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WorksheetsParte de Frank
Total questions: 62
Worksheet time: 34mins
Name
Class
Date
1.
Si se quería identificar un microorganismo por su morfología, ¿qué método tradicional se usaba?
a)
Gold standard
b)
Microscopio óptico
c)
Electroforesis capilar
d)
Secuenciación Sanger
2.
¿Cuáles son estudios metagenómicos?
a)
Earth Microbiome Project
b)
American gut project
c)
Metahit
d)
Human Microbiome Project
3.
Si se quiere realizar un estudio de taxonomía, ¿qué programa usarías y qué tipo de secuenciamiento aplicarías?
a)
Kraken teniendo como input los datos generados por secuenciamiento por el enfoque shotgun metagenómico que contiene reads sin ensamblar.
b)
QIIME2 con secuenciación por amplicones y datos trimados
c)
MEGAN con secuenciación Illumina y ensamblaje metagenómico
d)
BLAST con secuenciación Sanger y ensamblaje de novo
4.
¿Qué primers se usan para amplificar toda la región 16S?
a)
1492R y 27F
b)
515Y y 806R
c)
8F y 1391R
d)
338F y 806R
5.
Si se quiere analizar el género específico, ¿cuál sería el protocolo a seguir?
a)
Amplificación de toda la región 16S (metataxonómica). Digestión por enzimas de restricción doble para hallar el genogrupo.
b)
Amplificación de la región V4 del 16S (metagenómica). Ensamblaje de novo para identificar el género.
c)
Amplificación de la región V4 del 18S (metataxonómica). Secuenciación por Sanger para el análisis de género.
d)
Amplificación de toda la región 16S (metagenómica). Ensamblaje de novo para identificar el género.
6.
El ARNr ribosomal posee stems y loops, ¿cuáles regiones son variables y cuáles son permanentes?
a)
Stems -> Conservadas; Loops -> Variables
b)
Stems -> Variables; Loops -> Conservadas
c)
Ambas son variables; Ambas son conservadas
d)
Ambas son permanentes; Ambas son variables
7.
Diferencia entre metagenómica y metataxonómica
a)
Metagenómica -> Analiza todo el genoma; Metataxonómica -> Amplifica solo 1 gen
b)
Metagenómica -> Amplifica regiones específicas; Metataxonómica -> Analiza todo el genoma
c)
Metagenómica -> Usa secuenciación Sanger; Metataxonómica -> Usa secuenciación Illumina
d)
Metagenómica -> Identifica especies; Metataxonómica -> Identifica géneros
8.
El gen ARNr 16S, ¿cuántas pares de bases tiene?
a)
1500 pb
b)
500 pb
c)
2000 pb
d)
1000 pb
9.
Para qué son usadas las enzimas de restricción en el método Sanger
a)
Visualizar patrones de corte en el gel
b)
Amplificar genes específicos
c)
Cuantificar la cantidad de ADN en una muestra
d)
Secuenciar el genoma completo
10.
¿Con cuál método (shotgun o por amplicones) se puede inferir las funciones de los genes?
a)
Shotgun -> Anotación funcional
b)
Amplicones -> Anotación estructural
c)
Shotgun -> Anotación taxonómica
d)
Amplicones -> Anotación funcional
11.
¿Cuánto mide una región variable del ARNr 16S aproximadamente?
a)
Menos de 100 pb
b)
300-400 pb
c)
Más de 2000 pb
d)
500-1000 pb
12.
La metataxonómica logrará identificar a nivel de cepa, ¿verdadero o falso?
a)
Falso, solo a nivel de género o especie
b)
Verdadero, el 16s sirve exactamente para estudios de identificación a nivel de cepa.
c)
Falso, en metataxonómica solo se podrá identificar a nivel de familia y no más.
d)
Depende de la técnica utilizada
13.
¿Cuál es el input mínimo para realizar shotgun (cantidad)?
a)
400 ng
b)
1000 ng
c)
50 ng
d)
200 ng
14.
Input mínimo para amplicones
a)
20 ng totales
b)
100 ng totales
c)
500 ng totales
d)
5 ng totales
15.
¿Qué tipos de análisis se pueden realizar mediante metagenómica si se decida ensamblar el genoma?
a)
Perfil taxonómico y anotación funcional de genes con COG
b)
Perfil taxonómico y anotación estructural de genes
c)
Análisis de expresión génica y perfiles de metilación
d)
Análisis de filogenia
e)
Recuperación de genomas de MAGs
16.
