WorksheetsUTS Bioinformatika
Total questions: 30
Worksheet time: 30mins
Sekuens asam nukleat dapat diakses pada pangkalan data…
GenBank, Swiss-Prot, DDBJ
PIR, TrEMBL, Swiss-Prot
TrEMBL, EMBL, PIR
DDBJ, GenBank, EMBL
Sekuens protein dapat diakses pada pangkalan data…
GenBank, Swiss-Prot, DDBJ
PIR, TrEMBL, Swiss-Prot
TrEMBL, EMBL, PIR
DDBJ, GenBank, EMBL
Berikut yang termasuk database primer adalah…
OMIM, GDB, PROSITE
NCBI, EMBL, Swiss-Prot
DDBJ, GDB, BLOCKS
GDB, NCBI, DDBJ
Untuk mengetahui jalur biosintesis suatu senyawa maka pada kotak All database di NCBI dipilih…
BioSystems
BioSample
BioPathway
BioProject
Database KEGG menyajikan informasi terkait…
Sekuens asam nukleat
Sekuens protein
Jalur/skema biosintesis
Struktur senyawa metabolit sekunder
Berikut merupakan database yang digunakan untuk datamining senyawa kimia adalah…
PDB
UniProt
PubChem
KEGG
Untuk menyimpan data sekuens dalam format FASTA maka langkah yang dilakukan adalah…
Send to – complete record – file – FASTA
Send to – open file – complete record – FASTA
Send to – complete record – save as .fas – FASTA
Send to – open file – save as .fas – FASTA
Pada database RCSB PDB bagian structure summary memuat informasi sebagai berikut, kecuali…
Literature
Macromolecules
Structure validation
Sequence
Beberapa program (baik berupa online/web-based atau aplikasi) yang bisa digunakan untuk memodelkan protein adalah sebagai berikut, kecuali ...
Swiss-Model dan MUSTER
Swiss-Model dan Pep-Fold
MUSTER dan I-Tasser
Swiss-ADME dan Pep-Fold
Format file yang bisa digunakan untuk dijadikan sebagai input di Swiss-Model adalah ...
SDF
PDB
Mol2
FASTA
Pemodelan struktur kimia molekul kecil dapat dilakukan dengan memakai data ... sebagai inputnya.
InChI Key
Molecular Formula
SMILES
FASTA
Pada perangkat lunak mol-probity, format file yang bisa digunakan sebagai input adalah ...
SDF
PDB
Mol2
FASTA
Molinspiration dapat digunakan untuk ...
Memprediksi bioaktivitas sebuah senyawa
Memprediksi bioavailability sebuah senyawa
Jawaban A dan B benar
Semua jawaban salah
Untuk mengetahui atau prediksi toksisitas sebuah senyawa, maka perangkat lunak yang sesuai adalah ...
Molinspiration
Binding DB
Percepta
SwissADME
Program yang dapat digunakan untuk memprediksi senyawa target berdasarkan klasifikasi drug atau non-drug adalah ...
Superpred
VEGA
Percepta
Binding DB
Selain mengunjungi laman RAMPAGE, Ramachandran plot dapat pula dianalisis menggunakan ...
Discovery Studio
PyMOL
Percepta
Molinspiration
Bagian yang perlu dipilih ketika akan memodelkan sebuah protein menggunakan template yang sudah kita siapkan adalah nomor ...
1
2
3
4
Beberapa program (baik berupa online/web-based atau aplikasi) yang bisa digunakan untuk memodelkan protein adalah sebagai berikut, kecuali ...
Swiss-Model dan MUSTER
Swiss-Model dan Pep-Fold
MUSTER dan I-Tasser
Swiss-ADME dan Pep-Fold
Pada laman molinspiration, data yang bisa kita dapatkan diantaranya adalah ...
Prediksi ADMET berdasarkan karakter fisikokimia senyawa
Prediksi bioaktivitas senyawa
Jawaban A dan B benar
Jawaban A dan B salah
Pemodelan struktur senyawa / small molecule dapat dilakukan menggunakan software berikut, kecuali ...
Molinspiration
Corina DB
Discovery Studio
SwissADME
Diantara beberapa web atau aplikasi yang bisa digunakan untuk memprediksi bioaktivitas sebuah senyawa adalah ...
Molinspiration, Stitch dan String
Molinspiration, String dan PASS online
PASS Online, Molinspiration dan Swiss Target
PASS Online, Molinspiration dan Swiss-ADME
Adsorbtion, Distribution, Metabolism, and Excretion (ADME) merupakan parameter yang penting dalam penggunaan small-molecule untuk bisa memberikan efikasi yang diharapkan. Beberapa perangkat lunak yang bisa digunakan untuk menentukan atau memprediksi ADME tersebut diantaranya ...
Molinspiration dan PASS Online
Molinspiration dan SwissADME
Molinspiration dan Stitch
Molinspiration dan String
Berdasarkan diagram dari hasil analisis pemodelan struktur protein menggunakan RAMPAGE di bawah, bagian yang merupakan allowed region akan terletak pada bagian berwarna ..., sedangkan yang merupakan outlier terletak di bagian berwarna ...
Biru pekat, biru terang
Biru terang, putih
Biru pekat, putih
Biru terang, oranye
[Benar / Salah] Struktur protein yang mempunyai allowed region lebih banyak dibandingkan dengan favoured region masih dapat diterima untuk digunakan pada analisis selanjutnya
Benar
Salah
[Benar / Salah] Menurut Lipinski Rule of 5, sebuah molekul akan mempunyai fleksibilitas yang baik jika mempunyai jumlah rotatable bonds yang semakin banyak
Benar
Salah
Berikut adalah kategori ikatan kimia dari yang terkuat (kiri) ke yang terlemah (kanan) yang benar yaitu ....
Elektrostatik – hidrofobik – hydrogen
Van der waals – hydrogen – hidrofobik
Hidrofobik – elektrostatik – hydrogen
Hidrogen – hidrofobik – van der waals
Kesimpulan yang didapat dari table yang tertera diatas yaitu ...
Ligan B lebih mudah berinteraksi dengan protein A dibanding protein B
Ligan A tidak lebih baik dari ligan B untuk berikatan dengan protein A
Protein B x ligan A memiliki energy ikatan lebih baik dibandingkan protein A x ligan C
Kemungkinan terbentuknya kompleks yang kuat ligan C < ligan A dengan protein C
Tipe yang tidak ada pada correlation type di software Hex adalah ...
Electro + DARS
Shape only
Shape + Electro + DARS
Shape + Electro
[Benar/Salah] Yang dimaksud dengan inhibitor alosterik yaitu merupakan senyawa yang mampu mempengaruhi kerja enzim dengan cara menghambat berikatannya enzim melalui pengubahan bentuk enzim tersebut, tanpa mempengaruhi kondisi substratnya, serta ikatannya dengan enzim tersebut.
Benar
Salah
[Benar/Salah] Kcal/mol merupakan satuan energy yang dipakai dalam software HEX.
Benar
Salah
