wayground logo

Free Printable Worksheets

Font size

S
M
L
XL
Worksheets

UAP BIOINFORMATIKA

Total questions: 60

Worksheet time: 32mins

Name
Class
Date
1.

Pangkalan data untuk menyimpan data mengenai asam nukleat dan protein disebut sebagai ...

(a)  

2.

Basis data yang menyimpan urutan primer protein adalah ...

a)

EMBL

b)

DDBJ

c)

RCSB PDB

d)

UniProt

3.

NCBI dapat memuat data sebagai berikut, kecuali…

a)

Struktur Tiga Dimensi

b)

Genom

c)

Protein

d)

Nukleotida

4.

Chemical Identifier pada suatu senyawa yang berdasarkan pada IUPAC disebut dengan…

a)

Isomeric SMILES

b)

Canonical SMILES

c)

Entry Information

d)

InChl

5.

Hasil pemotongan enzim restriksi yang simetris disebut…

a)

Sticky End

b)

Asymmetry End

c)

Blunt End

d)

Symmetry End

6.

%GC yang disarankan dalam pembuatan primer adalah ...

a)

55-60%

b)

60-65%

c)

40-55%

d)

55-70%

7.

Dibawah ini merupakan algoritma dalam program BLAST protein, Kecuali ...

a)

Psi-Blast

b)

phi-Blast

c)

Quick Blastp

d)

Light Blastp

8.

Dari peta restriksi di atas, apabila digunakan HaeIII sebagai enzim restriksi, berapa fragment yang akan dihasilkan?

a)

5

b)

2

c)

3

d)

6

9.

Aplikasi apakah yang dapat digunakan untuk membuat peta enzim restriksi?

a)

NEBcutter

b)

NEBrestriction

c)

NCBI

d)

BLAST

10.

Berikut ini adalah laman yang bisa digunakan untuk desain primer, yaitu ...

a)

PrimerBLAST

b)

Primer3

c)

AddGene

d)

PrimerDesign

11.

Berikut langkah – langkah alignment sequence DNA dengan MEGA yang tepat adalah..

a)

File -> Open A File/Session.. -> Align -> “W” -> Align DNA -> OK

b)

Analysis -> Open A File/Session.. -> Align -> “W” -> Align DNA -> OK

c)

File -> Open A File/Session.. -> Align -> “W” -> Align Codons -> OK

d)

File -> Open A File/Session.. -> Analysis -> “W” -> Align DNA -> OK

12.

Berikut ini software/program yang digunakan untuk alignment yaitu..

a)

MEGA, Swiss Model, ClustalX

b)

MEGA, Bioedit, Haplotype Network

c)

MEGA, Blast, ClustalX

d)

Bioedit, NCBI, Bioedit

13.

Berdasarkan pohon filogenetik yang dikonstruksi berdaarkan sekuen gen IL-2 tersebut, bagian yang ditunjuk anak panah merah adalah…

a)

Nodes (ancestor)

b)

Klad (clade)

c)

Branches (cabang)

d)

OTUs

14.

Berdasarkan pohon filogenetik yang dikonstruksi berdaarkan sekuen gen IL-2 tersebut, bagian yang ditunjuk anak panah merah adalah…

a)

Nodes (ancestor)

b)

Klad (clade)

c)

Branches (cabang)

d)

OTUs

15.

Ada berapa klad dalam pohon filogeni tersebut?

a)

1

b)

2

c)

3

d)

4

16.

Dari gambar di atas, warna manakah yang dapat disebut sebagai klad?

a)

Biru

b)

Merah

c)

Hijau

17.

Software/program yang bisa digunakan untuk konstruksi filogenetik yaitu…

a)

BLAST & BioEdit

b)

BLAST & ClustalX

c)

MEGA & Network

d)

MEGA & BLAST

18.

Kode S pada nucleotide ambiguity code diartikan sebagai...

a)

A atau C

b)

G atau C

c)

A atau T

d)

G atau T

19.