¿Cuál es el kit con el que se puede hacer análisis shotgun aún con poca cantidad de ADN?
a)
Ligation kit -> Whole genome amplification, porque amplifica todos los genes, no solo un target gene como el análisis amplicon-based
b)
QIAGEN kit -> Fragmentación del ADN, porque es más económico
c)
PCR kit -> Amplificación de genes específicos, porque es más preciso
d)
Sequencing kit -> Secuenciación por Sanger, porque ofrece una alta calidad
17.
Análisis de gene prediction
a)
(Después del ensamblaje) (gene and function profiling), búsqueda de ORFs, es decir búsqueda de proteínas codificantes
b)
(Antes del mapeo) (gene and function annotation), predicción de genes codificantes
c)
(Después del mapping) (gene expression analysis), análisis de expresión génica
d)
(Después del ensamblaje) (gene structure prediction), predicción de la estructura de genes
18.
Para realizar análisis taxonómico después del secuenciamiento por el enfoque shotgun, ¿se necesita ensamblar el genoma?
a)
No necesariamente, ya que solo se necesitarán los reads.
b)
Sí, ya que es esencial para la identificación taxonómica.
c)
Depende del software utilizado.
d)
Sí, pero solo en casos de alta complejidad.
19.
¿Hasta qué nivel podrá llegar el secuenciamiento por amplificación del 16S?
a)
Género o especie
b)
Orden o familia
c)
Clase o phylum
d)
Reino o dominio
20.
¿Hasta qué nivel podrá llegar el secuenciamiento por shotgun?
a)
Cepa
b)
Género
c)
Especie
d)
Familia
21.
Beneficios del método tradicional de identificación de bacterias
a)
Sencillo de aplicar, se puede distinguir organismos basándose en su morfología
b)
Muy rápido, ya que puede producir resultados en cuestión de minutos sin necesidad de incubación.
c)
Económico, ya que no requiere costosos equipos y reactivos solo placas agar.
d)
Robusto, ya que es capaz de identificar incluso a nivel de cepa.
22.
¿Qué tipo de BLAST usarías para catalogar genes?
a)
BLASTx, ya que se compararán las regiones de los genes codificantes de proteínas con proteínas en la base de datos
b)
BLASTp, ya que se compararán las secuencias de proteinas con secuencias de proteínas
c)
BLASTn, ya que se compararán las secuencias de nucleótidos con secuencias de nucleótidos en la base de datos
d)
TBLASTn, ya que se compararán secuencias de genes con secuencias de genes en la base de datos
23.
¿En qué se basa Gene Catalogue?
a)
Comparación de genes obtenidos y verificados por BLASTn de una base de datos curada, y AGRUPAMIENTO para evaluarlos con un programa de anotación funcional
b)
Secuenciación de genomas completos para identificar nuevos genes y secuencias genéticas únicas.
c)
Predicción de genes mediante programas de modelado de estructuras de proteínas.
d)
Estudio de genes de función desconocida en el genoma de organismos extremófilos.
24.
¿Qué 2 programas hacen gran parte (la mayoría de los pasos) del análisis por amplicones en bioinformática?
a)
dada2
b)
qiime2
c)
minKNOW
d)
dorado
25.
¿Qué programas se pueden usar en Gene Catalogue?
a)
Prokka y BLAST
b)
QIIME2 y MEGAN
c)
DIAMOND y CD-HIT
d)
MetaPhlAn y Muscle
26.
Diferencias entre riqueza y abundancia
a)
Abundancia es la cantidad, la riqueza es el número de especies diferentes presentes en una muestra.
b)
Abundancia es la cantidad de biomasa presente, la riqueza es la diversidad de especies.
c)
Abundancia es la diversidad de especies, la riqueza es el número de copias genéticas por organismo.
d)
Abundancia es la diversidad genética, la riqueza es la diversidad de funciones metabólicas.
27.
