Keragaman Genetik

1. Software apa yang dapat Saudara gunakan untuk analisis polimorfisme nukleotida?

• Arlequin

• DnaSP

• Network

• Mega

Software apa yang dapat Saudara gunakan untuk pengujian statistik dalam genetika populasi?

• Arlequin

• DnaSP

• Network

• Mega

Software apa yang dapat Saudara gunakan untuk membangun jaringan haplotype?

• Arlequin

• DnaSP

• Network

• Mega

Apa yang dimaksud dengan keragaman nukleotida (nucleotide diversity) dalam populasi?

• Proporsi individu dalam populasi yang memiliki haplotype tertentu

• Tingkat variasi basa nukleotida di antara pasangan sekuens dalam populasi

• Jumlah total situs polimorfik dalam sekuens DNA

• Frekuensi gen tertentu dalam populasi

Apa yang dimaksud dengan locus dalam konteks genetika?

• Sekumpulan gen dalam satu kromosom

• Posisi spesifik suatu gen atau penanda genetik pada kromosom

• Sekuens DNA yang mengkodekan protein tertentu

• Semua alel yang dimiliki oleh suatu populasi

Mengapa daerah variabel penting dalam identifikasi spesies?

• Karena berfungsi sebagai penanda universal pada semua organisme

• Karena urutannya sangat stabil di semua spesies

• Karena menunjukkan variasi unik yang dapat membedakan spesies

• Karena lebih mudah diamplifikasi oleh PCR dibandingkan daerah konservatif

Gen COI pada mitokondria sering digunakan sebagai penanda genetik karena

• Gen ini hanya ditemukan pada hewan tertentu

• Memiliki daerah konservatif dan variabel yang ideal untuk identifikasi spesies

• Tidak memiliki daerah variabel sama sekali

• Lebih stabil dibandingkan gen lain pada genom nukleus

Nilai Fst digunakan untuk?

• Mengukur hubungan filogenetik antar spesies

• Mengidentifikasi haplotype yang dominan

• Mengestimasi perbedaan genetik antar populasi

• Menghitung tingkat mutasi dalam DNA mitokondria

Statistik yang tidak dihitung oleh Arlequin adalah

• Keragaman haplotype (haplotype diversity)

• Keragaman nukleotida (nucleotide diversity).

• Struktur populasi (Fixation Index, Fst)

• Pohon filogenetik berdasarkan data sekuens

Dalam jaringan haplotype, node (simpul) yang berukuran lebih besar biasanya menunjukkan apa

• Jumlah mutasi yang lebih tinggi

• Lokasi geografis tertentu

• Frekuensi haplotype yang lebih tinggi di populasi

• Haplotype yang baru berevolusi