Metode pembuatan pohon filogenetik yang meminimalkan panjang cabang dengan meminimalkan jumlah mutasi adalah…

a)

Maximum Parsimony

b)

UPGMA

c)

Neighbor Joining

d)

Maximum Likelihood

20.

Type of alignment which is used to identify dissimilar sequences that are suspected to contain regions of similarity or similar sequence motifs within their larger sequence context is ...

a)

Partial Alignment

b)

Global Alignment

c)

General Alignment

d)

Local Alignment

21.

The distance which describes the proportion of nucleotide sites at which two sequences being compared are different called ...

a)

Similarity distance value

b)

Likelihood distance value

c)

Pairwise distance value

d)

Overall distance value

22.

Here is the interface of one software which is used in sequences analysis. To obtain the full contiguous sequence, which menu you should choose? What's the name of the program showed on that figure?

a)

Accessory Application > CAP Contig Assembly; BioEdit

b)

Accessory Application > CAP Contig Assembly; ClustalX

c)

Options > CAP Contig Assembly; BioEdit

d)

Options > CAP Contig Assembly; ClustalX

23.

Hal yang benar berkaitan dengan gambar di atas adalah ...

a)

Menggambarkan pola pengelompokan dari beberapa OTU yang dianalisis

b)

Semakin banyak mutasi, semakin jauh jarak dari OTU yang dianalisis

c)

Jumlah titik merah menunjukkan jumlah perbedaan/variasi basa antar cabang yang dianalisis

d)

Angka yang tertera dalam titik merah adalah titik terjadinya mutasi

e)

Jejaring tersebut tidak berkaitan dengan hubungan evolusi OTU yang dianalisis

24.

Urutan preparasi receptor pada Discovery Studio 2019 yang tepat yaitu..

a)

Chart -> Selection -> Select water molecules/select ligands -> Delete

b)

Tools -> Selection -> Select water molecules/select ligands -> Delete

c)

Script -> Selection -> Select water molecules/select ligands -> Delete

d)

Select -> Selection -> Select water molecules/select ligands -> Delete

25.

Urutan preparasi ligan pada PyRx yang tepat yaitu…

a)

Open Babel -> Insert molecule -> input file ligan -> klik kanan ligan -> Minimize selected -> Save as PDB file

b)

Open Babel -> Insert file -> input file ligan -> klik kanan ligan -> Minimize selected -> Save as PDB file

c)

Open Babel -> Insert new file -> input file ligan -> klik kanan ligan -> Minimize selected -> Save as PDB file

d)

Open Babel -> Insert new item -> input file ligan -> klik kanan ligan -> Minimize selected -> Save as PDB file

26.

Jika struktur protein yang ingin digunakan tidak ada pada database PDB, maka langkah yang dilakukan adalah...

a)

Modelling

b)

Preparasi

c)

Ramachandran Plot

d)

Transform pada HEX

27.

Berikut urutan ikatan kimia dari yang terkuat yang tepat yaitu…

a)

Ikatan hidrogen-interaksi van der Waals-ikatan hidrofobik

b)

Ikatan hidrogen-ikatan hidrofobik-interaksi van der Waals

c)

Ikatan elektrostatik-ikatan hidrogen-interaksi van der Waals

d)

Ikatan hidrofobik-ikatan hidrogen-interaksi van der Waals

28.

Senyawa potensial yang berikatan dengan enzim tepatnya pada ligand binding site dari enzim sehingga berkompetisi dengan ligan alami enzim disebut..

a)

Inhibitor non kompetitif

b)

Inhibitor kompetitif

c)

Inhibitor alosterik

d)

Inhibitor enzim

29.

Contoh aplikasi untuk docking molekuler yaitu … & … , dan web server untuk docking yaitu … & …

a)

Patchdock & Autodock, Hex & Haddock

b)

Hex & Autodock, Patchdock & vina

c)

Firedock & Autodock, Patchdock & Haddock

d)

Hex & Autodock, Patchdock & Haddock

30.

Preparasi protein dapat dilakukan dengan…

a)

Chimera

b)

PyRx

c)

PyMOL

d)

Discovery Studio

31.