¿Qué son los COG's y para qué sirven en metagenómica?
a)
Es un método de análisis para anotación funcional basado en relaciones evolutivas o ortología en filogenia. -> Predicción de su función por agrupación de genes
b)
Es una técnica para ensamblar secuencias cortas en una única secuencia más larga. -> Predicción de secuencias únicas en el metagenoma.
c)
Es un conjunto de genes presentes en la comunidad microbiana. -> Identificación de la diversidad taxonómica.
d)
Son genes altamente conservados en todas las bacterias. -> Identificación de genes esenciales.
28.
Cobertura
a)
¿Qué porcentaje del genoma ha sido secuenciado (ej: 98%) Cobertura = (N x L)/G N = Número de lecturas L = Tamaño de una lectura G = Tamaño del genoma.
b)
¿Cuántos genes funcionales se han identificado en el metagenoma? -> Determina la diversidad funcional.
c)
¿Cuántas secuencias únicas de genes se han encontrado en el metagenoma? -> Evalúa la diversidad genética.
d)
¿Cuántos fragmentos de ADN se han secuenciado en total? -> Representa la profundidad del secuenciamiento.
29.
Profundidad
a)
¿Cuántas veces una zona del genoma ha sido secuenciada (ej. 93x). Número de lecturas que cubren una región
b)
¿Cuántas lecturas de calidad se han obtenido en el secuenciamiento? -> Representa la calidad del metagenoma.
c)
¿Cuántos genes conocidos se han identificado en el metagenoma? -> Evalúa la diversidad taxonómica.
d)
¿Cuántas copias de genes específicos se han encontrado en la comunidad? -> Evalúa la abundancia de funciones metabólicas.
30.
Anotación estructural
a)
Identifica regiones codificantes, no codificantes, intrones, exones, variantes, mutaciones, etc. Es decir, el “tipo” de zona que es.
b)
Descubre qué regiones hacen qué (COG con Prokka) A nivel de anotación de genes, no de secuencias.
c)
Busca similitudes entre secuencias del metagenoma y bases de datos curadas. -> Predicción de la diversidad taxonómica.
d)
Realiza un análisis estadístico de las secuencias para determinar su significado biológico.
31.
Anotación Funcional
a)
Descubrir qué regiones hacen qué (COG con Prokka) A nivel de anotación de genes, no de secuencias.
b)
Identifica regiones codificantes, no codificantes, intrones, exones, variantes, mutaciones, etc. Es decir, el “tipo” de zona que es.
c)
Asigna funciones a secuencias desconocidas utilizando redes neuronales artificiales.
d)
Clasifica las secuencias de acuerdo con su función metabólica, como oxidación-reducción o transporte.
32.
Bases de datos para hallar la funcionalidad del gen (anotación funcional)
a)
KEGG, SEED, COG
b)
NCBI, SILVA, Greengenes
c)
QIIME2, Kraken, COG
d)
DIAMOND, COG, BWA
33.
Después del secuenciamiento del 16S amplificado en metataxonómica, ¿qué pasos en bioinformática prosiguen?
a)
Procesamiento de datos, control de calidad y análisis
b)
Ensamblaje de novo, asignación taxonómica y anotación funcional
c)
Secuenciación por Sanger, análisis de expresión génica y construcción de árboles filogenéticos.
d)
Desalineación de secuencias, ensamblaje de metagenoma y modelado de estructuras de proteínas.
34.
¿Qué dos enfoques existen en el análisis del secuenciamiento por 16S?
a)
Basado en referencias o basado en diversidad
b)
Basado en metagenómica o basado en metataxonómica
c)
Basado en genómica comparativa o basado en transcriptómica
d)
Basado en filogenia o basado en ecología
35.
Metataxonómica basada en referencia
a)
Compara las secuencias con una base de datos de 16S conocidas para identificar microorganismos específicos.
b)
Analiza la diversidad de la comunidad microbiana, útil para estudios de diversidad y comunidades no documentadas en bases de datos.
c)
Utiliza secuenciación de metagenoma y ensamblaje de novo para identificar genes taxonómicamente relevantes.
d)
Realiza secuenciación Sanger y compara las secuencias de 16S con secuencias de referencia en bases de datos.
36.
Metataxonómica basada en diversidad
a)
No identifica especies, analiza la diversidad de la comunidad microbiana, útil para estudios de diversidad y comunidades no documentadas en bases de datos.
b)
Compara las secuencias con una base de datos de 16S conocidas para identificar microorganismos específicos.
c)
Utiliza secuenciación de metagenoma y ensamblaje de novo para identificar genes taxonómicamente relevantes.
d)
Realiza secuenciación Sanger y compara las secuencias de 16S con secuencias de referencia en bases de datos.
