Bioteknologi Pertanian

Apa peran utama enzim DNA polimerase dalam reaksi PCR?

• Mengurai ikatan hidrogen pada DNA

• Menghasilkan primer untuk memulai sintesis DNA

• Menstabilkan untaian DNA tunggal

• Menambahkan nukleotida baru ke ujung 3' primer

• Mengubah RNA menjadi DNA

Mengapa suhu tinggi digunakan pada tahap denaturasi dalam PCR?

• Untuk meningkatkan aktivitas DNA polimerase

• Untuk membuka ikatan hidrogen antara basa nitrogen

• Untuk menonaktifkan kontaminan dalam sampel

• Untuk mempercepat proses elongasi

• Untuk menghambat reaksi polimerisasi

Perbedaan utama antara PCR konvensional dan Real-Time PCR (qPCR) adalah…

• Real-Time PCR menggunakan enzim tambahan untuk meningkatkan reaksi

• PCR konvensional memvisualisasikan hasil melalui gel elektroforesis, sedangkan qPCR mendeteksi DNA secara langsung

• qPCR membutuhkan waktu lebih lama dibandingkan PCR konvensional

• PCR konvensional lebih sensitif dibandingkan qPCR

• qPCR hanya dapat digunakan untuk RNA, sedangkan PCR konvensional hanya untuk DNA

Pada elektroforesis gel agarosa, DNA bermigrasi menuju kutub positif karena…

• DNA memiliki muatan positif

• DNA memiliki muatan negatif

• DNA bersifat netral

• Basa nitrogen pada DNA bersifat hidrofilik

• Adanya ikatan hidrogen dalam DNA

Manakah pernyataan yang benar mengenai Nested PCR?

• Menggunakan dua pasang primer untuk meningkatkan spesifisitas amplifikasi

• Hanya dapat digunakan untuk mengamplifikasi DNA virus

• Membutuhkan lebih sedikit siklus dibanding PCR konvensional

• Menggunakan enzim tambahan untuk meningkatkan efisiensi reaksi

• Tidak memerlukan tahap denaturasi

Apa keuntungan utama dari penggunaan elektroforesis kapiler dibandingkan elektroforesis gel agarosa?

• Waktu analisis lebih lama untuk hasil yang lebih akurat

• Kemampuan untuk mendeteksi protein selain DNA

• Pemisahan yang lebih cepat dan resolusi lebih tinggi

• Tidak memerlukan muatan listrik untuk memisahkan fragmen DNA

• Tidak memerlukan pewarna DNA untuk visualisasi

Mengapa Mg²⁺ penting dalam reaksi PCR?

• Menghambat kerja DNA polimerase

• Menstabilkan primer pada DNA template

• Berfungsi sebagai kofaktor bagi DNA polimerase

• Meningkatkan suhu denaturasi DNA

• Menghambat kontaminasi DNA pada sampel

Pada teknik elektroforesis, fragmen DNA dengan ukuran lebih kecil akan…

• Bergerak lebih lambat dibanding fragmen besar

• Tidak bergerak karena terlalu ringan

• Bergerak lebih cepat menuju elektroda positif

• Mengendap di dasar gel

• Berhenti sebelum mencapai elektroda

Apa keuntungan utama dari teknik Multiplex PCR?

• Memungkinkan amplifikasi beberapa target DNA dalam satu reaksi

• Mengurangi risiko kontaminasi silang

• Tidak memerlukan primer dalam proses amplifikasi

• Tidak memerlukan enzim DNA polimerase

• Menghasilkan produk DNA dengan ukuran yang seragam

Pada elektroforesis gel agarosa, pewarna DNA seperti SYBR Green atau EtBr digunakan untuk…

• Memperlambat migrasi DNA

• Memutus ikatan hidrogen pada DNA

• Menghambat reaksi PCR

• Memvisualisasikan fragmen DNA di bawah sinar UV

• Mengubah DNA menjadi bentuk linier