Font size
WorksheetsUTS BIOINFORMATIKA
Total questions: 40
Worksheet time: 2hrs 57mins
Kelahiran bioinformatika sebagai ilmu ditandai dengan adanya penyusunan Atlas of Protein Sequence and Structure pada tahun 1965 oleh ….
Frederick Sanger
Emile Zuckerkandl
Ben Hesper
Margaret Oakley Dayhooff
Pauline Hogeweg
Bioinformatika adalah ilmu yang mengkaji biologi pada tatanan … dan kemudian menerapkan teknologi informasi untuk memahami dan menata informasi yang terkait dengannya dalam skala besar.
Mikromolekul
Makromolekul
Gen
Protein
DNA
Sekumpulan ilmu yang mempelajari konteks secara totalitas atau keseluruhan disebut ….
Genomika
Traskriptomika
Omika
Proteomika
Metabolomika
Berikut yang bukan termasuk dalam analisis struktur dalam bioinformatika adalah ….
Prediksi struktur asam nukleat
Prediksi struktur protein
Klasifikasi protein
Perbandingan struktur protein
Prediksi gen
Berikut yang bukan termasuk dalam analisis urutan dalam bioinformatika adalah ….
Perbandingan genom
Analisis filogeni
Klasifikasi protein
Pencarian motif
Prediksi promoter
Berikut yang bukan termasuk dalam analisis fungsi dalam bioinformatika adalah ….
Penjajaran urutan
Pemodelan jalur metabolisme
Pembuatan profil ekspresi gen
Prediksi interaksi antar protein
Prediksi penempatan protein
Perkembangan dari bioinformatika sangat bergantung pada perkembangan … yang penerapannya menjawab berbagai permasalahan biologi.
Biologi molekuler kuantitatif
Biologi komputer
Teknologi informasi
Teknologi komputer
Biologi komputasi
Ruang lingkup bioinformatika meliputi kajian analisis urutan, struktur, dan fungsi dari makromolekul biologi pembawa informasi, yang mana dalam penerapannya ketiganya harus saling berinteraksi untuk memberikan hasil yang menyeluruh, contohnya adalah ….
Analisis struktur protein memerlukan data penjajaran urutan asam amino, sebaliknya analisis urutan asam amino antar protein dapat dioptimalisasi dengan adanya struktur tiga dimensi yang bersangkutan.
Struktur tiga dimensi dari sebuah protein dapat ditentukan dengan melihat urutan asam aminonya.
Analisis struktur protein dapat dioptimalisasi dengan adanya struktur tiga dimensi dari fungsi asam amino penyusunnya.
Analisis fungsi protein memerlukan data analisis struktur tiga dimensi protein yang bersangkutan.
Analisis struktur asam amino memerlukan data penjajaran urutan protein, sebaliknya analisis urutan protein dapat dioptimalisasi dengan adanya analisis fungsi asam amino penyusunnya.
“Peranan intelijen dalam perang” merupakan analogi yang menggambarkan keterbatasan bioinformatika. Berdasarkan pernyataan tersebut, hubungan antara bioinformatika dan biologi eksperimen yang benar dijelaskan oleh pernyataan bahwa ….
Bioinformatika berperan sebagai serdadu perang
Biologi eksperimen sebagai intelijen
Akurasi dan prediksi dari bioinformatika bersifat relatif berdasarkan kualitas data dan pemodelan yang diberikan
Bioinformatika berperan sebagai intelijen yang bertugas menganalisis informasi
Biologi eksperimen sebagai serdadu perang
Bioinformatika berpotensi merevolusi berbagai penelitian biologi di masa depan. Tantangan yang harus diatasi untuk mencapai hasil sesuai pernyataan tersebut adalah ….
Peran dari bioinformatika sebagai intelijen dalam menganalisis informasi makromolekul biologis.
Pengembangan teknik komputasi untuk analisis struktur, urutan, dan fungsi makromolekul biologis secara tepat dan akurat.
Akurasi dan prediksi dari bioinformatika menjadi baku seiring perkembangan teknologi komputasi dalam melakukan analisis struktur, urutan, dan fungsi makromolekul biologis.
Perkembangan biologi molekuler dalam ruang lingkup analisis struktur, urutan, dan fungsi makromolekul biologis secara detail.