37.
Diferencias entre Fastq y fasta
a)
Fasta -> > y Fastaq -> @ + Valores de calidad (archivo de 4 líneas)
b)
Fastq -> > y Fasta -> @ + Valores de calidad (archivo de 4 líneas)
c)
Fasta -> @ y Fastaq -> > + Valores de calidad (archivo de 4 líneas)
d)
Fastq -> @ y Fasta -> > + Valores de calidad (archivo de 4 líneas)
38.
Determinar la abundancia exacta de organismos
a)
Ningún método es adecuado para determinar la abundancia exacta en metataxonómica y metagenómica
b)
Se utiliza un análisis cuantitativo basado en lecturas únicas en secuenciación por amplicones
c)
Se utiliza una técnica de qPCR específica para cada organismo.
d)
La abundancia exacta se determina mediante la secuenciación de todo el genoma de un organismo.
39.
Utilidad de secuenciación por amplicones
a)
Se utiliza para comprender la composición de comunidades microbianas, rastrear cambios en la estructura de la comunidad y generar hipótesis.
b)
Se utiliza para obtener genomas completos de microorganismos y estudiar su funcionalidad metabólica.
c)
Se utiliza para obtener secuencias de genes únicos y determinar la abundancia exacta de especies en una muestra.
d)
Se utiliza para identificar patógenos específicos en muestras clínicas.
40.
Qué tipo de análisis taxonómico (OTUS o ASV) puede reconocer SNPs
a)
OTUS
b)
ASV
c)
Ninguno
d)
Ambos
41.
¿Cuál es la longitud típica de las lecturas en Illumina?
a)
150-300pb
b)
1000-1500pb
c)
42 pb
d)
1kb
42.
El output de un análisis mediante OTU´s o ASV podrán ser
a)
taxonomic summaries
b)
análisis de diversidad alfa donde se analizará solo un habitat a nivel de la riqueza o diversidad, es decir el número de especies presente.
c)
beta diversidad para analizar la diferencia de especies en varios habitats
d)
ninguno
43.
¿Qué método de análisis utiliza OTUs y ASV?
a)
Análisis metataxonómico (a nivel de secuencia)
b)
Análisis de expresión génica
c)
Análisis filogenético de genes
d)
Análisis de la estructura tridimensional de proteínas
44.
Utilidad de metagenómica
a)
Proporciona información sobre el potencial funcional y es más útil para evaluar la abundancia relativa de genes y la diversidad. Permite el acceso a poblaciones microbianas previamente no cultivables.
b)
Se utiliza para obtener secuencias de genes únicos y determinar la abundancia exacta de especies en una muestra.
c)
Se utiliza para identificar patógenos específicos en muestras clínicas.
d)
Se utiliza para obtener genomas completos de microorganismos y estudiar su funcionalidad metabólica.
45.
¿Qué es un OTU en el contexto de la secuenciación de amplicones?
a)
Un OTU (Operational Taxonomic Unit) es un grupo de secuencias de ADN que se consideran similares en función de un umbral de similitud predefinido.
b)
Un OTU (Operational Taxonomic Unit) es una secuencia única de ADN que se utiliza para identificar una especie en particular.
c)
Un OTU (Operational Taxonomic Unit) es un grupo de especies que comparten el mismo genoma.
d)
Un OTU (Operational Taxonomic Unit) es una secuencia única de ADN que se utiliza para estudiar la diversidad genética en una comunidad microbiana.
46.
que 3 enteroptipos estan en individuos sanos en la microbiota humana intestinal
a)
E. coli
b)
Bacteroides
c)
Prevotella
d)
Ruminococcus
47.
¿Cuál es la función de la PCR en el análisis de metagenómica?
a)
La PCR se utiliza para amplificar genes específicos o regiones del ADN antes de la secuenciación.
b)
La PCR se utiliza para secuenciar directamente el ADN de una muestra sin amplificación previa.
c)
La PCR se utiliza para cortar las secuencias de ADN en fragmentos más cortos para facilitar la secuenciación.
d)
La PCR se utiliza para etiquetar las secuencias de ADN con fluorocromos antes de la secuenciación.
48.
