NEW
Font size
S
M
L
XL
WorksheetsDiamol 1 UAS RB
Total questions: 40
Worksheet time: 3mins
Name
Class
Date
1.
Berikut adalah komponen untuk reaksi PCR dengue….
a)
Buffer, Enzim Reverse Transcriptase, Random Hexamer
b)
Enzim Taq Polymerase, Taqman Probe, Primer D1 dan D2
c)
Primer, dNTPs, Buffer, Taqman Probe
d)
Taqman probe, Enzim Reverse transcriptase, dNTPs
e)
Buffer, Enzim Taq Polymerase, Primer D1 dan D2
2.
Output hasil analisa akhir PCR konvensional adalah…
a)
Nilai CT
b)
Pita-pita (band) pada gel elektroforesis
c)
Larutan amplicon
d)
Primer forward dan reverse
e)
Kurva amplifikasi
3.
Apabila target gen X dilabel dengan probe FAM, gen Y dilabel dengan probe HEX dan Internal gene RNP dilabel dengan probe Cy5. Negative control dan positif control (H12) pada pemeriksaan menunjukkan hasil yang sesuai. Maka hasil yang dapat diinterpretasi dari sampel C12 adalah…
a)
Negatif
b)
Positif
c)
Inkonklusif
d)
Invalid
e)
Tidak dapat disimpulkan
4.
Analisis dalam realtime PCR untuk menilai disosiasi karakter double stranded DNA selama pemanasan, disebut…..
a)
Kurva sigmoid
b)
Suhu annealing
c)
Optimasi PCR
d)
Melting curve
e)
SYBR Green PCR
5.
Pernyataan yang benar dalam pembuatan master mix PCR konvesional yaitu…..
a)
Harus dilakukan disaat bersamaan dengan ekstraksi
b)
Penambahan positif control dilakukan di tempat yang sama dengan pembuatan master mix
c)
komponen master mix PCR ditempatkan pada rak dingin/ cold rack
d)
dilakukan di ruangan amplifikasi
e)
Dilakukan di ruangan ekstraksi RNA/DNA
6.
Primer adalah oligonukleotida sintetis yang memiliki urutan sekuens spesifik dengan template DNA. Susunan sekuens primer tersebut harus bersifat :…..
a)
Reverse dengan template DNA
b)
Complement dengan template DNA
c)
Sejajar dengan template target DNA
d)
Membentuk dimer dengan template DNA
e)
Reverse complement dengan template DNA
7.
Kurva standard biasanya digunakan untuk menghitung konsentrasi sampel dalam PCR. Metode PCR yang menggunakan kurva standard adalah…..
a)
Nested PCR
b)
Kualitatif PCR
c)
Real time PCR
d)
Quantitative PCR
e)
RT PCR
8.
Prinsip elektroforesis adalah:…..
a)
lisis-presipitasi-cuci-elusi
b)
denaturasi-annealing-elongasi
c)
pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik
d)
cuci-lisis-elusi-presipitasi
e)
annealing-denaturasi-elongasi
9.
Dalam kuantitatif PCR semakin kecil nilai Ct, maka konsentrasi materi yang ada di dalam sampel…..
a)
Sama dengan positif control
b)
Semakin tinggi
c)
Semakin rendah
d)
Tidak terdeteksi
e)
0
10.
Kondisi yang harus dihindari dalam PCR dimana primer forward dan primer reverse saling menempel satu sama lain, disebut…..
a)
hairpin loop
b)
primer extension
c)
primer probe
d)
primer dimer
e)
GC content
11.
Berdasarkan grafik berikut, sampel no 7 menunjukkan hasil…
a)
conservative
b)
inconclusive
c)
invalid
d)
positive
e)
negative
12.
Berikut aplikasi RT-PCR yang paling tepat…
a)
Genotyping bakteri Mycobacterium tubersulosis
b)
Amplifikasi gen penyandi protein 16s rRNA pada bakteri
c)
Identifikasi Candida albicans melalui amplifikasi intron Gen CaYST1
d)
Identifikasi gen E virus dengue pada serum pasien tersangka DBD
e)
Identifikasi bakteri Salmonella typhi dengan qPCR
13.
Kriteria perancangan primer yang baik yaitu: …
a)
Basa pada ujung 3’ adalah AAAAAA
b)
Perbedaan suhu annealing antara Primer Forward dan Reverse adalah 10°C
c)
Panjang primer sekitar 40-60 basa
d)
Tm berkisar antara 55-65°C
e)
Persentase basa G dan C sebesar 70-80%
14.
Pernyataan manakah yang sesuai dengan Good Laboratory Practice untuk pemeriksaan molekuler dengan PCR…
a)
pencampuran master mix PCR dapat dlakukan di ruang amplifikasi
b)
ruangan untuk lab pemeriksaan PCR minimal dibagi menjadi 6 ruangan
c)
Menggunakan gloves berpowder agar mudah dipakai di tangan
d)
Menambahkan cDNA sampel ataupun positif control di area yang berbeda dengan ruangan pencampuran master mix PCR untuk mencegah kontaminasi
e)
Elektroforesis bisa dilakukan di dekat area pencampuran mastermix
15.
