าวไม่ถูกต้องเกี่ยวกับค่า cut-off ของการระบุสายพันธุ์ด้วยยีน 16S rRNA

• เปอร์เซ็นต์ความเหมือน (%similarity) < 97% เป็น new genus

• เปอร์เซ็นต์ความเหมือน (%similarity) < 98.7% เป็น new species

• เปอร์เซ็นต์ความเหมือน (%similarity) < 95% เป็น new genus

• เปอร์เซ็นต์ความเหมือน (%similarity) > 99% เป็น known species

ข้อใดบอกหน้าที่ของการสกัดดีเอ็นเอไม่ถูกต้อง

• 10% SDS เป็นสารเคมีเพื่อแตกเซลล์

• 0.1x SSC เป็นสารเคมีที่ใช้เพื่อการตกตะกอน DNA

• Lysozyme เพื่อใช้ในการแตกเซลล์อย่างจำเพาะ

• Phenol: Chloroform เพื่อแยก DNA ออกจากโปรตีนและเศษเซลล์ต่างๆ

• Cool absolute ethanol ใช้เพื่อตกตะกอน DNA

ข้อใดไม่ใช่ข้อควรระวังในการสกัด DNA

• ใส่เสื้อกราวน์และถุงมือ เพื่อป้องกันอันตรายและป้องกันการปนเปื้อน

• ระวังในการดูดส่วนใสไม่ให้ติดชั้นของโปรตีนขึ้นมา

• เมื่อเติม Phenol: Chloroform แล้ว นำไปปั่นเหวี่ยง และนำออกมา ผสมด้วย vortex เพื่อสกัด DNA ออกมาให้ได้มากที่สุด

• Absolute ethanol ควรใช้ขณะเย็น

การวัดความบริสุทธ์ของ DNA ต่อโปรตีน ค่าการดูดกลื่นแสงที่ได้ควรเป็นอย่างไร

• A260/A230 > 2.00

• A230/A260 > 2.00

• A260/A280 > 1.80

• A280/A260 > 1.80

ข้อใดกล่าวไม่ถูกต้องเกี่ยวกับการออกแบบ primer

• ความยาวประมาณ 50 bp

• ควรมีค่า Tm ของ สาย F และ R ใกล้เคียงกัน (ไม่ควรต่างกันมากกว่า 5°C)

• ไม่ควรใช้เบสซ้ำๆ

• Primer ไม่ควรคู่สมกันเอง

DNA มีประจุเป็นอะไร

• บวก

• ลบ

• กลาง

• เป็นอะไรก็ได้ขึ้นกับสารละลาย

จากรูป กรอบสีแดงเป็นผลการรัน gel electrophoresis ที่ถือสรุปผลได้ว่าอย่างไร

• DNA fragment

• DNA ปนเปื้อน RNA

• DNA ปนเปื้อนโปรตีน

• DNA เสียสภาพ (DNA degradation)

ข้อใดจัดเรียงขั้นตอนของการวิเคราะห์จีโนมได้ถูกต้อง

• Alignment > Assembly > Download > Multiple alignment > Phylogenetic

• Assembly > Alignment > Download > Multiple alignment > Phylogenetic tree

• Download > Alignment > Assembly > Multiple alignment > Phylogenetic

• Alignment > Assembly > Multiple alignment > Phylogenetic > Download

ข้อใดคือ ค่า cut-off ของการวิเคราะห์ new species จากข้อมูล genome sequencing ได้ถูกต้อง

• %ANIb <95%, %AAI < 70%

• dDDH <70%, %ANI >95%

• %ANI <95%, dDDH <70%

• %ANIm <95%, ANIb <70%