Tin sinh học Chương 4. part 3

Điều gì sẽ xảy ra nếu một trình tự đầu vào có chứa nhiều ký tự không hợp lệ khi nhập vào BioEdit?

• BioEdit có thể từ chối nhập trình tự hoặc hiển thị lỗi

• BioEdit sẽ tự động sửa lỗi và tiếp tục nhập trình tự

• BioEdit sẽ bỏ qua trình tự lỗi và nhập các trình tự còn lại

• BioEdit sẽ tự động thay thế các ký tự không hợp lệ bằng ký tự 'N'

Nếu trong quá trình thực hiện ClustalW Alignment trong BioEdit, giá trị "Gap Opening" được tăng cao hơn mặc định, điều gì có thể xảy ra?

• Các gap sẽ ít được chèn vào trình tự hơn, làm giảm độ dài của alignment

• Các gap sẽ được chèn vào dễ dàng hơn, dẫn đến alignment có nhiều khoảng trống hơn

• Không có sự thay đổi đáng kể vì ClustalW không bị ảnh hưởng bởi giá trị này

• Các vùng bảo tồn hoàn toàn (*) sẽ giảm mạnh

Sau khi thực hiện Multiple Alignment bằng ClustalW trong BioEdit, nếu thấy rất ít vị trí có dấu “*”, điều này có thể cho thấy điều gì?

• Các trình tự đầu vào có mức độ khác biệt cao, ít vùng bảo tồn

• Alignment có lỗi và cần chạy lại ClustalW với thông số khác

• Dữ liệu đầu vào có thể bị nhiễm tạp hoặc không đúng định dạng

• Cả A và B đều đúng

Tại sao cần lưu kết quả Alignment dưới định dạng FASTA hoặc PHYLIP sau khi hoàn thành trong BioEdit?

• Vì các định dạng này được hỗ trợ bởi các phần mềm phân tích phát sinh chủng loại như MEGA, PhyML, RAxML

• Vì BioEdit không thể mở lại file nếu không lưu ở các định dạng này

• Vì các định dạng này giúp bảo toàn thông tin Alignment tốt hơn so với định dạng BioEdit

• Vì chỉ có định dạng FASTA hoặc PHYLIP mới hiển thị được các vùng bảo tồn

Khi kiểm tra kết quả Alignment trong BioEdit, nếu thấy nhiều gap (khoảng trống) xuất hiện trong một trình tự cụ thể so với các trình tự khác, điều này có thể cho thấy điều gì?

• Trình tự đó có thể có nhiều đột biến chèn hoặc mất đoạn so với các trình tự khác

• Trình tự đó có thể bị lỗi khi nhập vào, cần kiểm tra lại dữ liệu đầu vào

• ClustalW có thể đã sử dụng thông số gap không phù hợp

• Cả A, B và C đều đúng

Khi tải dữ liệu FASTA lên ClustalW, điều gì có thể xảy ra nếu một trình tự bị thiếu ký hiệu '>' ở dòng đầu tiên?

• ClustalW sẽ tự động nhận diện trình tự và xử lý bình thường

• ClustalW có thể báo lỗi hoặc không nhận diện đúng trình tự

• ClustalW sẽ bỏ qua trình tự đó và chỉ xử lý các trình tự còn lại

• ClustalW sẽ tự động thêm ký hiệu '>' vào đầu trình tự bị thiếu

Trong quá trình phân tích kết quả của ClustalW, nếu một cột trong alignment có nhiều dấu gạch ngang ('-'), điều này có thể chỉ ra điều gì?

• Một số trình tự có độ dài ngắn hơn và cần chèn gap để căn chỉnh

• Tất cả các trình tự trong bộ dữ liệu đều giống hệt nhau

• ClustalW đã phát hiện lỗi và không thể hoàn thành việc căn chỉnh

• Dữ liệu đầu vào có thể đã bị hỏng và cần tải lại

Sau khi hoàn tất sắp xếp trình tự trong ClustalW, điều nào sau đây KHÔNG phải là một cách hợp lý để kiểm tra chất lượng alignment?

• Quan sát các vùng bảo tồn giữa các trình tự

• Kiểm tra số lượng gap và vị trí của chúng

• Đếm tổng số nucleotide hoặc amino acid trong từng trình tự

• So sánh với kết quả từ một công cụ sắp xếp trình tự khác

Tại sao định dạng FASTA thường được sử dụng để nhập dữ liệu vào ClustalW?

• Vì định dạng FASTA hỗ trợ tất cả các kiểu dữ liệu sinh học như DNA, RNA, và protein

• Vì FASTA có cấu trúc đơn giản, dễ nhận diện các trình tự

• Vì ClustalW không thể xử lý các định dạng dữ liệu khác ngoài FASTA

• Cả A và B đều đúng

Nếu hai trình tự đầu vào trong ClustalW có độ dài khác nhau đáng kể, điều gì có thể xảy ra trong quá trình alignment?

• ClustalW sẽ không thể thực hiện alignment và báo lỗi

• ClustalW sẽ tự động kéo dài trình tự ngắn hơn để khớp với trình tự dài hơn

• ClustalW sẽ thêm nhiều gap vào trình tự ngắn hơn để căn chỉnh với trình tự dài hơn

• ClustalW sẽ bỏ qua trình tự ngắn hơn để tập trung vào trình tự dài hơn