Perkembangan teknologi komputer untuk analisis struktur, urutan, dan fungsi makromolekul biologis secara cepat.
Arsip digital yang menampung data terkait dengan informasi biologi dibutuhkan proses identifikasi informasi antar potongan data yang sebelumnya belum diketahui ketika data tersebut pertama kali dimasukkan yang disebut dengan istilah ….
Knowledge processing
Knowledge data access
Knowledge data retrieval
Knowledge data identification
Knowledge discovery
*Database primer di antaranya dapat diakses pada …, …, dan …
REFSEQ
PROSITE
Uniprot
DDBJ
ENA
*Database sekunder di antaranya dapat diakses pada …, …, dan …
NCBI GenBank
Swiss-Prot
PROSITE
REFSEQ
ENSEMBL
*Contoh database khusus dapat diakses pada … dan …
ENSEMBL
ENA
WORMBASE
FLYBASE
Swiss-Prot
*Database biologi berupa protein non-redundan yang telan dikurasi dan dianotasi dapat diakses dari … dan …
NCBI GenBank
Swiss-Prot
PROSITE
REFSEQ
DDBJ
Seorang peneliti dapat melakukan hal-hal berikut terhadap database biologis, kecuali ….
Mendepositkan data
Menredundansi data
Mempublikasikan data
Membandingkan database
Menggunakan informasi dari koleksi urutan database
*Ketergantungan besar terhadap database biologi tanpa mempertanyakan kehandalan atau kualitas data yang bersangkutan sangat tidak disarankan (Apriliyanto & Sembiring, 2017), hal tersebut disebabkan oleh ….
Kesalahan pengurutan
Duplikasi data
Kegagalan anotasi
Identifikasi data
Pemrosesan data
Pencarian informasi dalam database biologi dengan hasil yang spesifik dapat dilakukan dengan memanfaatkan ….
Kata kunci
Kode identitas
Teknik BLAST
Hasil Publikasi
Potongan Informasi
*Konstruksi database di dalam bioinformatika dapat dilakukan dengan ….
Archiving
Interpreting
Whole analysis
Sequencing
Annotating
*Arsip asam nukleat di seluruh dunia dibagikan setiap hari yang berakibat data mentah (database primer) sifatnya identik namun format penyajian dan sifat anotasinya bervariasi. Hal tersebut merupakan hasil kemitraan yang dilakukan oleh ….
NCBI
ENA
EBI
DNA Data Bank of Japan
ENSEMBL
*Penjajaran pasangan basa di dalam bioinformatika digunakan untuk keperluan di antaranya ….
Mengukur kemiripan DNA/Protein
Identifikasi hubungan evolusi DNA/Protein
Identifikasi fungsional antara sekuens DNA/Protein
Mengukur kemiripan DNA/RNA
Identifikasi hubungan evolusi DNA/RNA
Penjajaran urutan adalah cara untuk mempresentasikan hubungan antara dua atau lebih urutan biologis dengan tujuan untuk mencoba mengidentifikasi daerah urutan yang bersifat ….
Redundan
Bertolak belakang
Konvergen
Divergen
Homolog
Program yang digunakan untuk menyelaraskan urutan nukleotida DNA dan urutan asam amino dari protein yang dikodekan oleh DNA disebut sebagai ….
Dynamic programing
Sequencing
Archiving
Interpreting
Annotating
*Penyelarasan urutan nukleotida DNA dan urutan asam amino dari protein yang dikodekan oleh DNA berbasis web dapat dilakukan melalui ….
FASTA
BLAST
ALIGN
ESEMBL
EMBOSS
Pendekatan komputasi dapat dilakukan dalam penjajaran urutan nukleotida dan protein. Untuk membandingkan gen homolog seperti membandingkan dua gen/protein dengan fungsi yang sama, maka metode yang dapat digunakan adalah ….
Global Sequence Alignment
Local Alignment
Semi Global Alignment
Penyelarasan Lokal
Penyelarasan Hybrid
Pendekatan komputasi dapat dilakukan dalam penjajaran urutan nukleotida dan protein. Untuk membandingkan pola dalam urutan DNA atau domain dalam urutan protein, maka metode yang dapat digunakan adalah ….
