Font size
WorksheetsUTS Bioinformatika Lanjut Ganjil 25/26
Total questions: 34
Worksheet time: 20mins
Kimia komputasi secara umum didefinisikan sebagai...
Penggunaan komputer untuk membuat obat tanpa eksperimen
Pemanfaatan komputer untuk mempelajari struktur, reaksi, dan sifat molekul
Penerapan komputer hanya untuk menggambar molekul 3D
Metode pengganti semua percobaan laboratorium
Simulasi farmasi klinik berbasis data pasien
Salah satu alasan penelitian kimia dilakukan dengan komputer adalah...
Mengurangi jumlah dosen pengajar
Mempermudah interpretasi data eksperimen yang kompleks
Agar tidak perlu melakukan eksperimen sama sekali
Menggantikan seluruh peralatan laboratorium
Hanya berlaku untuk senyawa organik sederhana
Data hasil kimia komputasi perlu divalidasi dengan...
Perhitungan matematis lanjutan
Data eksperimen
Teori mekanika klasik
Simulasi Monte Carlo
Data statistik dari farmasi klinik
Sifat molekul yang tidak dapat diprediksi dengan kimia komputasi adalah...
Struktur molekul
Energi reaksi
Warna larutan
Spektrum NMR
Prediksi struktur kristal
Keuntungan utama pemodelan kimia dibanding eksperimen laboratorium adalah...
Memberikan hasil mutlak tanpa kesalahan
Selalu lebih akurat dibanding data eksperimen
cepat, aman, dan lebih murah
Tidak memerlukan perangkat lunak
Bebas dari kebutuhan validasi
Kelebihan super computer dalam konteks HPC adalah
Biaya murah dengan performa rendah
Hanya menggunakan sat prosesor inti
Kumpulan komputer besar yang berlaku sebagai satu sistem
Tidak membutuhkan system operasi
Tidak memerlukan perangkas keras tambahan
High Performance Computic (HPC) dimanfaatkan untuk
Menghapus kebutuhan RAM
Mengganti sistem operasi LINUX
Mengurangi harga perangkat keras
Menghemat daya listrik komputer
Menyelesaikan tugas komputasi besar dengan pemrosesan paralel
SSHD merupakan gabungan dari
RAM dan Prosesor
SSD dan GPU
SSD dan harddisk konvensional
SSD dan intel Optane
Harddisk dengan system operasi
Fungsi utama system operasi dalam komputer adalah
Menyimpan data dalam RAM
Mengatur kecepatan prosesor
Mengontrol seluruh bagian komputer secara menyeluruh
Menambah kapasitas penyimpanan
Menngandakan perangkat keras
Perangkat keras utama yang memproses perintah dan data menjadi informasi dalam riset CADD adalah...
RAM
Harddisk
Prosesor
GPU
Sistem operasi
Salah satu produsen prosesor yang menawarkan rasio performa per harga lebih baik dibanding intel dalam riset CADD adalah
Nvidia
AMD
Microsoft
Dell
ARM
Media penyimpanan yang tidak memiliki komponen bergerak dan lebih cepat dari harddisk adalah...
SSD
SSHD
Harddisk
Intel Optane
Floppy disk
Kelebihan super komputer dalam konteks HPC adalah...
Biaya murah dengan performa rendah
Hanya menggunakan satu prosesor inti
Kumpulan komputer besar yang bekerja sebagai satu sistem
Tidak membutuhkan sistem operasi
Tidak memerlukan perangkat keras tambahan
Kimia komputasi pada dasarnya adalah ...
Percobaan kimia di laboratorium dengan bantuan robot
Pemodelan dan perhitungan kimia menggunakan komputer
Analisis kimia hanya berdasarkan data eksperimen
Teknik pemisahan molekul secara fisik
Sintesis senyawa dengan metode otomatis
Keuntungan utama melakukan pemodelan kimia dibanding eksperimen adalah, kecuali ...
Relatif aman
Dapat memberikan informasi mendasar tentang molekul terisolasi
Membutuhkan biaya yang lebih tinggi dari eksperimen
Dapat diterapkan pada berbagai sistem kimia
Memungkinkan prediksi fenomena yang belum dikenal
Metode yang menginteraksikan molekul-molekul dalam skala waktu tertentu, misalnya nanosekon, disebut ...
Monte Carlo
Mekanika Molekuler
Dinamika Molekuler
Mekanika Kuantum
Medan Gaya
Simulasi berbasis Monte Carlo (MC) dibedakan dari Dinamika Molekuler karena ...
Tidak menggunakan bilangan acak
Fokus pada skala waktu nanosekon
Mengandalkan interaksi acak untuk mencapai energi rendah
Memerlukan fungsi gelombang Schrödinger
Selalu menggunakan basis set STO-3G
Pada Mekanika Molekuler, atom dipandang sebagai ...
Gelombang elektron
Bola pejal dengan ikatan seperti pegas
Partikel kuantum dengan fungsi gelombang
Ion bermuatan tetap
Himpunan orbital Gaussian
Metode kuantum ab initio berbeda dengan semiempirik karena ...