Tahapan pembacaan sinyal fluorescence oleh camera pada mesin PCR, dilakukan pada setiap siklus setelah tahap…
a)
Pre denaturasi
b)
Denaturasi
c)
Annealing
d)
Melting curve
e)
Reverse transcription
16.
Berdasarkan hasil melting curve analisis diatas, sampel B03 dapat disimpulkan sebagai…
a)
Positif
b)
Negatif
c)
Primer dimer
d)
Non specific
e)
Multiplex
17.
Berikut adalah komponen pada pembuatan cDNA…
a)
Buffer, Enzim Reverse Transcriptase, Random Hexamer
b)
Enzim Taq Polymerase, Agarosa, Primer
c)
Primer Oligo dT, Alcohol, Taqman Probe
d)
Taqman probe, Enzim Reverse transcriptase, dNTPs
e)
Buffer, Enzim Taq Polymerase, Random Hexamer
18.
Dari hasil PCR berikut ini, dimana sampel H04 ada positif control, maka hasil sampel A04 dapat di interpretasikan sebagai…
a)
Positif
b)
Invalid
c)
Inconclusive
d)
Error
e)
Non specific atau negative
19.
Apabila target gen X dilabel dengan probe FAM, gen Y dilabel dengan probe HEX dan Internal gene RNP dilabel dengan probe Cy5. Negative control dan positif control (H12) pada pemeriksaan menunjukkan hasil yang sesuai. Maka hasil yang dapat diinterpretasi dari sampel E12 adalah…
a)
Negatif
b)
Positif
c)
Inkonklusif
d)
Invalid
e)
Tidak dapat disimpulkan
20.
Apabila sampel H01 merupakan control positif , dan negative control pada pemeriksaan ini menunjukkan hasil yang baik. Maka sampel manakah yang menunjukkan hasil positif? …
a)
A01
b)
B03
c)
C01
d)
C02
e)
F01
21.
Berdasarkan protocol PCR diatas, siklus amplifikasi yang dilakukan dalam protocol ini adalah sebanyak? …
a)
3 kali
b)
25 kali
c)
44 kali
d)
55 kal
e)
Tidak ada siklus amplifikasi
22.
Ketika A melakukan elektroforesis untuk amplicon target PCR dengan panjang 511bp, A menemukan 3 band DNA pada foto hasil elektroforesisnya, yaitu 750bp, 600 bp dan 300bp. Salah satu kemungkinan penyebab terjadinya hal ini adalah…
a)
A lupa menambahkan primer
b)
Suhu denaturasi tidak optimal
c)
Gel agarose sudah kadaluarsa
d)
A tidak mencampurkan amplicon dengan loading dye
e)
Non specific binding dari primer
23.
Sepasang Primer disebut unik dan spesifik jika: …
a)
GC content: 40-60%
b)
Perbedaan suhu annealing antara Primer Forward dan Reverse adalah 2°C
c)
Tm berkisar antara 55-65°C
d)
Panjang primer sekitar 18-25 basa
e)
Pada template DNA target, hanya melekat pada satu region saja
24.
Hasil kualitatif realtime PCR dapat dilihat dari…
a)
Nilai Ct dan kurva sigmoid
b)
Nilai Ct dan kurva standard
c)
Nilai Ct dan melting temp
d)
Kurva sigmoid
e)
Kurva standard dan konsentrasi
25.
Pada gambar hasil elektroforesis di atas, panah menunjukkan pembentukan struktur sekunder yang disebut sebagai: …
a)
Tm
b)
Dimer
c)
non-specific band (pita amplifikasi tidak spesifik)
d)
hairpin
e)
Sisa primer
26.
Tahap akhir dari proses perancangan primer adalah…
a)
Download sekuens target dari public data GenBank, EMBL-EBI
b)
Melakukan alignment (penjajaran) sekuens target dari GenBank dengan ClustalW
c)
Melakukan pengecekan primer: adanya pembentukan struktur sekunder, %GC, panjang primer, Tm dan BLAST
d)
Memilih target atau lokasi penempelan primer pada template DNA
e)
Menggunakan software/program Primer3 ataupun Primer-BLAST
27.
Pada gambar di bawah ini, apabila sampel A memiliki melt temperature 77.36C (kurva merah), sedangkan sampel B ditunjukkan dengan kurva berwarna biru dengan melt temperature 78.94. Manakan pernyataan yang sesuai…
a)
Suhu denaturasi kurang tinggi
b)
Sampel B memiliki base pair lebih panjang dibanding sampel A
c)
Sampel B memiliki base pair lebih pendek dibanding sampel A
d)
Sampel B memiliki base pair yang sama dengan sampel A
e)
PCR mix kekurangan primer
28.