Jika ligan A beriteraksi dengan suatu receptor dengan nilai binding energy lebih rendah dibanding dengna ligan B, hal tersebut menandakan..

a)

Ligan B lebih mudah berikatan pada reseptor dibanding dengan ligan A

b)

Ligan A memiliki afinitas lebih tinggi pada reseptor dibanding dengan ligan B

c)

Ligan B memiliki afinitas lebih tinggi pada reseptor dibanding dengan ligan A

d)

Ligan A lebih mudah berikatan pada reseptor dibanding dengan ligan B

32.

Apakah binding energy dapat diasumsikan sebagai afinitas?

a)

Bisa

b)

Tidak Bisa

33.

Visualisasi hasil docking dapat dilakukan menggunakan software...

a)

PyMol

b)

Biogrid

c)

Disovery Studio

d)

Chimera

34.

Gambar berikut adalah tahap dalam…

a)

Preparasi protein

b)

Preparasi software

c)

Preparasi ligan

d)

Docking

35.

Tahapan pada gambar berikut dilakukan menggunakan software..

a)

Pyrx

b)

Hex

c)

Disocvery Studio

d)

Firedock

36.

Berikut ini merupakan beberapa contoh platform yang telah mengembangkan teknologi NGS, yaitu ...

a)

Roche/454

b)

Illumina

c)

Ion Torrent

d)

ABI/SOLiD

37.

Dalam melakukan klasifikasi taksonomi dari hasil NGS, dapat dilakukan dengan menggunakan classifier. Beberapa classifier yang bisa digunakan untuk QIIME2 adalah ...

a)

SILVA

b)

UNITE

c)

Greengenes

d)

BLAST

38.

Jika kita mempunyai data sekuens bakteri, maka classifier yang bisa digunakan adalah ...

a)

SILVA

b)

UNITE

c)

Greengenes

d)

BLAST

39.

Jika kita mempunyai data sekuens fungi dengan marka ITS, maka classifier yang bisa digunakan adalah ...

a)

SILVA

b)

UNITE

c)

Greengenes

d)

BLAST

40.

Untuk mengetahui diversitas dalam satu sampel (intra sample) maka dapat dilakukan dengan analisis ...

a)

Alpha Diversity

b)

Beta Diversity

c)

Delta Diversity

d)

Gamma Diversity

41.

Untuk mengetahui diversitas antar sampel (inter sample) maka dapat dilakukan dengan analisis ...

a)

Alpha Diversity

b)

Beta Diversity

c)

Delta Diversity

d)

Gamma Diversity

42.

calculation of species richness for a given number of individual samples called ...

(a)  

43.

Kurva alpha rarefaction adalah kurva yang terdiri atas ... pada sumbu x dan ... pada sumbu y.

a)

jumlah sampling, jumlah taksa teramati (observed OTUs)

b)

jumlah sampling, nilai indeks

c)

jumlah taksa teramati (observed OTUs), jumlah sampling

d)

nilai indeks, jumlah sampling

44.

Berdasarkan gambar tersebut, maka dapat disimpulkan ...

a)

Diversitas sampel kacang hijau > ragi

b)

Diversitas sampel kacang hijau > kedelai

c)

Diversitas sampel kacang hijau < ragi

d)

Diversitas sampel kacang hijau < kedelai

45.

Disebut apakah grafik di atas?

a)

Important Value Index (INP)

b)

Taxa Barplot

c)

Relative Abundance graph

d)

Rarefaction graph

46.

index yang bisa digunakan untuk analisis diversitas alfa adalah ...

a)

Abundance-based Coverage Estimator (ACE) metric

b)

Fisher’s index

c)

Margalef’s richness index

d)

Shannon’s index

47.

index yang bisa digunakan untuk analisis diversitas beta adalah ...

a)

Canberra distance

b)

Jaccard similarity index

c)

Margalef’s richness index

d)

Shannon’s index

48.

qiime feature-table tabulate-seqs

--i-data rep-seqs.qza

--o-visualization rep-seqs.qzv


Dari command di atas, pernyataan yang benar adalah ...

a)

rep-seqs.qza adalah file input

b)

rep-seqs.qzv adalah file output

c)

rep-seqs.qzv adalah file input

d)

rep-seqs.qza adalah file output

49.

qiime feature-classifier classify-sklearn

--i-classifier gg-13-8-99-nb-classifier.qza

--i-reads rep-seqs.qza

--o-classification taxonomy.qza


Command di atas digunakan untuk ...

a)

Klasifikasi taksonomi sekuens

b)

Memotong Sekuens

c)

Menginput Sekuens

d)

Membuat filogenetik taksonomi sekuens

50.

