Test PCR & Sekuensing

Rahman ingin melakukan PCR pada sampel hasil isolasi dari tanaman anggrek dengan menggunakan suatu PCR kit yang telah dibeli. Tidak lupa juga Rahman menggunakan bahan lain seperti primer dan NFW. Pada komposisi kit PCR tertulis untuk volume reaksi sebanyak 25 ul terdiri dari 12,5 ul PCR kit; 3 ul primer reverse dan forward; 2 ul sampel; dan 7,5 ul NFW. Apabila Rahman ingin membuat PCR mix dengan total 10 ul, maka banyak PCR kit dan NFW yang digunakan apabila terdapat 27 sampel secara berurutan adalah

• 125 ul & 81 ul

• 120 ul & 91 ul

• 145 ul & 91 ul

• 135 ul & 81 ul

• 135 ul & 91 ul

Setelah dilakukan mixing terhadap PCR mix, maka tahapan selanjutnya yaitu dilakukan running PCR. Pada tahapan PCR terdiri dari beberapa tahapan yang pengaturan waktu dan temperaturnya disesuaikan dengan protokol pada PCR kit yang digunakan. Namun, terdapat satu tahapan yang pengaturan temperaturnya ditentukan di luar dari protokol PCR kit yang digunakan, tahapan tersebut adalah.....karena.....

• Annealing, karena pengaturan temperatur disesuaikan dengan Ta primer yang digunakan

• Denaturation, karena pengaturan temperatur disesuaikan dengan Ta primer yang digunakan

• Denaturation, karena pengaturan temperatur disesuaikan dengan struktur DNA yang akan diperbanyak

• Elongation, karena pengaturan temperatur disesuaikan dengan Tm primer yang digunakan

• Annealing, karena pengaturan temperatur disesuaikan dengan Tm primer yang digunakan

Berikut yang merupakan jenis marka molekuler yang dapat digunakan dalam suatu metode PCR adalah

• ddntps untuk proses PCR

• Guanine untuk proses RAPD

• Taq Polymerase untuk proses PCR

• matK untuk PCR

• OPA 5 untuk RAPD

1. 1. Annealing

   • 2. Pre Denaturation

   • 3. Denaturation

   • 4. Elongation

   • 5. Sequencing

   • 6. Post Extension

   • Bagaimana urutan siklus PCR yang benar

• 3-1-4-6-5

• 3-1-2-5-4

• 2-3-1-4-6

• 3-2-1-6-4

• 2-3-1-5-6

DNA Polymerase yang digunakan dalam proses PCR bersifat thermostable karena

• struktur DNA yang akan diperbanyak memiliki bentuk double helix sehingga bersuhu tinggi

• pada proses PCR melibatkan beberapa siklus yang menggunakan suhu tinggi

• Tm primer yang terlalu tinggi dapat merusak struktur dari DNA polymerase

• proses PCR pada tahapan holding memiliki suhu yang sangat rendah sehingga dapat merusak struktur dari DNA polymerase

• supaya DNA hasil PCR terhindar dari kontaminasi bakteri tahan panas

Pada metode Maxam-Gilbert sequencing, bahan kimia hydrazine yang dicampur dengan NaCl berfungsi sebagai pemotong basa......

• Cytosine

• Guanine & Adenine

• Guanine

• Cytosine & Thymine

• Adenine & Cytosine

Apa yang membedakan proses Sanger sequencing dengan Maxam-Gilbert sequencing (jawaban dapat lebih dari 1)

• Sanger sequencing menggunakan bahan kimia sebagai penghenti pemanjangan strand DNA, sedangkan pada Maxam-Gilbert sequencing menggunakan ddntp

• Sanger sequencing menggunakan ddntps sebagai penanda, sedangkan pada Maxam-Gilbert menggunakan bahan kimia dibantu dengan ³²P dan piperidine.

• Sanger sequencing hanya dapat digunakan pada DNA tumbuhan, sedangkan Maxam-Gilbert sequencing dapat digunakan pada seluruh mahluk hidup

• Sanger sequencing menggunakan laser sebagai pembaca strand DNA, sedangkan pada Maxam-Gilbert sequencing menggunakan gel untuk pembacaan strand DNA

• Sanger sequencing memiliki output berupa warna grafik (kromatogram) yang sesuai dengan ddntp, sedangkan pada Maxam-Gilbert sequencing tidak memiliki output warna grafik (kromatogram)

Berikut yang termasuk dari bagian metode PCR (jawaban dapat lebih dari 1)

• qPCR

• Sequencing

• RT-PCR

• RAPD

• rbcL