De acuerdo con la fracción XXIX-H del artículo 73 constitucional, el Tribunal Federal de Justicia Administrativa tiene competencia para:
1. Resolver las controversias en que la Federación fuese parte
2. Dirimir las controversias que se susciten entre la administración pública federal y los particulares.
3. Imponer las sanciones a los servidores públicos por las responsabilidades administrativas que la ley determine como graves y a los particulares que participen en actos vinculados con dichas responsabilidades,
4. Dirimir las controversias del orden civil o mercantil que se susciten sobre el cumplimiento y aplicación de leyes federales
5. Fincar a los responsables el pago de las indemnizaciones y sanciones pecuniarias que deriven de los daños y perjuicios que afecten a la Hacienda Pública Federal o al patrimonio de los entes públicos federales.
6. Dirimir las controversias que versen sobre derecho marítimo