wayground logo

Free Printable Worksheets

Font size

S
M
L
XL
Worksheets

UTS Bioinformatika Lanjut Ganjil 25/26

Total questions: 34

Worksheet time: 20mins

Name
Class
Date
1.

Kimia komputasi secara umum didefinisikan sebagai...

a)

Penggunaan komputer untuk membuat obat tanpa eksperimen

b)

Pemanfaatan komputer untuk mempelajari struktur, reaksi, dan sifat molekul

c)

Penerapan komputer hanya untuk menggambar molekul 3D

d)

Metode pengganti semua percobaan laboratorium

e)

Simulasi farmasi klinik berbasis data pasien

2.

Salah satu alasan penelitian kimia dilakukan dengan komputer adalah...

a)

Mengurangi jumlah dosen pengajar

b)

Mempermudah interpretasi data eksperimen yang kompleks

c)

Agar tidak perlu melakukan eksperimen sama sekali

d)

Menggantikan seluruh peralatan laboratorium

e)

Hanya berlaku untuk senyawa organik sederhana

3.

Data hasil kimia komputasi perlu divalidasi dengan...

a)

Perhitungan matematis lanjutan

b)

Data eksperimen

c)

Teori mekanika klasik

d)

Simulasi Monte Carlo

e)

Data statistik dari farmasi klinik

4.

Sifat molekul yang tidak dapat diprediksi dengan kimia komputasi adalah...

a)

Struktur molekul

b)

Energi reaksi

c)

Warna larutan

d)

Spektrum NMR

e)

Prediksi struktur kristal

5.

Keuntungan utama pemodelan kimia dibanding eksperimen laboratorium adalah...

a)

Memberikan hasil mutlak tanpa kesalahan

b)

Selalu lebih akurat dibanding data eksperimen

c)

cepat, aman, dan lebih murah

d)

Tidak memerlukan perangkat lunak

e)

Bebas dari kebutuhan validasi

6.

Kelebihan super computer dalam konteks HPC adalah

a)

Biaya murah dengan performa rendah

b)

Hanya menggunakan sat prosesor inti

c)

Kumpulan komputer besar yang berlaku sebagai satu sistem

d)

Tidak membutuhkan system operasi

e)

Tidak memerlukan perangkas keras tambahan

7.

High Performance Computic (HPC) dimanfaatkan untuk

a)

Menghapus kebutuhan RAM

b)

Mengganti sistem operasi LINUX

c)

Mengurangi harga perangkat keras

d)

Menghemat daya listrik komputer

e)

Menyelesaikan tugas komputasi besar dengan pemrosesan paralel

8.

SSHD merupakan gabungan dari

a)

RAM dan Prosesor

b)

SSD dan GPU

c)

SSD dan harddisk konvensional

d)

SSD dan intel Optane

e)

Harddisk dengan system operasi

9.

Fungsi utama system operasi dalam komputer adalah

a)

Menyimpan data dalam RAM

b)

Mengatur kecepatan prosesor

c)

Mengontrol seluruh bagian komputer secara menyeluruh

d)

Menambah kapasitas penyimpanan

e)

Menngandakan perangkat keras

10.

Perangkat keras utama yang memproses perintah dan data menjadi informasi dalam riset CADD adalah...

a)

RAM

b)

Harddisk

c)

Prosesor

d)

GPU

e)

Sistem operasi

11.

Salah satu produsen prosesor yang menawarkan rasio performa per harga lebih baik dibanding intel dalam riset CADD adalah

a)

Nvidia

b)

AMD

c)

Microsoft

d)

Dell

e)

ARM

12.

Media penyimpanan yang tidak memiliki komponen bergerak dan lebih cepat dari harddisk adalah...

a)

SSD

b)

SSHD

c)

Harddisk

d)

Intel Optane

e)

Floppy disk

13.

Kelebihan super komputer dalam konteks HPC adalah...

a)

Biaya murah dengan performa rendah

b)

Hanya menggunakan satu prosesor inti

c)

Kumpulan komputer besar yang bekerja sebagai satu sistem

d)

Tidak membutuhkan sistem operasi

e)

Tidak memerlukan perangkat keras tambahan

14.

