Wayground logo

Free Printable Worksheets

Font size

S
M
L
XL
Worksheets

UTS Bioinformatika

Total questions: 30

Worksheet time: 30mins

Name
Class
Date
1.

Sekuens asam nukleat dapat diakses pada pangkalan data…

a)

GenBank, Swiss-Prot, DDBJ

b)

PIR, TrEMBL, Swiss-Prot

c)

TrEMBL, EMBL, PIR

d)

DDBJ, GenBank, EMBL

2.

Sekuens protein dapat diakses pada pangkalan data…

a)

GenBank, Swiss-Prot, DDBJ

b)

PIR, TrEMBL, Swiss-Prot

c)

TrEMBL, EMBL, PIR

d)

DDBJ, GenBank, EMBL

3.

Berikut yang termasuk database primer adalah…

a)

OMIM, GDB, PROSITE

b)

NCBI, EMBL, Swiss-Prot

c)

DDBJ, GDB, BLOCKS

d)

GDB, NCBI, DDBJ

4.

Untuk mengetahui jalur biosintesis suatu senyawa maka pada kotak All database di NCBI dipilih…

a)

BioSystems

b)

BioSample

c)

BioPathway

d)

BioProject

5.

Database KEGG menyajikan informasi terkait…

a)

Sekuens asam nukleat

b)

Sekuens protein

c)

Jalur/skema biosintesis

d)

Struktur senyawa metabolit sekunder

6.

Berikut merupakan database yang digunakan untuk datamining senyawa kimia adalah…

a)

PDB

b)

UniProt

c)

PubChem

d)

KEGG

7.

Untuk menyimpan data sekuens dalam format FASTA maka langkah yang dilakukan adalah…

a)

Send to – complete record – file – FASTA

b)

Send to – open file – complete record – FASTA

c)

Send to – complete record – save as .fas – FASTA

d)

Send to – open file – save as .fas – FASTA

8.

Pada database RCSB PDB bagian structure summary memuat informasi sebagai berikut, kecuali…

a)

Literature

b)

Macromolecules

c)

Structure validation

d)

Sequence

9.

Beberapa program (baik berupa online/web-based atau aplikasi) yang bisa digunakan untuk memodelkan protein adalah sebagai berikut, kecuali ...

a)

Swiss-Model dan MUSTER

b)

Swiss-Model dan Pep-Fold

c)

MUSTER dan I-Tasser

d)

Swiss-ADME dan Pep-Fold

10.

Format file yang bisa digunakan untuk dijadikan sebagai input di Swiss-Model adalah ...

a)

SDF

b)

PDB

c)

Mol2

d)

FASTA

11.

Pemodelan struktur kimia molekul kecil dapat dilakukan dengan memakai data ... sebagai inputnya.

a)

InChI Key

b)

Molecular Formula

c)

SMILES

d)

FASTA

12.

Pada perangkat lunak mol-probity, format file yang bisa digunakan sebagai input adalah ...

a)

SDF

b)

PDB

c)

Mol2

d)

FASTA

13.

Molinspiration dapat digunakan untuk ...

a)

Memprediksi bioaktivitas sebuah senyawa

b)

Memprediksi bioavailability sebuah senyawa

c)

Jawaban A dan B benar

d)

Semua jawaban salah

14.

Untuk mengetahui atau prediksi toksisitas sebuah senyawa, maka perangkat lunak yang sesuai adalah ...

a)

Molinspiration

b)

Binding DB

c)

Percepta

d)

SwissADME

15.

Program yang dapat digunakan untuk memprediksi senyawa target berdasarkan klasifikasi drug atau non-drug adalah ...

a)

Superpred

b)

VEGA

c)

Percepta

d)

Binding DB

16.

Selain mengunjungi laman RAMPAGE, Ramachandran plot dapat pula dianalisis menggunakan ...

a)

Discovery Studio

b)

PyMOL

c)

Percepta

d)

Molinspiration

17.

Bagian yang perlu dipilih ketika akan memodelkan sebuah protein menggunakan template yang sudah kita siapkan adalah nomor ...

a)

1

b)

2

c)

3

d)

4

18.