Global Sequence Alignment
Local Alignment
Semi Global Alignment
Penyelarasan Global
Penyelarasan Hybrid
Pendekatan komputasi dapat dilakukan dalam penjajaran urutan nukleotida dan protein. Untuk mencari kemungkinan kesejajaran parsial terbaik dari dua urutan, maka metode yang dapat digunakan adalah ….
Global Sequence Alignment
Local Alignment
Semi Global Alignment
Penyelarasan Global
Penyelarasan Lokal
Panduan untuk eksperimen sequencing yang menunjukkan posisi gen dan ciri khasnya disebut ….
Pemetaan Genom
Pemetaan Asam Amino
Pemetaan Gen
Pemetaan DNA
Pemetaan RNA
Berikut adalah konsep-konsep dalam similaritas database berkaitan dengan query, pernyataan yang tidak tepat adalah ….
Query digunakan untuk mengakses dan menampilkan data pada sistem database
Query memiliki kemampuan menampilkan data yang tidak diinginkan
Dalam pencarian similaritas database diperlukan pengiriman urutan query
Diperlukan perbandingan berpasangan urutan query dengan semua urutan individu dalam database
Query mengatur data yang diperlukan untuk ditampilkan dalam pencarian similaritas database
Keterkaitan dua protein pada tingkat urutan yang sama menunjukkan bahwa mereka … dan memiliki kemungkinan … yang sama. Pilihlah jawaban yang paling tepat untuk melengkapi bagian yang kosong sehingga menjadi satu pernyataan yang benar terkait similaritas database!
Homolog; Fungsi
Homolog; Struktur
Redundan; Fungsi
Sejajar; Struktur
Sepadan; Fungsi
*Syarat yang harus dipenuhi dalam pencarian similaritas database di antaranya ….
Sensivitas
Homologi
Kesejajaran
Selektivitas
Kecepatan
Kebutuhan ideal dalam pencarian similaritas database dalam kenyataannya sulit dipenuhi, oleh karena itu peningkatan sensivitas akan mengakibatkan penurunan ….
Sensivitas
Homologi
Kesejajaran
Selektivitas
Kecepatan
*Kondisi ideal dalam pencarian similaritas database yang sering dikorbankan jika mengutamakan kecepatan adalah ….
Sensivitas
Homologi
Kesejajaran
Selektivitas
Kecepatan
Alogoritma heuristic merupakan pencarian similaritas database dengan hanya memeriksa sebagian kecil dari kemungkinan keselarasan yang diperiksa dalam dynamic programing serta mengutamakan faktor ….
Sensivitas
Homologi
Kesejajaran
Selektivitas
Kecepatan
*Program pencarian similaritas database berbasis web yang menggunakan prinsip teori algoritma heuristic di antaranya ….
FASTA
BLAST
ALIGN
ESEMBL
EMBOSS
Prinsip signifikansi Basic Local Alignment Search Tool dalam pencarian similaritas database menggunakan parameter ….
Semakin rendah e-value maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin tinggi e-value maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin tinggi z-score maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin rendah z-score maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin rendah e-value maka semakin besar kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin kurang signifikan.
Prinsip signifikansi FASTA dalam pencarian similaritas database menggunakan parameter ….
Semakin rendah e-value maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin tinggi e-value maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin tinggi z-score maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin rendah z-score maka semakin kecil kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin signifikan.
Semakin rendah z-score maka semakin besar kemungkinan bahwa pasangan urutan diperoleh secara kebetulan artinya kecocokan antar keduanya semakin kurang signifikan.
Pencarian similaritas database dengan membandingkan suatu sekuen asam amino yang dimiliki dengan database sekuen protein maka dapat dilakukan dengan cara ….
BLASTN
BLASTP
BLASTX
TBLASTN
TBLASTX
Pencarian similaritas database dengan menerjemahkan dari query dan database menjadi 6 protein potensial, kemudian melakukan 36 pencarian database protein maka dapat dilakukan dengan cara ….
BLASTN
BLASTP
BLASTX
TBLASTN
TBLASTX
Cabang ilmu biologi yang menganalisis informasi yang terkandung di dalam makromolekul biologis secara kuantitatif dengan menggunakan bantuan komputer disebut ….
Biologi molekuler kuantitatif
Biologi komputer
Teknologi informasi
Biologi molekuler
Biologi komputasi
