mtDNA adalah molekul DNA untai ganda berbentuk sirkuler dengan ditemukan 13 gen penyandi protein. mt DNA terletak di matriks mitokondria. Dan dapat mengalami rekombinasi.

Mitokondria yang ada pada sel merupakan bentuk endosimbion yang berasal dari proteobakter yang secara tidak sengaja masuk ke dalam sel eukariot dan ternyata dapat menunjang kehidupan sel eukariot dengan cara membantu dalam proses respirasi dan menghasilkan energi.

STOP KODON pada mtDNA berupa AGR. Kode genetik AGR jika ditranslasikan pada DNA inti akan menjadi asam amino arginin.

Kloroplas mengandung genom yang merupakan peninggalan endosimbion yang memunculkan organel tersebut. Ada yang menyebutkan bahwa ctDNA adalah nama lain dari DNA kloroplas.

Struktur DNA kloroplas sama dengan DNA mitokondria. Persamaannya yaitu dalam bentuknya yang linier.

Berdasarkan transkripsinya gen cpDNA atau DNA Kloroplas dikelompokkan menjadi 3 kelas. Gen-gen pada kelas ke-II ditranskripsikan oleh PEP (palstid-encoded plastid RNA polymerase) dan NEP (nucleus-encoded plastid RNA polymerase).

Pada Bakteri memiliki DNA plasmid yang banyak digunakan sebagai alat penelitian dalam bidang biologi enginering atau rekombinasi. DNA plasmid pada bakteri tersusun atas daerah promotor, titik ORI, kanamycin, dan restriction site.

DNA plasmid pada bakteri berperan sebagai alat pertahanan bakteri dari adanya gangguan bakteri lain.

Rekombinasi merupakan kumpulan Teknik  atau metode yang digunakan untuk mengkombinasikan DNA atau gen secara in vitro dan in vivo.

Percobaan yang dilakukan oleh Lederberg dan Tatum pada tahun 1946 menjadi kunci perkembangan penelitian dalam bidang rekombinasi genetik. Dari hasil percobaannya menemukan kombinasi gen-gen pada bakteri, namun hasil kombinasi tersebut tidak menghasilkan anakan.

Proses pembuatan vaksin adalah salah satu bentuk dari hasil aplikasi rekombinasi genetik.

Bentuk Gen itu berupa urutan DNA yang menyandi suatu protein, polipeptida, atau seuntai RNA yang memiliki fungsi bagi organisme yang memilikinya.

Proses transfer informasi genetik pada bakteri yang terjadi dengan cara tranformasi adalah dengan berpindahnya DNA dari satu sel ke sel lainnya melalui fage.

Konjugasi merupakan transfer informasi genetik pada sel bakteri yang berupa perpindahan DNA dari sel donor ke sel resipien melalui pili yang dimiliki oleh sel donor.

Enzim restriksi merupakan enzim yang digunakan untuk memotong DNA. Enzim restriksi RsaI memotong khusus pada sekuen DNA TGTAC.

Enzim DNA LIgase digunakan untuk menggabungkan fragmen DNA secara kovalen pada suatu vektor plasmid.

Fungsi dari peta genetik adalah dapat memberikan gambaran tentang tata letak gen yang dapat mengekpresikan fenotip yang unik dan dapat dijadikan sebagai penanda molekuler.

Penyakit kelainan genetik juga dapat didetekdi dengan adanya pengetahuan tentang mapping gen.

RFLP merupakan penanda molekuler pertama yang dapat dijadikan sebagai penganalisis perbandinga peta genetik spesies-spesies yang berbeda-beda.

Penada molekular RAPD adalah aplikasi PCR yang digunakan untuk mendeteksi adanya suatu polimorfisme DNA dalam suatu spesies.

AFLP adalah teknik dalam biologi molekuler yang digunakan untuk penanda genetik berbasil hasil amplifikasi PCR terhadap fragmen DNA yang terbentuk akibat enzim restriksi.

Secara garis besar prinsip kerja AFLP dibagi menjadi tiga tahap yaitu pemotongan, amplifikasi dan verifikasi.

Elektroforesis merupakan metode pemisahan untuk biomolekul (partikel) bermuatan apabila berada di dalam media yang diberi arus atau medan  listrik. Elektroforesis hanya dapat digunakan untuk memisahkan molekul DNA saja.