¿Qué tipo de enfoque necesitará tipicamente del paso de remover quimeras?
a)
Metagenómica
b)
Metataxonómica
c)
Ambos
d)
Ninguno
49.
Ventajas de la secuenciación Illumina en metagenómica
a)
Alta calidad de datos, alta velocidad de secuenciación y bajos costos por base.
b)
Largo alcance de lectura, capacidad de ensamblaje de novo y menos generación de artefactos
c)
Análisis en tiempo real y generación de lecturas largas.
d)
Posibilidad de secuenciar ADN de organismos no cultivables.
50.
En la metagenómica, ¿cuál es el objetivo principal de la secuenciación de amplicones?
a)
Identificar y cuantificar la diversidad de microorganismos en una muestra.
b)
Obtener genomas completos de microorganismos presentes en una comunidad.
c)
Analizar la función metabólica de los genes microbianos en un entorno específico.
d)
Secuenciar todo el ADN presente en una muestra sin amplificar genes específicos.
51.
¿Cuál es el propósito principal de la normalización en un flujo de trabajo de secuenciación?
a)
Reducción del ruido
b)
Eliminación de secuencias duplicadas
c)
Ajustar las características de los datos
d)
Mapeo de secuencias
52.
¿Qué es un "genoma representativo" en el contexto de la metagenómica?
a)
Genoma de referencia
b)
Genoma de un organismo
c)
Conjunto de datos de secuenciación
d)
Genoma de un organismo clave
53.
¿Por qué es importante realizar el control de calidad de las secuencias antes de realizar un ensamblaje en un flujo de trabajo de metagenómica?
a)
Reducción de la cantidad de datos
b)
Eliminación de secuencias duplicadas
c)
Evitar errores y garantizar resultados precisos
d)
Identificación de organismos presentes
54.
¿Cuál es la función de herramientas como Bowtie2 o BWA en un flujo de trabajo de metagenómica para la recuperación de la información de cobertura?
a)
Visualización de secuencias
b)
Análisis de diversidad
c)
Eliminación de adaptadores
d)
Mapeo de secuencias
55.
En la metagenómica, ¿qué es el "mapping" y cuál es su utilidad?
a)
Proceso de ensamblaje
b)
Asignación de secuencias a un genoma de referencia
c)
Visualización de resultados
d)
Control de calidad
56.
¿Cuáles son los desafíos comunes que enfrentan los investigadores al trabajar con secuenciación de nueva generación (NGS)?
a)
Variabilidad en la calidad de secuencias
b)
Amplificación de secuencias
c)
Error de secuenciación
d)
Análisis rápido de datos
e)
Problemas de alineación
57.
En la metagenómica, ¿por qué es esencial llevar a cabo la desreplicación de datos?
a)
Reducción de carga computacional
b)
Eliminación de secuencias redundantes
c)
Optimización de análisis de diversidad
d)
Control de calidad
58.
En el secuenciamiento Illumina en un flujo de trabajo de secuenciación se realiza ...
a)
Alta tasa de error
b)
Lecturas de cadena corta
c)
Baja velocidad de secuenciación
d)
Amplificación previa por PCR
59.
¿Qué es un "enterotipo" y en qué tipos de estudios se usa?
a)
son clasificaciones de la microbiota intestinal basadas en la predominancia de ciertos grupos microbianos.
b)
Un estudio de enterotipo fue la composición de microbiota intestinal
c)
Los enterotipos permiten agrupar a las personas en categorías según las bacterias dominantes en sus intestinos
d)
Se usa en estudios metagenómicas analizando las muestras de suelo de distintos lugares (ej, arenoso, barroso, etc)
60.
¿Cuál es el propósito de realizar un "co-assembly" en metagenómica y qué información proporciona?
a)
Unión de regiones de distintas partes del mismo genoma secuenciado en un orden específico
b)
Realizar un genoma representativo es decir de distintas especies
c)
Combinación de conjuntos de datos para mejorar la calidad del ensamblaje
d)
Se mostrará la diversidad de organismos
61.
¿Qué programa se usó en la práctica para filtrar los adaptadores, las secuencias de baja calidad y los short reads?
(a)
62.
¿Quien puede hacer el demultiplexeado?
a)
Epi2me
b)
minKNOW
c)
Conda
d)
Ninguno
Reset