Kimia komputasi pada dasarnya adalah ...

a)

Percobaan kimia di laboratorium dengan bantuan robot

b)

Pemodelan dan perhitungan kimia menggunakan komputer

c)

Analisis kimia hanya berdasarkan data eksperimen

d)

Teknik pemisahan molekul secara fisik

e)

Sintesis senyawa dengan metode otomatis

15.

Keuntungan utama melakukan pemodelan kimia dibanding eksperimen adalah, kecuali ...

a)

Relatif aman

b)

Dapat memberikan informasi mendasar tentang molekul terisolasi

c)

Membutuhkan biaya yang lebih tinggi dari eksperimen

d)

Dapat diterapkan pada berbagai sistem kimia

e)

Memungkinkan prediksi fenomena yang belum dikenal

16.

Metode yang menginteraksikan molekul-molekul dalam skala waktu tertentu, misalnya nanosekon, disebut ...

a)

Monte Carlo

b)

Mekanika Molekuler

c)

Dinamika Molekuler

d)

Mekanika Kuantum

e)

Medan Gaya

17.

Simulasi berbasis Monte Carlo (MC) dibedakan dari Dinamika Molekuler karena ...

a)

Tidak menggunakan bilangan acak

b)

Fokus pada skala waktu nanosekon

c)

Mengandalkan interaksi acak untuk mencapai energi rendah

d)

Memerlukan fungsi gelombang Schrödinger

e)

Selalu menggunakan basis set STO-3G

18.

Pada Mekanika Molekuler, atom dipandang sebagai ...

a)

Gelombang elektron

b)

Bola pejal dengan ikatan seperti pegas

c)

Partikel kuantum dengan fungsi gelombang

d)

Ion bermuatan tetap

e)

Himpunan orbital Gaussian

19.

Metode kuantum ab initio berbeda dengan semiempirik karena ...

a)

Mengabaikan elektron valensi

b)

Menggunakan data ekperimen sebagai parameter utama

c)

Menyelesaikan semua persamaan secara eksak tanpa parameterisasi

d)

Selalu menghasilkan kesalahan besar

e)

hanya cocol untuk senyawa organik sederhana

20.

Pendekatan yang menggabungkan Mekanika Kuantum dan Mekanika Molekuler untuk meningkatkan akurasi simulasi disebut ...

a)

QM/MM

b)

DFT

c)

MC-SCF

d)

Coupled Cluster

e)

Hartree-Fock

21.

Apa definisi dari Computer – Aided Drug Design (CADD)?

a)

Pendekatan penemuan obat yang hanya mengandalkan uji klinis tahap I dan II.

b)

Pendekatan penemuan dan pengembangan obat yang memanfaatkan komputasi dan simulasi komputer untuk merancang, memprediksi, dan mengoptimalkan molekul obat sebelum uji laboratorium.

c)

Metode desain obat yang hanya berfokus pada optimasi senyawa penuntun di laboratorium (wet lab).

d)

Proses validasi target obat dan identifikasi hit tanpa menggunakan bantuan perangkat lunak.

e)

Pendekatan yang menggantikan seluruh tahapan penemuan obat, termasuk uji praklinis dan klinis.

22.

Dalam pengembangan obat, CADD menggunakan metode in silico sebagai komplemen dari in vitro dan in vivo. Apa yang dimaksud dengan metode in silico?

a)

Metode pengujian yang menggunakan sel hidup di laboratorium.

b)

Metode pengujian yang menggunakan hewan coba.

c)

Metode pengujian yang memanfaatkan kemampuan komputer (yang komponennya terbuat dari silikon) dalam merancang obat.

d)

Metode yang hanya berfokus pada sintesis kimia molekul baru.

e)

Metode yang hanya menganalisis hubungan struktur-aktivitas secara kualitatif.

23.