DNA dan RNA merupakan biomolekul yang memiliki muatan positif yang dihasilkan oleh ikatan fosfodiester.

Buffer atau fase gerak yang dgunakan pada analisis elektroforesis yang digunakan untuk memisahka DNA adalah TBE = Tris borate EDTA.

  TAE = Tris acetilase EDTA.

Agarose yang digunakan pada elektroforesis diperoleh dari rumput laut. Konsentrasi agarose yang digunakan berkisar antara 3% - 8%.

Faktor yang mempengaruhi kecepatan migrasi elektroforesis adalah Kekuatan medan listrik, Muatan ionik, koefisien gesekan, ukuran dan bentuk molekul.

Berikut adalah komponen aparatus elektroforesis yang disebut sebagai casting tray dan gel combs.

Mix DNA pada elektroforesis meruapakan campuran dari Loading buffer (Buffer pemberat) yang terdiri dari gliserin dan buffer yang jumlahnya 6x lebih banyak, serta DNA.

Methylen blue dan Commasive blue merupakan pewarna yang aman digunakan untuk mewarnai DNA dan gel pada elektroforesis.

Hasil elektroforesis diatas dinyatakan bahwa fragmen DNA target pada sampel 1, 6, 7, 10 dan 12 memiliki berat 500 bp.

SDS adalah sodium dodecyl sulfate / laurel sulfate. SDS terikat pada protein dengan ikatan hidrofobik sesuai dengan ukuran (besar kecilnya) molekul protein tersebut. SDS akan memberi muatan negatif pada semua kondisi pH kecuali pada kondisi yang sangat asam.

Analisis protein umumnya menggunakan elektroforesis gel poliakrilamid kerena kemampuan resulosinya yang tinggi.

Pada gambar SDS page tersebut terlihat bahwa buffer diletakkan secara vertikal.

Mutasi adalah perubahan struktur pada DNA yang mengakibatkan perubahan gen. Mutasi menyebabkan variasi genetik yang erat kaitannya dengan proses evolusi.

Penyebab dasar terjadinya mutasi adalah pada saat kesalahan proses replikasi dan kegagalan pada saat transkripsi.

Dua jenis mutase berdasarkan bentuk perubahan pada fenotip yaitu mutasi kecil dan benar.

Dampak mutasi umumnya bersifat merugikan karena 90% bersifat letal akibat adanya kemunculan sifat yang resesif homozigot

Ilmuan yang mendapatkan temuan dari hasil percobaan di laboratorium terkait terjadinya proses mutasi adalah Hermann Josehp Muller. Dia melakukan percobaan dengan memberikan efek penyinaran sinar X terhadap telur Drosophila melanogaster.

Ekspresi gen adalah rangkaian proses penggunaan informasi dari suatu gen untuk sintesis produk gen fungsional. Produk tersebut dapat berupa gen penyandi protein, juga gen penyandi non-protein seperti transfer RNA (tRNA) atau gen RNA inti kecil (snRNA) yang mana keduanya merupakan produk RNA fungsional.

Beberapa tahapan dalam proses ekspresi gen yaitu replikasi, transkripsi, penyambungan atau splicing RNA, translasi dan modifikasi pasca-translasi dari protein.

Gen konstitutif adalah gen yang ditranskripsi secara terus-menerus sebagai lawan dari gen fakultatif, yang hanya ditranskripsi ketika dibutuhkan.

Pada proses regulasi lac operon saat ada Repressor protein (lac I gene product) terikat pada daerah operator dapat menyebabkan proses transkripsi terhenti.

Jika terdapat activator yang berikatan pada daerah operator di promotor maka dapat meningkatkan laju transkripsi.

Pada analisis western blot penggunaan membran PVDF (polyvinyliden difluoride) sangat bagus digunakan untuk western blot semi dry.

Deteksi hasil blotting dapat menggunakan Coloring methods

Chemiluminescence methods.

Southern blotting digunakan untuk identifikasi protein. Western blotting digunakan untuk identifikasi DNA. Northern blotting digunakan untuk identifikasi RNA.

Pada proses isolasi DNA tahap presipitasi II menggunakan etanol dingin untuk memutus ikatan hidrogen pada DNA.

Enzim proteinase atau proteinase K digunakan untuk menghilangkan nuclear protein, enzim, memecah ikatan peptida dengan kisaran suhu 40-60ºC.