Câu hỏi về thiết kế primer

Yếu tố nào quan trọng nhất để đảm bảo primer có thể bắt cặp đặc hiệu với vùng DNA đích?

• Tỷ lệ GC cao

• Trình tự bổ sung với vùng đích

• Độ dài primer dưới 18 nucleotide

• Có nhiều liên kết A-T ở đầu 3'

Tại sao nhiệt độ nóng chảy (Tm) của primer xuôi và primer ngược không nên chênh lệch quá 2°C?

• Để đảm bảo cả hai primer có thể gắn kết đồng thời vào DNA đích trong chu kỳ PCR

• Để tăng độ bền của primer và giảm nguy cơ primer-dimer

• Để tối ưu hóa tỷ lệ GC trong primer

• Để ngăn chặn sự hình thành cấu trúc kẹp tóc (hairpin)

Một primer có chứa quá nhiều liên kết A-T ở đầu 3' sẽ gây ảnh hưởng gì đến phản ứng PCR?

• Tăng khả năng gắn kết đặc hiệu với DNA đích

• Giảm hiệu quả khuếch đại do liên kết A-T kém bền hơn G-C

• Làm tăng nhiệt độ nóng chảy (Tm) của primer

• Giúp giảm nguy cơ hình thành cấu trúc thứ cấp

Tại sao việc kiểm tra cấu trúc thứ cấp như primer-dimer hoặc hairpin là quan trọng trong thiết kế primer?

• Để đảm bảo primer có thể tự bắt cặp với chính nó

• Để tăng cường tính ổn định của primer trong phản ứng PCR

• Để tránh sự cản trở gắn kết primer với DNA đích, làm giảm hiệu quả PCR

• Để đảm bảo độ dài primer không vượt quá 18 nucleotide

Công cụ nào dưới đây được sử dụng để kiểm tra tính đặc hiệu của primer bằng cách so sánh với cơ sở dữ liệu trình tự gen?

• Primer3

• SnapGene

• OligoAnalyzer

• NCBI Primer-BLAST

Công thức Wallace (Tm = 4(G+C) + 2(A+T)) phù hợp nhất trong trường hợp nào?

• Khi primer có độ dài lớn hơn 25 bp

• Khi primer có cấu trúc thứ cấp phức tạp

• Khi primer có độ dài ≤20 bp

• Khi cần tính Tm với nồng độ muối cụ thể

Vì sao cần đảm bảo Tm của primer forward và reverse chênh lệch không quá 2°C?

• Để đảm bảo cả hai primer gắn vào DNA đích ở cùng điều kiện nhiệt độ

• Để giảm nguy cơ primer-dimer hình thành

• Để tăng tốc độ kéo dài của DNA polymerase

• Để giảm ảnh hưởng của nồng độ muối tron

Để đảm bảo cả hai primer gắn vào DNA đích ở cùng điều kiện nhiệt độ

• Để đảm bảo cả hai primer gắn vào DNA đích ở cùng điều kiện nhiệt độ

• Để giảm nguy cơ primer-dimer hình thành

• Để tăng tốc độ kéo dài của DNA polymerase

• Để giảm ảnh hưởng của nồng độ muối trong phản ứng

Yếu tố nào sau đây có thể làm tăng giá trị Tm của primer?

• Tăng tỷ lệ GC trong primer

• Giảm nồng độ muối (Na⁺) trong phản ứng PCR

• Rút ngắn độ dài primer xuống dưới 15 bp

• Sử dụng primer có nhiều base A-T hơn base G-C

Công thức Nearest-Neighbor dùng để tính Tm có ưu điểm gì so với công thức Wallace?

• Đơn giản hơn, dễ tính toán bằng tay

• Đưa vào các thông số nhiệt động học như ΔH và ΔS để tính chính xác hơn

• Không bị ảnh hưởng bởi thành phần GC của primer

• Thích hợp hơn cho các primer ngắn hơn 10 bp