Pernyataan yang benar berdasarkan gambar di atas adalah ...

a)

Semakin dekat sebuah titik, semakin tinggi similaritasnya

b)

Titik-titik tidak mewakili sampel yang dianalisis

c)

Semakin jauh sebuah titik, semakin jauh similaritasnya

d)

Gambar didapatkan dari Emperor Plot

51.

Seberapa besarkah akurasi permodelan protein?

a)

60%

b)

70%

c)

80%

d)

90%

52.

Tingkat kualitas hasil permodelan protein digambarkan dalam warna-warna yang berbeda, warna manakah yang menunjukkan kualitas permodelan yang terbaik?

a)

Merah

b)

Putih

c)

Biru

53.

Ramachandran plot dibagi menjadi beberapa kuadran? kuadran manakah yang menunjukkan struktur beta sheet?

a)

4; 1

b)

4; 2

c)

4; 3

d)

4; 4

54.

Berikut adalah salah satu web yang bisa digunakan untuk prediksi bioaktivitas sebuah senyawa:

a)

https://www.molinspiration.com/cgi-bin/properties

b)

http://stitch.embl.de/

c)

http://www.pharmaexpert.ru/passonline/

d)

https://thebiogrid.org/

55.

Prediksi drug likeness dari sebuah senyawa dapat dilakukan dengan memilih menu ...

a)

Calculate properties

b)

Predict Bioactivity

c)

Galaxy 3D Generator

56.

Prediksi aktivitas biologis dari sebuah senyawa dapat dilakukan dengan memilih menu ...

a)

Calculate properties

b)

Predict Bioactivity

c)

Galaxy 3D Generator

57.

Berdasarkan data tersebut, berapa nilai yang merepresentasikan oral bioavailability?

a)

3.33

b)

68.16

c)

25

d)

338.36

58.

Berdasarkan data tersebut, berapa berat molekul (Da) dari senyawa yang diinput?

a)

3.33

b)

68.16

c)

25

d)

338.36

59.

Berapakah batas bawah nilai QMEAN agar suatu hasil permodelan protein berkualitas bagus?

a)

-2

b)

-3

c)

-4

d)

-5

60.

Apabila kita ingin memodelkan protein dengan menggunakan template protein yang telah kita miliki, maka menu mana yang akan dipilih?

a)

Upload Target Sequence

b)

Search for Template

c)

Build Model

d)

User Template

e)

Target-Template Alignment

Similar Resources on Wayground

sh2 ch6

60 questions

sh2 ch6

quiz

Worksheet

•

10th Grade - University

trao đổi vật chất trong hệ sinh thái

63 questions

trao đổi vật chất trong hệ sinh thái

quiz

Worksheet

•

University

Chapter 3 - The Biosphere

56 questions

Chapter 3 - The Biosphere

quiz

Worksheet

•

10th Grade - University

Unit 1 - Introduction to A&P Exam Review

65 questions

Unit 1 - Introduction to A&P Exam Review

quiz

Worksheet

•

8th Grade - University

Ecology EOC Review

63 questions

Ecology EOC Review

quiz

Worksheet

•

10th Grade - University

UAS Histologi I (Teori)

60 questions

UAS Histologi I (Teori)

quiz

Worksheet

•

University

Practice Final Exam Pt2

60 questions

Practice Final Exam Pt2

quiz

Worksheet

•

University

BIOLOGI DASAR

60 questions

BIOLOGI DASAR

quiz

Worksheet

•

University