nieparametryczna metoda statystyczna służąca do szacowania rozkładu estymatora, jest to losowanie bez zwracania

nieparametryczna metoda statystyczna służąca do szacowania rozkładu estymatora, jest to losowanie ze zwracaniem

((((A,((I,H),(E,F))),G),(B,D)),C);

((((C,((B,D),(E,F))),G),(H,I)),A);

((((B,((C,D),(E,F))),G),(H,I)),A);

((((B,((C,D),(E,F))),G),(H,I)),A)

Trzonu, węzłów, gałęzi i liści

Trzonu, węzłów, gałęzi wewnętrznych i gałęzi zewnętrznych

Korzenia, węzłów, gałęzi wewnętrznych i liści

Korzenia, węzłów, gałęzi wewnętrznych, gałęzi zewnętrznych i liści

procedura statystyczna będąca jedną z metod repróbkowania, w ramach której na podstawie dostępnej próby tworzy się dużą liczbę nowych próbek. Jest to metoda ze zwracaniem

procedura statystyczna będąca jedną z metod repróbkowania, w ramach której na podstawie dostępnej próby tworzy się dużą liczbę nowych próbek. Jest to metoda bezzwrotna

Obejmuje różne taksony, należące do różnych grup monofiletycznych. Nie odzwierciedlają związków ewolucyjnych

Obejmuje ostatniego wspólnego przodka, ale nie zawiera jego wszystkich potomków

Obejmuje ostatniego wspólnego przodka, oraz jego wszystkich potomków.

Obejmuje ostatniego wspólnego przodka, oraz jego wszystkich potomków

Obejmuje ostatniego wspólnego przodka, ale nie zawiera jego wszystkich potomków

Obejmuje różne taksony, należące do różnych grup monofiletycznych. Nie odzwierciedlają związków ewolucyjnych.

Obejmuje różne taksony, należące do różnych grup monofiletycznych. Nie odzwierciedlają związków ewolucyjnych

Obejmuje ostatniego wspólnego przodka, ale nie zawiera jego wszystkich potomków

Obejmuje ostatniego wspólnego przodka, oraz jego wszystkich potomków

Rekonstrukcja historii ewolucji na podstawie analizy danych

Faktyczny, historyczny poces rozwoju rodowego organizmów

Zestaw metod statystycznych używanych w biologii ewolucyjnej

Najbardziej zmienny takson

Ostatniego wspólnego przodka wszystkich analizowanych taksonów

Takson terminalny

Linia ewolucyjna prowadząca do współczesnego taksonu

Gałąź reprezentująca wspólnego przodka kilku taksonów

Fragment drzewa, na którym znajdują się tylko apomorfie

Długość drzewa

Uład rozgałęzień, czyli kto jest z kim spokrewniony

Tempo ewolucji taksonów

Proces powstawania homoplazji

Stopniowa ewolucja w obrębie jednej linii bez jej podziału

proces prowadzący do kladogenezy

Tylko topologię, bez znaczenia długości galęzi

Wyłącznie dystanse genetyczne między taksonami

Tempo ewolucji

Rozgałęziająca ewolucja prowadząca do kladogenezy

Stopniowa ewolucja w obrębie jednej linii bez jej podziału

Proces powstawania homoplazji

Nie pokazuje relacji pokrewieństwa

Jest zawsze ultrametryczny

Długości gałęzi odzwierciedlają liczbę zmian ewolucyjnych

Cecha derywowana, która pojawiła się w danej linii ewolucyjnej

Cecha, która zawsze jest nieinformatywna

Cecha pierwotna, odziedziczona po przodku

Grupa obejmująca przodka i wszystkich jego potomków

Grupa oparta wyłącznie na symplezjomorfiach

Grupa łącząca organizmy o podobnej ekologii, ale różnych przodkach

Zmienny zegar molekularny

Brak potrzeby stosowania macierzy dystansów

Stałe tempo ewolucji

Zakłada stały zegar molekularny

Nie zakłada zegara molekularnego i minimalizuje całkowitą długość drzewa

Zawsze tworzy drzewo ultrametryczne

Losowaniu ze zwracaniem w celu generowania pseudoprób

Usuwaniu części danych bez zwracania

Sprawdzaniu wyłącznie długości gałęzi drzewa

Drzewo jest niewiarygodne

Że długość gałęzi jest równa 90 substytucjom

Że w 90% pseudoprób dana grupa taksonów występowała razem

Drzewo najdłuższe pod względem sumy gałęzi

Drzewo o największej liczbie zmian w sekwencjach

Drzewo o najmniejszej liczbie kroków ewolucyjnych

Jest metodą heurystyczną

Gwarantuje znalezienie najlepszego drzewa, ale działa tylko dla małych zbiorów

Zawsze daje wynik gorszy niż heurystyki

W stronę liści drzewa

Zawsze tak, aby preferować konwergencje

W dół drzewa, ku korzeniowi

Rewersje

Konwergencje (niezależne powstanie cechy)

Mutacje neutralne

Jednoczesna specjacja gospodarza i pasożyta

Duplikacja pasożyta w obrębie jednego gospodarza

Przeskok pasożyta na niespokrewnionego gospodarza

Pasożyt wymiera na jednej linii żywiciela

Pasożyt przechodzi na zupełnie innego, niespokrewnionego gospodarza

Pasożyt nie specjuje mimo specjacji gospodarza

Brak kompletnego alignmentu sekwencji

Obecność wielu synapomorfii w macierzy danych

Niejednakowe tempo ewolucji w różnych liniach taksonomicznych

Wczesne powstanie cech derywowanych i ich wtórna utrata

Późne, niezależne pojawianie się cech w wielu liniach ewolucyjnych

Maksymalizacja liczby plezjomorfii w kladach

W kospecjacji pasożyt przeskakuje na innego gospodarza, a w duplikacji pozostaje na tym samym

W kospecjacji pasożyt specjuje równolegle z żywicielem, a w duplikacji specjuje niezależnie w obrębie jednego gospodarza

Duplikacja powoduje zgodność topologii obu drzew, a kospecjacja zawsze prowadzi do ich niezgodności

Gdy wszystkie taksony mają bardzo długie gałęzie

Gdy wsparcie z danych molekularnych jest silne, ale dane morfologiczne są sprzeczne

Gdy niewielka liczba cech informatywnych generuje stabilne rozwiązanie parsymoniczne, ale losowanie bootstrapowe często je „rozmywa”

Host switching (transfer horyzontalny)