Ketika A melakukan elektroforesis untuk amplicon target PCR dengue dengan panjang 511bp, A menemukan 3 band DNA pada foto hasil elektroforesisnya, yaitu 750bp, 600 bp dan 300bp. Untuk menghindari terjadinya hal ini maka perlu dilakukan: …
a)
Mengubah konsentrasi gel agarose menjadi 2%
b)
Menambahkan cDNA diruang amplifikasi
c)
Mengubah konsentrasi primer D1 dan D2
d)
Mengganti penggunaan enzim Taq Polymerase menjadi enzim reverse transcriptase
e)
Menaikkan suhu annealing primer D1 dan D2
29.
Tujuan penggunaan Oligo dT dan Random hexamer pada RT-PCR untuk virus Dengue: …
a)
Enzim yang berfungsi untuk membentuk untai DNA baru
b)
Sebagai buffer dalam reaksi PCR
c)
Sebagai fluorescent dye
d)
Sebagai kofaktor enzim
e)
Membentuk complementary DNA dari RNA template
30.
Apabila negative control (Nuclease free water) pada pemeriksaan realtime PCR menunjukkan kurva sigmoid dengan Ct 26,80. Maka apakah yang perlu dilakukan…
a)
Pemeriksaan PCR diulang karena ada indikasi kontaminasi
b)
Jika positif control menunjukan hasil yang sesuai, interpretasi hasil dapat dilakukan
c)
Interpretasi hasil sampel lain bisa dilanjutkan, dan hanya negative control yang dilakukan pemeriksaan ulang
d)
Negative control dapat diabaikan asalkan positif control menunjukkan hasil yang baik
e)
Hanya sampel pada row yang sama dengan negative control yang harus diulang pemeriksaannya
31.
Pada pemeriksaan dengan metode multiplex PCR diatas, berapakah probe yang digunakan dalam pemeriksaan? …
a)
1
b)
3
c)
5
d)
7
e)
Tidak menggunakan probe
32.
Pewarna yang digunakan dalam elektroforesis untuk dapat mengikat DNA sehingga turun ke masing-masing well disebut…
a)
Ladder 1Kb dan 100bp
b)
Loading dye
c)
TAE 1x
d)
TBE 1x
e)
Gel doc
33.
Berikut hasil elektroforesis amplifikasi gen E pada virus dengue dengan ukuran target pita DNA adalah 511bp. Elektroforesis dilakukan pada 1,5% agarose, 110 Volt, 40 menit. nomor 1 sampai dengan 4 adalah sampel, NC adalah kontrol negatif, PC adalah kontrol positif dan M adalah 100bp Marker. Intepretasi hasil sampel nomor 1 adalah? …
a)
Tes Invalid
b)
Negatif virus dengue
c)
Positif virus dengue
d)
Kontaminasi
e)
Non-specific band
34.
Berdasarkan gambar di bawah ini, jika seorang tenaga lab akan mendesign multiplex PCR, berapakah pasangan primer probe maksimal yang bisa digunakan? …
a)
1
b)
3
c)
5
d)
11
e)
15
35.
Probe yang digunakan untuk pemeriksaan multiplex PCR ini dilabel dengan fluorophore…
a)
FAM, HEX, SYBR
b)
FAM, SYBR, Cy5
c)
FAM, HEX, Cy3
d)
FAM, HEX, Cy5
e)
FAM dan HEX
36.
Susunan basa nukleotida yang menjadi komponen utama dalam proses PCR yang berfungsi sebagai yang menjadi lokasi spesifik dalam susunan DNA target yang akan diamplifikasi, disebut…
a)
DNA Polymerase
b)
Primer
c)
Primer dimer
d)
Buffer mix
e)
MgSo4
37.
Fluorophore warna hijau yang tidak dapat digunakan bersamaan dengan FAM untuk multiplex ada fluorophore…
a)
SYBR
b)
HEX
c)
ROX
d)
Texas red
e)
Cy5
38.
Salah satu kelemahan penggunaan SYBR Green untuk realtime PCR adalah? …
a)
Perlu dilakukan elektroforesis
b)
Tidak dapat membedakan non specific binding
c)
Murah
d)
Tidak perlu optimasi suhu annealing
e)
Tidak ada fluorescence
39.
Suhu 50C selama 30 menit di awal tahapan realtime PCR berikut merupakan tahapan awal untuk amplifikasi dengan materi genetic RNA, yang disebut…
a)
Annealing
b)
Elongasi
c)
Pre denaturasi
d)
Reverse transcription
e)
Denaturasi
40.
Suhu annealing optimum untuk PCR dari primer dengan Tm 55°C adalah…
a)
45°C
b)
50°C
c)
52°C
d)
55°C
e)
60°C
Reset
