150923-1

ISOLASI DNA DARI BERBAGAI JENIS SEL

Isolasi DNA dari Berbagai Jenis Sel

Multiple Select

Berdinding sel

• Bakteri

• Ragi

• Tanaman

• Hewan

Sel...

Campuran dari berbagai senyawa kimia/makromolekul

Open Ended

Apa saja makromolekul yang terdapat dalam sel?

To do

Masing-masing grup mengerjakan 1 sampel
A: Tauge
B: B. amylo
C: Liver
D: Saccharomyces
E: E. coli

Part 1

Tanaman

1. Potong-potong ± 5 gram sampel sehingga berukuran kecil 

2. Haluskan potongan sampel dengan mortar dan alu 

3. Sampel tanaman yang telah halus sebanyak 0,5 gram dimasukan ke dalam tabung 1,5 ml dengan tambahan larutan garam 100 µl dan 450 µl air steril, kemudian divorteks ± 10 detik. 

4. Tambahkan 350 µl detergen ke dalam campuran kemudian vorteks ± 10 detik. 

5. Inkubasi campuran pada suhu 65 °C selama 15 menit. 

Hewan

1. Potong-potong ± 5 gram sampel sehingga berukuran kecil 

2. Haluskan potongan sampel dengan mortar dan alu, tambahkan sedikit air jika diperlukan. 

3. Sampel yang telah halus sebanyak 0,5 gram dimasukan ke dalam tabung 1,5 ml dengan tambahan larutan garam 100 µl dan 450 µl air steril, kemudian divorteks ± 10 detik. 

4. Tambahkan 350 µl detergen ke dalam campuran kemudian vorteks ± 10 detik. 

5. Inkubasi campuran pada suhu 65 °C selama 15 menit. 

Mikroba

1. Masukkan 1m l kultur mikroorganisme ke dalam tabung 1,5 ml kemudian sentrifus dengan kecepatan 11.000 rpm selama 1 menit dan buang supernatan yang terbentuk (lakukan sebanyak 3 kali). 

2. Untuk sampel Saccharomyces dan Bacillus amyloliquefaciens, masukkan 100 µl air steril ke dalam tabung kemudian panaskan dalam microwave selama ±3 menit (tutup tabung dalam keadaan terbuka). 

3. Lalu tambahkan larutan garam ke dalam tabung sebanyak 100 µl dan 450 µl air steril kemudian vorteks selama 10 detik. 

4. Tambahkan 350 µl larutan detergen, vorteks selama 10 detik. 

5. Inkubasi dalam waterbath suhu 65 °C selama 15 menit. 

Multiple Choice

Tahap pemanasan (sel bakteri) dan snap freeze & gerus (sel eukariot) bertujuan untuk menyingkirkan:

• dinding sel

• protein dalam sel

• DNA

• membran sel

Multiple Choice

Tahap penambahan deterjen berfungsi untuk ...

• melarutkan membran sel

• melarutkan DNA ke fase aqueous

• melarutkan organel sel

• mengendapkan RNA

Part 2

Tanaman

1. Biarkan campuran hingga mencapai suhu ruang kemudian tambahkan 100 µl meat tenderizer ke dalam campuran, lalu inkubasi pada suhu 37 °C selama 5 menit. 

2. Sentrifugasi sampel dengan kecepatan 11.000 rpm selama 10 menit kemudian pindahkan 200 µl supernatan ke dalam masing-masing 2 tabung 1,5 ml baru. 

Hewan

1. Biarkan campuran hingga mencapai suhu ruang kemudian tambahkan 100 µl meat tenderizer ke dalam campuran, lalu inkubasi pada suhu 37 °C selama 5 menit. 

2. Sentrifugasi sampel dengan kecepatan 11.000 rpm selama 10 menit kemudian pindahkan 200 µl supernatan ke dalam masing-masing 2 tabung 1,5 ml baru. 

Mikroba

1. Tambahkan 100 µl meat tenderizer ke dalam tabung, vorteks selama 10 detik, dan inkubasi pada suhu 37 °C selama 5 menit. 

2. Sentrifus tabung dengan kecepatan 11.000 rpm selama 10 menit 

3. Ambil 200 µl supernatan dan pindahkan ke dalam masing-masing 2 tabung 1,5 ml baru. 

Multiple Choice

Fungsi penambahan meat tenderizer?

• Mendegradasi protein intrasel

• Mendegradasi RNA

• Melunakkan dinding sel

• Melarutkan lemak dalam jaringan

Part 3

Tanaman

8. Tambahkan etanol 96% dingin sebanyak 800 µl kemudian bolak-balik tabung secara perlahan lalu inkubasi pada suhu -30 °C selama 30 menit. 

9. Molekul DNA yang telah terpresipitasi disentrifugasi dengan kecepatan 11.000 rpm selama 2 menit 

10. Buang supernatan lalu keringkan pelet  

11. Larutkan pelet dengan buffer TE sebanyak 50 µl, kemudian satukan menjadi satu tabung. 

Hewan

8. 1. Tambahkan etanol 96% dingin sebanyak 800 µl kemudian bolak-balik tabung secara perlahan lalu inkubasi pada suhu -30 °C selama 30 menit. 

9. Molekul DNA yang telah terpresipitasi disentrifugasi dengan kecepatan 11.000 rpm selama 2 menit 

10. Buang supernatan lalu keringkan pelet  

11. Larutkan pelet dengan buffer TE sebanyak 50 µl, kemudian satukan menjadi satu tabung. 

Mikroba

1. Tambahkan 800 µl etanol 96% dingin ke dalam masing-masing tabung kemudian bolak-balik tabung perlahan, kemudian inkubasi pada suhu -30 °C selama 30 menit. 

2. Sentrifus tabung dengan kecepatan 11.000 rpm selama 2 menit. 

3. Buang supernatan kemudian sentrifus ulang tabung dengan kecepatan 11.000 rpm selama 1 menit. 

4. Keringkan pelet yang dihasilkan kemudian tambahkan 25 µl TE buffer ke dalam masing-masing tabung, larutkan pelet, kemudian satukan menjadi satu tabung.  

Open Ended

Mengapa penambahan etanol mempresipitasi DNA?