Masalah serius yang ditimbulkan dari penilaian keamanan dan efikasi obat berdasarkan eksperimen laboratorium (wet lab) pada hewan coba, khususnya untuk penggunaan jangka panjang, adalah

a)

Sulitnya mendapatkan izin etik untuk menggunakan hewan coba.

b)

Biayanya terlalu tinggi dan waktu yang sangat lama.

c)

Keterbatasan umur hewan coba (biasanya paling lama 4-5 tahun) yang tidak memungkinkan untuk mengamati efek kronik jangka panjang seperti pada manusia (umur normal 60-70 tahun).

d)

Hasil pada hewan coba tidak pernah relevan dengan manusia.

e)

Hewan coba seringkali menolak obat yang diberikan.

24.

Pendekatan desain obat yang berbantukan komputer (CADD) secara umum terbagi menjadi dua, yaitu?

a)

Pemodelan homolog dan molecular dynamics.

b)

De Novo Design dan Virtual Screening.

c)

Desain obat berbasis struktur (Structure-Based Drug Design, SBDD) dan Desain obat berbasis ligan (Ligand-Based Drug Design, LBDD).

d)

Kuantitatif Struktur-Aktivitas Hubungan (QSAR) dan Farmakofor.

e)

Uji Praklinis dan Uji Klinis.

25.

Pendekatan Structure – Based Drug Design (SBDD) mensyaratkan tersedianya data kunci berupa

a)

Sekumpulan senyawa aktif dengan struktur yang berbeda.

b)

Struktur tiga dimensi 3D makromolekul target (enzim, reseptor, atau DNA), terutama pada bagian sisi aktif.

c)

Data fiksisitasi jangka Panjang dari ligan yang sudah ada.

d)

Profil ADMET lengkap dari calon obat.

e)

Nilai IC50 atau EC50 dari ratusan senyawa.

26.

Sumber data gratis mengenai struktur 3D makromolekul target obat dalam SBDD adalah

a)

DrugBank (www.drugbank.ca)

b)

PubChem (pubchem.ncbi.nlm.nih.gov)

c)

ZINC (zinc.docking.org)

d)

Protein Data Bank (PDB) (www.rcsb.org)

e)

SwissADME

27.

Hubungan Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (HKSA) merupakan metode desain obat berbasis ...

a)

struktur protein

b)

reseptor enzim

c)

data klinis

d)

ligan

e)

farmakokinetik

28.

Tokoh yang pertama kali memperkenalkan konsep Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) adalah ...

a)

Cramer

b)

Wilson

c)

Free

d)

Hansch

e)

Taft

29.

HKSA satu dimensi (1D) biasanya menggunakan parameter berikut, kecuali ...

a)

berat molekul

b)

logP

c)

pKa

d)

refraktivitas molar

e)

konformasi tiga dimensi

30.

Metode statistik yang umum digunakan dalam analisis HKSA dua dimensi adalah ...

a)

Support Vector Machine

b)

Neural Network

c)

Regresi linear

d)

Random Forest

e)

Decision Tree

31.

Analisis Free Wilson menekankan pada ...

a)

parameter fisikokimia

b)

data klinis pasien

c)

keberadaan substituen tertentu

d)

perhitungan geometri molekul

e)

nilai pKa dan logP

32.

Analisis Hansch mempertimbangkan faktor berikut, kecuali ...

a)

lipofilisitas

b)

sifat elektronik

c)

sifat sterik

d)

konformasi tiga dimensi ligan

e)

polarizabiliti

33.

Dalam analisis HKSA, fitur struktur senyawa dapat direpresentasikan melalui parameter fisikokimia. Contoh parameter tersebut adalah...

a)

Berat molekul, kelarutan, ionisasi, kerapatan electron

b)

Warna senyawa, bau senyawa, rasa pahit, wujud padat

c)

Volume distribusi, waktu paruh, clearance, bioavailabilitas

d)

Sifat organoleptik, stabilitas penyimpanan, dosis terapi, indikasi klinis

e)

Bentuk, rasa, aroma, stabilitas

34.

Jika hari ini adalah hari terakhir kalian di dunia, apa yang ingin kalian sampaikan kepada kedua orang tua kalian?

4 lines