DNA-sekventering

Bestemmelse af nukleotidrækkefølgen i DNA kaldes

• amplificering

• elongering

• sekventering

• denaturering

Ved tilføjelse af et nukleotid til en DNA-streng frigives

• to sukkermolekyler

• pyrofosfat og en proton

• en nitrogenholdig base og et sukkermolekyle

• en aminosyre og et iltmolekyle

Ved Sangersekventering anvendes

• en flowcelle med 8 kanaler

• mærkede dNTP’er

• pH-målingmærkede ddNTP’er

• mærkede ddNTP’er

Next generation Sequencing (NGS) er

• synonymt med polymerase chain reaction

• foreløbig kun relevant i forskningssammenhæng

• en samlebetegnelse for flere forskellige teknikker til DNA-sekventering

• baseret på kapillærelektroforese

Den komplementære streng til ATGGCTAGCC er

• TGCCGTTACC

• TACCGATCGG

• TACGCATGCC

• TACCGTACCC

Ved biblioteksfremstilling (library preparation) bliver DNA

• fragmenteret og adapterligeret

• udportioneret og fluorescensmærket

• nedkølet til det absolutte nulpunkt

• forsynet med ddNTP i både 5’-mærke- og 3’-enden

Et nukleotid består af

• to baser forbundet af hydrogenbindinger

• et sukkermolekyle, en eller flere fosfatgrupper og en base

• en aminosyre, en eller flere fosfatgrupper og en base

• en aminosyre, et sukkermolekyle og en base

Ved amplificering af DNA i en NGS-flowcelle

• skal prøver fra forskellige patienter placeres i separate kanaler

• anvendes enzymer, der umuliggør komplementær baseparring

• dannes klonale klynger af DNA-strenge

• udvikles så høj varme, at al væske fordamper

Med NGS kan man

• fremstille proteinprodukter sideløbende med gensekventeringen

• undvære kvalitetssikring, da teknologien er ufejlbarlig

• kun sekventere DNA fra primater

• sekventere et humant genom på under en uge

Ved Illumina dye sequencing bestemmes nukleotidsekvensen ved hjælp af

• radioaktive prober

• pH-måling

• fluorescerende reversibelt terminerende nukleotider

• impedansmåling