Mengabaikan elektron valensi
Menggunakan data ekperimen sebagai parameter utama
Menyelesaikan semua persamaan secara eksak tanpa parameterisasi
Selalu menghasilkan kesalahan besar
hanya cocol untuk senyawa organik sederhana
Pendekatan yang menggabungkan Mekanika Kuantum dan Mekanika Molekuler untuk meningkatkan akurasi simulasi disebut ...
QM/MM
DFT
MC-SCF
Coupled Cluster
Hartree-Fock
Apa definisi dari Computer – Aided Drug Design (CADD)?
Pendekatan penemuan obat yang hanya mengandalkan uji klinis tahap I dan II.
Pendekatan penemuan dan pengembangan obat yang memanfaatkan komputasi dan simulasi komputer untuk merancang, memprediksi, dan mengoptimalkan molekul obat sebelum uji laboratorium.
Metode desain obat yang hanya berfokus pada optimasi senyawa penuntun di laboratorium (wet lab).
Proses validasi target obat dan identifikasi hit tanpa menggunakan bantuan perangkat lunak.
Pendekatan yang menggantikan seluruh tahapan penemuan obat, termasuk uji praklinis dan klinis.
Dalam pengembangan obat, CADD menggunakan metode in silico sebagai komplemen dari in vitro dan in vivo. Apa yang dimaksud dengan metode in silico?
Metode pengujian yang menggunakan sel hidup di laboratorium.
Metode pengujian yang menggunakan hewan coba.
Metode pengujian yang memanfaatkan kemampuan komputer (yang komponennya terbuat dari silikon) dalam merancang obat.
Metode yang hanya berfokus pada sintesis kimia molekul baru.
Metode yang hanya menganalisis hubungan struktur-aktivitas secara kualitatif.
Masalah serius yang ditimbulkan dari penilaian keamanan dan efikasi obat berdasarkan eksperimen laboratorium (wet lab) pada hewan coba, khususnya untuk penggunaan jangka panjang, adalah
Sulitnya mendapatkan izin etik untuk menggunakan hewan coba.
Biayanya terlalu tinggi dan waktu yang sangat lama.
Keterbatasan umur hewan coba (biasanya paling lama 4-5 tahun) yang tidak memungkinkan untuk mengamati efek kronik jangka panjang seperti pada manusia (umur normal 60-70 tahun).
Hasil pada hewan coba tidak pernah relevan dengan manusia.
Hewan coba seringkali menolak obat yang diberikan.
Pendekatan desain obat yang berbantukan komputer (CADD) secara umum terbagi menjadi dua, yaitu?
Pemodelan homolog dan molecular dynamics.
De Novo Design dan Virtual Screening.
Desain obat berbasis struktur (Structure-Based Drug Design, SBDD) dan Desain obat berbasis ligan (Ligand-Based Drug Design, LBDD).
Kuantitatif Struktur-Aktivitas Hubungan (QSAR) dan Farmakofor.
Uji Praklinis dan Uji Klinis.
Pendekatan Structure – Based Drug Design (SBDD) mensyaratkan tersedianya data kunci berupa
Sekumpulan senyawa aktif dengan struktur yang berbeda.
Struktur tiga dimensi 3D makromolekul target (enzim, reseptor, atau DNA), terutama pada bagian sisi aktif.
Data fiksisitasi jangka Panjang dari ligan yang sudah ada.
Profil ADMET lengkap dari calon obat.
Nilai IC50 atau EC50 dari ratusan senyawa.
Sumber data gratis mengenai struktur 3D makromolekul target obat dalam SBDD adalah
DrugBank (www.drugbank.ca)
PubChem (pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)
ZINC (zinc.docking.org)
Protein Data Bank (PDB) (www.rcsb.org)
SwissADME
Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (HKSA) merupakan metode desain obat berbasis ...
struktur protein
reseptor enzim
data klinis
ligan
farmakokinetik
Tokoh yang pertama kali memperkenalkan konsep Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) adalah ...
Cramer
Wilson
Free
Hansch
Taft
HKSA satu dimensi (1D) biasanya menggunakan parameter berikut, kecuali ...
berat molekul
logP
pKa
refraktivitas molar
konformasi tiga dimensi
Metode statistik yang umum digunakan dalam analisis HKSA dua dimensi adalah ...
Support Vector Machine
Neural Network
Regresi linear
Random Forest
Decision Tree
Analisis Free Wilson menekankan pada ...
parameter fisikokimia
data klinis pasien
keberadaan substituen tertentu
perhitungan geometri molekul
nilai pKa dan logP
Analisis Hansch mempertimbangkan faktor berikut, kecuali ...
lipofilisitas
sifat elektronik
sifat sterik
konformasi tiga dimensi ligan
polarizabiliti
Dalam analisis HKSA, fitur struktur senyawa dapat direpresentasikan melalui parameter fisikokimia. Contoh parameter tersebut adalah...
Berat molekul, kelarutan, ionisasi, kerapatan electron
Warna senyawa, bau senyawa, rasa pahit, wujud padat
Volume distribusi, waktu paruh, clearance, bioavailabilitas
Sifat organoleptik, stabilitas penyimpanan, dosis terapi, indikasi klinis
Bentuk, rasa, aroma, stabilitas
Jika hari ini adalah hari terakhir kalian di dunia, apa yang ingin kalian sampaikan kepada kedua orang tua kalian?
