Anhand des Kriteriums der Stetigkeit lässt sich belegen, dass sich zwei Kieferknochen der Reptilien im Laufe der Stammesgeschichte in das Innenohr verlagerten und dort bei Säugetieren als Gehörknöchelchen fungieren.

Der Saugrüssel einer Honigbiene ist der Unterlippe eines Insekts mit kauend-beißenden Mundwerkzeugen homolog.

Der Schultergürtel einer Blindschleiche kann als stammesgeschichtliches »Überbleibsel« der vierbeinigen Echsenvorfahren interpretiert werden. Man bezeichnet eine solche Struktur allgemein als Atavismus.

Larvenformen können Hinweise auf verwandtschaftliche Beziehungen zwischen ansonsten äußerlich unähnlichen Tieren geben. Auf diese Weise kann die Verwandtschaft der meeresbewohnenden Seepocken mit landlebenden Spinnentieren belegt werden.

Gene bezeichnet man dann als ortholog, wenn sie in ein und demselben Organismus vorliegen und als homolog erkannt wurden.

Die Schuppen eines Hais (s. Abb.) zeigen denselben Grundaufbau wie die Zähne der übrigen Wirbeltiere. Sie bestehen im Wesentlichen aus Dentin und sind von einer Schmelzkappe überzogen. Diese Strukturähnlichkeit ist ein sehr gutes Beispiel für das Homologiekriterium der spezifischen Qualität.

Die Analogie von Organen bei verwandten Arten lässt sich auf unterschiedliche Umwelt und Lebensbedingungen zurückführen.

Fischechsen lebten im Erdmittelalter in den Weltmeeren (s. Abb.). Äußerlich den heutigen Delfinen ähnelnd, zählen sie zu den Reptilien. Die Übereinstimmung im gesamten äußeren Erscheinungsbild zwischen den fossilen Echsen und den Meeressäugern ist ein Beispiel für Konvergenz.

Homologien treten nicht nur im Zusammenhang mit Körperbaumerkmalen auf, sondern sie können auch physiologische und ontogenetische Merkmale sowie Verhaltensweisen betreffen.

Übereinstimmende Merkmale bei einer natürlichen systematischen Verwandtschaftsgruppe lassen sich auf eine gleichsinnige aktive Anpassung an ähnliche Lebensbedingungen zurückführen.