06 Metode kuantifikasi DNA/RNA

Seorang ATLM diminta untuk melakukan pemeriksaan konsentrasi DNA hasil ekstraksi dari sampel darah pasien dengan menggunakan spektrofotometer. Ia mengukur absorbansi pada panjang gelombang 260 nm dan mendapatkan nilai A260 sebesar 0,8. Berdasarkan hukum Beer-Lambert, diketahui bahwa 1,0 A260 setara dengan 50 μg/mL dsDNA. ATLM kemudian menghitung konsentrasi DNA dalam sampel. Berapakah konsentrasi DNA yang diperoleh?

• 20 μg/mL

• 25 μg/mL

• 30 μg/mL

• 40 μg/mL

• 50 μg/mL

Seorang ATLM menggunakan NanoDrop untuk mengecek kualitas DNA dari sampel jaringan. Nilai A260/A280 yang didapat adalah 1,2. ATLM menyimpulkan bahwa ada kemungkinan kontaminasi dalam sampel. Kontaminasi apa yang paling mungkin terdapat pada sampel tersebut?

• Protein

• RNA

• EDTA

• Garam organik

• Karbohidrat

Saat mengukur RNA menggunakan spektrofotometer, ATLM mendapatkan rasio A260/A230 yang rendah yaitu 1,0. Hasil ini menandakan adanya kontaminan kimia yang menyerap pada panjang gelombang 230 nm. Kontaminan apa yang paling sering menyebabkan hasil ini?

• Fenol atau guanidin

• Protein

• RNA

• Karbohidrat

• Air bebas nuklease

Seorang ATLM diminta untuk mengukur DNA dengan konsentrasi sangat rendah. Jika ia menggunakan metode spektrofotometri, konsentrasi tidak dapat terdeteksi dengan baik. Ia kemudian memutuskan untuk menggunakan metode berbasis pewarna fluoresen. Apa keuntungan utama dari metode ini dibanding spektrofotometri?

• Tidak membutuhkan kurva standar

• Dapat mendeteksi DNA dengan konsentrasi rendah

• Lebih cepat daripada spektrofotometri

• Tidak memerlukan alat khusus

• Tidak membutuhkan pewarna tambahan

Dalam laboratorium, seorang ATLM melakukan kuantifikasi DNA menggunakan pewarna PicoGreen. Prinsip kerja pewarna ini adalah menghasilkan sinyal fluoresen ketika berikatan dengan target tertentu. Target spesifik apa yang dapat diikat oleh PicoGreen?

• RNA tunggal

• dsDNA

• Protein

• Garam organik

• Lipid

Seorang ATLM menerima sampel RNA pasien dan ingin memeriksa konsentrasinya menggunakan metode fluoresensi. Ia memilih pewarna RiboGreen. Apa alasan utama penggunaan pewarna ini?

• Spesifik terhadap dsDNA

• Spesifik terhadap RNA

• Lebih murah dibanding PicoGreen

• Tidak memerlukan fluorometer

• Lebih cepat daripada spektrofotometer

Seorang ATLM sedang mempersiapkan qPCR untuk mendeteksi jumlah DNA virus dalam sampel pasien. Prinsip qPCR adalah mengukur akumulasi DNA yang diamplifikasi melalui sinyal fluoresen. Bagaimana cara kuantifikasi jumlah awal DNA dilakukan pada qPCR?

• Mengukur absorbansi 260 nm

• Membandingkan intensitas pita pada gel

• Menggunakan kurva standar dari DNA dengan konsentrasi diketahui

• Mengukur konsentrasi protein pengikat DNA

• Menghitung jumlah siklus PCR total

Pada pemeriksaan qPCR, seorang ATLM menemukan bahwa sinyal fluoresen meningkat seiring dengan bertambahnya siklus PCR. Sinyal ini kemudian diplot terhadap siklus amplifikasi untuk mendapatkan nilai Ct. Apa arti nilai Ct yang lebih rendah pada qPCR?

• Konsentrasi target lebih tinggi

• Konsentrasi target lebih rendah

• Banyak kontaminan dalam sampel

• Reaksi PCR gagal

• Tidak ada DNA target

Seorang ATLM menggunakan gel elektroforesis untuk mengevaluasi kualitas RNA pasien. Setelah dijalankan, pita RNA tampak terdegradasi menjadi fragmen kecil. Apa kesimpulan yang dapat diambil dari hasil ini?

• RNA masih utuh dan dapat digunakan

• RNA terkontaminasi protein

• RNA dalam kondisi rusak dan terdegradasi

• RNA terkontaminasi garam

• RNA terlarut dalam konsentrasi tinggi

Dalam pemeriksaan DNA dengan gel elektroforesis, ATLM membandingkan intensitas pita sampel dengan pita standar konsentrasi. Mengapa metode ini dianggap hanya semi-kuantitatif?

• Tidak dapat melihat kualitas DNA

• Intensitas pita hanya memberikan perkiraan konsentrasi

• Membutuhkan pewarna khusus

• Hanya dapat digunakan untuk RNA

• Tidak bisa digunakan untuk fragmen DNA besar