ISSR

SSR

RFLP

DNA barcoding

Microsatelite Analysis

Mengkalibrasi aplikasi Gel Pro Analyzer

Menentukan ukuran pita DNA sampel

Menentukan ukuran pita DNA Marker

Mengatur intensitas pita DNA

Menduplikasi hasil elektroforesis pita DNA

Hasil dari Cluster Analysis yang telah dilakukan terhadap pola pita DNA disajikan dalam bentuk pohon filogenetik

Cluster Analysis dilakukan dengan mengelompokkan individu sampel berdasarkan matriks substitusi sehingga membentuk dendogram

Model konstruksi dendogram dari hasil Cluster Analysis adalah UPGMA dengan menghitung matriks kesamaan antar-individu sampel

Cluster Analysis pada pola pita DNA dapat dilakukan dengan mensejajarkan hasil visualisasi pita DNA 

Cluster Analysis dapat digunakan untuk mempelajari laju mutasi pada sampel

“Individu 1” dengan “Individu 7” memiliki jarak genetik terkecil, sehingga memiliki kesamaan yang tinggi

“Individu 5” membentuk cabang sendiri dengan “individu 1”, “individu 2”, “individu 3”, dan “individu 4” pada koefisien 0,661

“Individu 7” membentuk cabang sendiri dengan “individu 1”, “individu 2”, “individu 3”, dan “individu 4” pada koefisien 0,593

“Individu 8” dengan “individu 9” merupakan 2 individu sampel yang memiliki koefisien kesamaan paling tinggi pada dendogram tersebut

Garis vertikal pada koefisien 0,695, berfungsi untuk membagi 4 kelompok cabang utama individu pada dendogram tersebut

Metode pensejajaran yang digunakan pada BLAST di NCBI umumnya adalah Neighbor-joining

BLAST merupakan metode pensejajaran sequence DnA ataupun protein untuk menentukan sampel pembanding di database gen berdasarkan persentase kemiripannya

BLAST digunakan untuk mencari variasi dari sequence gen sampel melalui koefisien kesamaan seuqence

Dalam melakukan BLAST di NCBI, Sequence DNA sampel yang dimasukkan harus berekstensi file .word

Dalam melakukan BLAST di NCBI, pengguna harus memasukkan nama spesies sampel terlebih dahulu

matK

rbcL

ITS

COX-1

TrnL-F

Tidak, karena gen tersebut tidak konservatif dalam intra-spesies

Iya, karena gen tersebut dapat menunjukkan jarak genetik dalam intra-spesies

Tidak, karena gen tersebut tidak memiliki tingkat duplikasi yang tinggi saat diamplifikasi

Iya, karena gen tersebut dapat menunjukkan jarak evolusi pada intra-spesies

Tidak karena gen tersebut bisa saja tidak dimiliki oleh individu intra-spesies lainnya

Model Maximum Likelihood memperhitungkan model evolulsi berdasarkan substitusi basa antar sequence

Model Maximum Likelihood mempertimbangkan pohon filogenetik dengan probabilitas tertinggi

Model Maximum Likelihood mempertimbangkan laju evolusi yang berbeda pada sequence antar sampel

Model Maximum Likelihood memperhitungkan jarak genetik pada sequence antar sampel

Model Maximum Likelihood sangat sensitif terhadap laju evolusi pada sampel

Pairwise alignment digunakan untuk membandingkan dua sekuens DNA untuk menemukan tingkat kesamaan di antara keduanya.

Pairwise alignment merupakan metode pensejajaran komputasi yang lebih sederhana

Pairwise alignment lebih informatif untuk digunakan dalam pensejajaran sequence

Pairwise alignment digunakan tanpa memperhitungkan substitusi basa.

Pairwise alignment dapat digunakan pada BLAST di NCBI

DNA terdiri dari beberapa fragmen yang semuanya berukuran 1000 bp.

DNA adalah molekul tunggal dengan panjang total 1000 bp.

DNA terdiri dari dua fragmen, masing-masing berukuran 500 bp.

Fragmen DNA tidak dapat dianalisis berdasarkan pita yang terlihat.

Menggunakan primer acak untuk amplifikasi DNA.

Memastikan kualitas dan keakuratan pembacaan sekuens DNA.

Melakukan penggandaan (duplikasi) reaksi PCR.

Membandingkan sekuens DNA dengan beberapa basis data yang berbeda.

Apa fungsi utama dari teknik DNA barcoding dalam bidang biologi molekular?

Untuk mengidentifikasi spesies berdasarkan urutan DNA.

Untuk mendeteksi penyakit yang disebabkan oleh mutasi genetik.

Untuk mengukur ekspresi gen dalam sel.

Fragmen DNA barcoding akan selalu cocok dengan spesies di basis data.

DNA barcoding dapat memperkirakan kekerabatan spesies baru dengan spesies yang terdaftar.

spesies baru akan otomatis teridentifikasi oleh sistem.

DNA barcoding tidak bisa digunakan untuk spesies yang belum terdaftar.

Konsentrasi DNA yang terlalu rendah.

Tegangan elektroforesis terlalu tinggi.

Penggunaan buffer yang salah.

Ukuran fragmen DNA yang terlalu besar.