Font size
WorksheetsMolecular Docking
Total questions: 25
Worksheet time: 16mins
Apa yang dimaksud dengan datamining?
Teknik untuk mengolah data protein
Teknik untuk mengolah ledakan informasi dari data yang berskala besar
Teknik untuk mengambil data dari NCBI
Teknik untuk menyeleksi data dalam skala tertentu
Aplikasi berikut dapat digunakan untuk docking kecuali…
HEX
PatchDock
LigPlot
Autodock
Aplikasi apa yang dapat digunakan untuk visualisasi hasil docking?
Chimera
PyMol
STITCH
CytoScape
Jika struktur protein yang ingin digunakan tidak ada pada database PDB, maka langkah yang dilakukan adalah...
Modelling
Ramachandran Plot
Preparasi
Transform pada HEX
Preparasi protein dapat dilakukan dengan…
Chimera
PyMOL
PyRx
Discovery Studio
Preparasi protein dilakukan dengan…
Menghilangkan air dan ligan
Menghilangkan atom
Menghilangkan ikatan
Meminimalisir energi
Preparasi ligan dilakukan dengan…
Chimera
PyMOL
PyRx
Discovery Studio
Format apa yang digunakan dalam docking?
.sdf
.xef
.fasta
.pdb
Preparasi ligand dilakukan dengan…
Menghilangkan air dan ligan
Menghilangkan atom
Menghilangkan ikatan
Meminimalkan energi
Format apa yang digunakan dalam menyimpan hasil docking?
.sdf
.xef
.fasta
.pdb
Berikut software yang digunakan untuk docking yaitu kecuali..
Hex
Autodock vina
Winddock
Haddock
Visualisasi hasil docking dapat dilakukan menggunakan software..
PyMol
Disovery Studio
Biogrid
Pyrx
Berikut adalah tampilan dari software…
HEX
Autodock vina
Winddock
Haddock
Tujuan dari preparasi protein sebelum dilakukan docking adalah..
Menghilangkan molekul air
Menghilangkan ligan kontaminan
Meminimumkan energi konformasi protein
Memunculkan domain yang menjadi target docking
Gambar berikut adalah tahap dalam…
Preparasi protein
Preparasi ligan
Preparasi software
Docking
Tahapan pada gambar berikut dilakukan menggunakan software..
Pyrx
Disocvery Studio
Hex
Firedock
Ekstensi file reseptor dan ligan yang akan didocking harus dalam bentuk..
Spatial data file
Crystallographic Information
Extensible markup language
Protein data bank
Docking dapat dilakukan melalui web server. Web server yang dapat digunakan untuk docking yaitu..
PatchDock
Hex
Haddock
Winddock
Senyawa potensial yang berikatan dengan enzim tepatnya pada ligand binding site dari enzim sehingga berkompetisi dengan ligan alami enzim disebut..
Inhibitor non kompetitif
Inhibitor kompetitif
Inhibitor alosterik
Inhibitor enzim
Berikut kategori ikatan kimia yang dari yang terkuat (kiri) ke yang terlemah (kanan) yang benar yaitu…
Ikatan hidrogen-interaksi van der Waals-ikatan hidrofobik
Ikatan hidrogen-ikatan hidrofobik-interaksi van der Waals
Ikatan elektrostatik-ikatan hidrogen-interaksi van der Waals
Ikatan hidrofobik-ikatan hidrogen-interaksi van der Waals
Pernyataan berikut yang benar terkait perbandingan kekuatan antar dua jenis ikatan/interaksi atom adalah ...
Hydrophobic > Hydrogen
Hydrophobic < Hydrogen
Van der Waals > Hydrogen
Van der Waals < Hydrogen
Satuan Energi yang didapatkan dari proses docking menggunakan Autodock Vina adalah ...
kj/mol
kcal/mol
ACE
N
Berdasarkan data di atas, kompleks manakah yang mempunyai interaksi paling kuat?
Protein A X GLN 1
Protein A X GLN 2
Protein B X GLN 3
Protein B X GLN 2
Protein C X GLN 3
Berdasarkan data tersebut, kesimpulan yang tepat adalah ...
GLN 1 lebih mudah berinteraksi dengan Protein A dibandingkan Protein B
GLN 2 tidak lebih baik dari GLN 3 dalam berinteraksi dengan Protein B
Semakin besar nilai binding affinity, semakin besar probabilitas interaksi antara senyawa GLN dengan protein yang ada
Probabilitas membentuk kompleks yang kuat antara GLN 1 < GLN 3 dengan Protein E
Berikut merupakan software yang dapat digunakan untuk mengetahui interaksi atom ligan dengan residu asam amino dalam sebuah kompleks, yaitu ...
LigPlot+
Cytoscape
Discovery Studio
LigandScout