Beberapa program (baik berupa online/web-based atau aplikasi) yang bisa digunakan untuk memodelkan protein adalah sebagai berikut, kecuali ...

a)

Swiss-Model dan MUSTER

b)

Swiss-Model dan Pep-Fold

c)

MUSTER dan I-Tasser

d)

Swiss-ADME dan Pep-Fold

19.

Pada laman molinspiration, data yang bisa kita dapatkan diantaranya adalah ...

a)

Prediksi ADMET berdasarkan karakter fisikokimia senyawa

b)

Prediksi bioaktivitas senyawa

c)

Jawaban A dan B benar

d)

Jawaban A dan B salah

20.

Pemodelan struktur senyawa / small molecule dapat dilakukan menggunakan software berikut, kecuali ...

a)

Molinspiration

b)

Corina DB

c)

Discovery Studio

d)

SwissADME

21.

Diantara beberapa web atau aplikasi yang bisa digunakan untuk memprediksi bioaktivitas sebuah senyawa adalah ...

a)

Molinspiration, Stitch dan String

b)

Molinspiration, String dan PASS online

c)

PASS Online, Molinspiration dan Swiss Target

d)

PASS Online, Molinspiration dan Swiss-ADME

22.

Adsorbtion, Distribution, Metabolism, and Excretion (ADME) merupakan parameter yang penting dalam penggunaan small-molecule untuk bisa memberikan efikasi yang diharapkan. Beberapa perangkat lunak yang bisa digunakan untuk menentukan atau memprediksi ADME tersebut diantaranya ...

a)

Molinspiration dan PASS Online

b)

Molinspiration dan SwissADME

c)

Molinspiration dan Stitch

d)

Molinspiration dan String

23.

Berdasarkan diagram dari hasil analisis pemodelan struktur protein menggunakan RAMPAGE di bawah, bagian yang merupakan allowed region akan terletak pada bagian berwarna ..., sedangkan yang merupakan outlier terletak di bagian berwarna ...

a)

Biru pekat, biru terang

b)

Biru terang, putih

c)

Biru pekat, putih

d)

Biru terang, oranye

24.

[Benar / Salah] Struktur protein yang mempunyai allowed region lebih banyak dibandingkan dengan favoured region masih dapat diterima untuk digunakan pada analisis selanjutnya

a)

Benar

b)

Salah

25.

[Benar / Salah] Menurut Lipinski Rule of 5, sebuah molekul akan mempunyai fleksibilitas yang baik jika mempunyai jumlah rotatable bonds yang semakin banyak

a)

Benar

b)

Salah

26.

Berikut adalah kategori ikatan kimia dari yang terkuat (kiri) ke yang terlemah (kanan) yang benar yaitu ....

a)

Elektrostatik – hidrofobik – hydrogen

b)

Van der waals – hydrogen – hidrofobik

c)

Hidrofobik – elektrostatik – hydrogen

d)

Hidrogen – hidrofobik – van der waals

27.

Kesimpulan yang didapat dari table yang tertera diatas yaitu ...

a)

Ligan B lebih mudah berinteraksi dengan protein A dibanding protein B

b)

Ligan A tidak lebih baik dari ligan B untuk berikatan dengan protein A

c)

Protein B x ligan A memiliki energy ikatan lebih baik dibandingkan protein A x ligan C

d)

Kemungkinan terbentuknya kompleks yang kuat ligan C < ligan A dengan protein C

28.

Tipe yang tidak ada pada correlation type di software Hex adalah ...

a)

Electro + DARS

b)

Shape only

c)

Shape + Electro + DARS

d)

Shape + Electro

29.

[Benar/Salah] Yang dimaksud dengan inhibitor alosterik yaitu merupakan senyawa yang mampu mempengaruhi kerja enzim dengan cara menghambat berikatannya enzim melalui pengubahan bentuk enzim tersebut, tanpa mempengaruhi kondisi substratnya, serta ikatannya dengan enzim tersebut.

a)

Benar

b)

Salah

30.

[Benar/Salah] Kcal/mol merupakan satuan energy yang dipakai dalam software HEX.

a)

Benar

b)

Salah